一个10X样品测8个细胞系

我们七月份的学徒培养专注于单细胞数据处理，第一个学徒选择的文章很有意思，标题是：《Single-cell transcriptomic heterogeneity in invasive ductal and lobular breast cancer cells》

这个单细胞文章仅仅是单个10X样品，但是测8个细胞系，流程如下所示：

 Number of cells:
  • MCF7 (n=977)
  • T47D WT (n=509)
  • T47D KO (n=491)
  • MM134 (n=439)
  • SUM44 (n=314)
  • BCK4 (n=512)
  • MCF10A (n=491)
  • HEK293T(n=881).

可以看到，不同细胞系，降维聚类分群后，泾渭分明；

 

数据在其GEO上面，可以很容易下载，然后走seurat流程，降维聚类分群就可以跟文章做得差不多的umap图，不过自己分群后的8个亚群需要跟文章里面的8个细胞系进行对应，这个过程就略微有点复杂。这个文献及其数据处理也会纳入我们的两个b站单细胞栏目，持续更新半年，基本上涵盖了大家需要的技能：

  • https://www.bilibili.com/video/BV1DK4y1X7bb/  更新至第8篇，「生信技能树」100个单细胞文献解读(8/100)
  • https://www.bilibili.com/video/BV19Q4y1R7cu/  section 3已更新，「生信技能树」单细胞公开课2021

文末做一个小调研，你会混合多个样品进行一次10X单细胞转录组测序吗？因为10X样品拿到的细胞数量范围是5-10千，所以理论上并不能无限制混样品哦。

而且混合之后，如何把样品拆分开来，也是一个问题。

另外，有公司提供这样的混样10x服务吗？欢迎留言

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