技术贴 | KEGG功能注释和KEGG功能富集的在线预测

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导读

KEGG是1995年由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室建立的，是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。KEGG功能注释和富集分析是基因功能研究中常见的一项分析内容，当我们拿到一批感兴趣的基因，如何去做KEGG功能注释和KEGG富集分析呢？今天我们介绍简单的在线操作方法。

KEGG功能注释和KEGG功能富集的在线预测

一、KEGG功能注释

  1. 打开KEGG官方网站

官方网站网址：https://www.kegg.jp/kegg/

主页是这个样子的：

2.打开BlastKOALA工具

KEGG的主页下方，找到BlastKOALA，并打开。

3.提交自己的Protein序列。

4.参数选择

根据自己的情况，选择物种类型是原核生物还是真核生物；

KEGG数据库文件选择默认就可以了；

一定要输入自己的邮箱，以确认注释工作的进行；

一些输入完毕后，点击Request for email confirmation。

5.邮箱确认

打开自己的邮箱，查看相关邮件，分析继续的话点开Submit的链接；取消分析的话点开Cancel的链接。

6.等待结果

注释完成后会邮箱通知，通过邮件中的链接打开结果文件。文件保存时间有限，一定记得下载。

7.下载详细结果

二、KEGG功能富集

1.准备文件

（1）准备geneID对应的KO_ID背景文件（截取于KEGG功能注释的结果文件），只需要两列内容：geneID和KO_ID，其它列都删除，另存为制表符格式的txt文件。注意不要有空格、中文、特殊符号等。

（2）准备自己感兴趣的基因列表，只需要一列内容，另存为制表符格式的txt文件。

2.打开omicshare在线平台https://www.omicshare.com/tools/

注册并登录平台，点击动态KEGG富集分析。上传目标基因和背景文件，选择背景基因表类型KO，物种类型包括动物、植物、微生物等。设置完成后，点击提交。

3.查看结果

等待结果完成后，刷新任务状态，找到自己提交的任务编号即可查看富集结果。

4.图片中的颜色可以自定义调整，最后下载保存，位图、矢量图格式均可。

最后，祝大家科研顺利！

感谢阅读！

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