有趣的基因命名

gene symbol 是非常官方的,由HUGO 组织负责维护,有专门的数据库HGNC database of human gene names | HUGO

以前分析数据的时候,有一些基因的symbol很奇怪,让我百思不得其解,比如:

  • C orf 系列基因,

  • HS.系列基因,

  • KRTAP系列基因,

  • LOC系列基因,

  • MIR系列基因,

  • LINC系列基因

它们往往一个系列,就有好几百个基因,

  • C12orf44; Chromosome 12 Open Reading Frame 44;  这个是C orf系列基因的意思

  • MIR系列基因应该是 miRNA相关的基因

  • LINC系列基因应该就是long intergenic non-protein coding RNA

  • OC系列基因,是非正式的,推定的,日后可能被更合适的名字替代

还有一些RNA基因,根本就没有symbol,比如:CTA/B/C/D-系列的

  • Aliases for ENSG00000271971 Gene

  • CTD-2006H14.2 5

  • External Ids for ENSG00000271971 Gene

  • Ensembl: ENSG00000271971

还有,如果你看到HS.开头的基因,它是unigene的ID了,已经不再是symbol啦。

当然了,本来就有很多基因家族里面的成员的名字就很类似,也可以理解哈。

关于非编码蛋白的基因

如果有一个很接近的蛋白编码基因,lncRNA的名字应该以这个编码基因名字开始,然后制定以后后缀,这个后缀可以下方式分类:
● 反义 (antisense,AS),BACE1-AS;
● 内含子(intronic,IT),例如,SPRY4-IT1;
● 重叠 (overlapping,OT),例如,OSX2-OT;
● 长链基因间lncRNA(Long intergenic lncRNAs,lincRNAs),以LINC为前缀,数字为后缀,例如LINC00485。

上述命名的基本架构适用于大多数lncRNA,但对于基因密集区域的lncRNA可能就不适用了,这种情况下,你应该与HGNC沟通来解决。

关于Excel表格的日期基因

当然了,如果你是Excel表格操作,你还有可能遇到日期基因

image-20191129123404482

具体见:Excel-坑你的基因名没商量!-计算机基础-生信技能树 www.biotrainee.com/thread-908-1-1

(0)

相关推荐

  • lncRNA与甲基化碰撞,5分 发文思路

    题目:Pan-cancer characterization of long non-coding RNA and DNA methylation mediated transcriptional d ...

  • ​条件性基因敲除小鼠怎么命名?

    基因定点修饰小鼠名字的基因符号一般由以下几个部分组成: 被定点修饰的基因:用基因符号表示,需要斜体. 基因修饰方式:利用ES打靶技术构建的小鼠,用tm表示,tm代表targeted mutation: ...

  • 基因敲除小鼠怎么命名?

    基因定点修饰小鼠名字的基因符号一般由以下几个部分组成: 被定点修饰的基因:用基因符号表示,需要斜体. 基因修饰方式:利用ES打靶技术构建的小鼠,用tm表示,tm代表targeted mutation: ...

  • 基因敲入小鼠怎么命名?

    基因定点修饰小鼠名字的基因符号一般由以下几个部分组成: 被定点修饰的基因:用基因符号表示,需要斜体. 基因修饰方式:利用ES打靶技术构建的小鼠,用tm表示,tm代表targeted mutation: ...

  • 中药的有趣命名

    以形态命名:如牛膝,因其茎节粗而膨出,状似牛的膝关节而得名:白头翁则以其"近根处有白茸,状似白头老翁"而得名:狗脊的根上有金黄色的茸毛,酷似狗脊而得名. 以气味命名:有酸味的酸枣仁 ...

  • 关于基因的6条有趣事实,你的基因有多长?

    大部分DNA都没啥用 很多人认为DNA就是基因,基因就是DNA,这是一个巨大的误区.实际上,基因指的是带有遗传讯息的DNA,也就是说,有些DNA并不带有遗传讯息. 我们知道,DNA的全名叫做脱氧核糖核 ...

  • 中药的命名原来这么有趣,210味常用中药名释义!

    "张胜兵中医"解表药麻黄本品"其味麻,其色黄"(<本草纲目>),因色黄味麻而得名.桂枝"桂枝,即桂树之枝"(<本草便读&g ...

  • 有趣地将差异表达基因有用地展示在KEGG通路上

    身为一个公众号,如果不更新,那么太对不起关注的朋友们啦.然而,作为一个正经的果农,我确实没太多可以分享的.按照惯例,先宣传一下地球上最好的生物信息理论和技术交流QQ群(bioinformatics*C ...

  • 杂乱有章(九)生活篇:如果让孩子命名世界,有趣,但也让人发疯

    ●儿子的玩具跑车,以前告诉他,这个车门是鸥翼式的.刚才,他忘了,说"鸟鸟式"."鸟鸥式". ●"妈妈抱抱." "妈妈揉面团,没法抱 ...

  • 基因知识:基因突变命名规则

    肿瘤的发生往往伴随着多种基因发生突变,一个典型的肿瘤细胞通常携带2-8种基因突变.不同类型的基因突变肿瘤患者往往对不同的药物敏感性有所差异,因此在肿瘤治疗过程中,对基因突变类型的检测对于个体化精准医疗 ...