TBtools - 已有插件列表
写在前面
最近我主要在忙两个事情:
了结学校里相关的一些事情,也整理下手上的资料和文件
看看是否有合适的工作
写了一段关于找工作的感悟,不过还是删了,哈哈。多数无益,回到主题。
整理资料时,突然想起,前前后后我鼓捣了十来个 TBtools 插件,似乎有必要整理一个插件列表。
一号插件 - Pubmed Summary
Pubmed Summary 的优势在于“辅助文献速度”。基于用户输入的关键词,爬取对应Pubmed检索结果,并附加影响因子,以及摘要等信息。用户可以快速阅读题目和摘要,了解文章详细,在大规模阅读后,筛选出合适的文章,再行精读。具体可见推文链接
Pubmed Summary 文献泛读至简辅助工具
二号插件 Batch SMART
SMART 应是最为全面可靠的序列结构域分析网站。对于单个序列,可以快速完成分析。但对于多个序列,该数据库只支持数据库中已收录的序列信息。在绝大多数情况下,用户需要编写爬虫脚本,逐个提交,预测并获得结果。
Batch SMART 解决这个需求缺口,任何用户只需要在 TBtools 中提交序列,软件会自动提交获取,并整理结合以及可视化
Batch SMART 最强序列特征[结构域]预测软件
三号插件 - Batch Motifs Viz
这个插件比较有趣。能做的事情只有一件,那么就是基于MEME输出的XML文件,一次可视化所有 Motifs 的 SeqLogo。这款插件并未完全对外开放,是 TBtools 的第一个众筹插件。具体见
SeqLogo | 一键可视化 MEME Motifs 组图
四号插件 - SRAtoFastq
SRAtoFastq,正如其名,只有一个作用,即 将 sra 格式文件转换为 fastq 格式。存在大量公开测序数据仅有 sra 格式文件可供下载。用户使用这一插件,即可完成格式转换。作为 TBtools RNAseq 系列插件的第一个,感兴趣的人还是有不少的。当然,RNAseq 系列插件只针对 Windows 和 MacOS 用户开放。这一系列插件,均为众筹插件,暂时未有对外开放的打算。感兴趣的见推文
SRAtoFastq | 任何人都能自主分析测序原始数据
五号插件 - Fastq2Fasta
Fastq2Fasta,看名字就知道他只能做一个事情,将 Fastq 格式的序列文件,转换为 Fasta 格式的序列文件。这个插件比较有趣。来自于半小时直播时,有用户提起多次。作为回应,我顺手写了,同时完全对外释放。具体可见
FastqtoFasta | 随手写个小插件,送给积极的用户朋友
六号插件 - FastQC
FastQC 是一款被广泛使用的测序数据质量查看软件,软件本身知道界面版。但我还是选择将其打包成这个插件。主要原因是....方便。当然,另外还有其他一些尽量完善以避免出问题的情况。有时候一些软件虽然是Java软件,但不一定是有完善的跨平台实现。这一插件属于众筹插件。
具体可见
插件FastQC | 点点点,人人看看测序数据质量
七号插件 - Trimmomatics
质量控制是高通量测序数据分析不可缺少的部分。质控软件有很多,我自己也实现了一些,包括RNAseq和small RNAseq的。权衡之下,我没有选择二进制文件,而选择打包 Trimmomatics,主要原因在于....都是 Java 实现,套起来方便。当然,与FastQC插件类似,我也做了一些优化,使之能够更好的跨平台。RNAseq系列插件之一,所以仍然是众筹插件。
具体见
Trimmomatic | 点点点,测序原始数据质控,技能√get
八号插件 - Ascp GUI Wrapper
提起这个插件,还是有趣。原本我是打算写转录本定量插件的,然而突然发现找不到测序数据。原本是想着FTP下载的,无奈速度似乎不太行。这种情况下,Aspera是完美解决办法。然而,最麻烦的还是在于软件安装与环境配置。想来想去,现在不干,以后又要折腾。干脆写一个。
于是,这是一个完全开放的插件,用户只需要安装插件,即可高效且快速下载测序数据。
具体见
插件 | 人人-点点点-光速下载 NCBI/ENA NGS原始数据
九号插件 - Newick Rename
常常有这种情况,用户会拿着一堆序列,构建一个进化树。花了时间,拿到了树文本,使用的时候才发现序列的 ID 不是自己想要的样式。于是最好的方法是...进行重命名。同样,这个需求来自半小时直播。我顺手就实现了,又是一众筹插件
Solved!进化树批量重命名,技能 √get
十号插件 - The BEST Gift
啊,这是 TBtools 第一个游戏插件,在具有情人节属性的节日里,送给单身朋友最好的礼物,完全开放,随时可用
具体见
插件 | 七夕福利!TBtools 用户最好的礼物
十一号插件 - Kallisto GUI Wrapper
这个插件是 TBtools RNAseq 系列插件的终结插件。打包了 kallisto,用户可以高效地,批量地,基于 Fastq 测序数据,获取 基因表达矩阵 和 读段计数矩阵。最大的优势或许是,自动整合结果 - 总的来说,不能太方便!!!
Kallisto | 点点点,从 测序数据 到 基因表达量矩阵 人人都可以!
写在最后
Emmmm,我自认为每一个插件都融合了我个人的思考。事实上解决了一些问题。尤其是 RNAseq 系列插件,目前主要是众筹朋友的使用阶段(不到30人)。我自己在笔记本上两天,分析了100+个转录组测序样品,感觉很爽。
....
推文写完了,突然还是回到现实,总的来说,我觉得最好找工作状态应该是:
至少一年以上海外经历,最好有海外学历
博后经历,基本相当于讲师经历
综合结果,或许难道可能即使是目前这样的环境,那么出国也是必要项?有趣。
整体上,取得联系的估计有近20个老师,每一个老师都给了我一些不错的建议,也聊了科研设想和看法。其中王老师提到的一点,我觉得值得写出来,大体是:如果你要走科研,那么最好起点要高。
另外,鲍老师提及的要考虑单位是否有良好的晋升通道,事实上这个我之前也没有考虑,果然还是年轻。
最后,还有肖老师的实在 和 徐老师的认可
我想,且不提找工作的结果,但就这个过程,已是受益良多!
PS:可能我跟不少博士找工作的状态不同的是,我并不担心没有工作,因为我只要坐在电脑面前,就是在工作。