转录组测序对细胞系看基因融合事件

通常，基因融合会产生基因融合转录本和嵌合蛋白产物，它们已被用作治疗的靶标。众所周知的例子是靶向BCR-ABL1基因融合的格列卫（Imantinib）和靶向EML4-ALK基因融合的克唑替尼。所以很多癌症研究是关于融合基因的，比如发表在6分杂志：J Pathol. 2013 Oct; 题目是：Identification of a recurrent transforming UBR5-ZNF423 fusion gene in EBV-associated nasopharyngeal carcinoma.  5年过去了，引用才40多，应该是该领域（鼻咽癌）的研究人员不多。

昨天推送的：转录组测序看基因融合事件的临床意义 针对的是12个NPC病人，今天这个是6个NPC细胞系的测序，同样的是关注融合基因事件。

RNA-seq测序

材料是：Six EBV-positive xenografts (xeno-666, xeno-2117, xeno-1915, xeno-99186, C15 and C17)  还有一个实验室自己的a cell line (C666-1)

测序仪是：Illumina Hi-seq2000, 测序策略是 (100 nt paired-end) ，每个样本是 50–80 million 数据，但是并没有公布原始测序数据，无法下载后验证，作者是基于deFuse的流程找转录组的融合事件，基于hg19参考基因组。

数据分析结果

通常RNA-seq测序是可以发现很多融合基因事件，如下表：

最后的文章落脚点是其中两个基因的融合事件（UBR5-ZNF423 ）：

  • ubiquitin protein ligase E3 component n-recognin 5 (UBR5) on 8q22.3

  • zinc finger protein 423 (ZNF423) on 16q12.1

所以选择了测序数据分析后的bam文件载入IGV可视化，可以看到基因融合事件：

实验验证基因的融合事件UBR5-ZNF423

也可以传统的实验验证：

实验验证的方法丰富多样，体内体外，小鼠模型。如果大家感兴趣，可以自己下载文献慢慢品读。

Knock-down of UBR5-ZNF423 by fusion-specific siRNA significantly inhibited the cell proliferation and colony-forming ability of C666-1 cells.

人群队列验证

这个临床课题设计的一般思路，在医院做科研最不缺的就是病人队列了。

两个队列:

  • PMH,  42 primary tumours from patients in Hong Kong，发现 4/42 验证到了。

  • Toronto, 是 RT–PCR，在A cohort of 102 paraffin-embedded primary tumours from Toronto ，发现 the gene rearrangement was confirmed in 8/102 tumour specimens of NPC patients

可以看到，这个融合基因发生的频率不高。

融合事件UBR5-ZNF423的功能说明

这个时候回到了分子生物学层面，基因翻译的蛋白产物，不同的蛋白质功能域是否被破坏。

参考文献：

2019 Aug 30. doi: 10.1016/j.gendis.2019.08.002

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