3DSlicer教程(005)血肿建模 (一)
导言
3D Slicer教程已经简介了软件的安装、设置及数据导入,以MRA重建为例简单介绍了Volume Rendering模块的应用,今天介绍一下建模操作,主要涉及的模块为Editor,Segment Editor具有相似的功能且更强大,但因对电脑配置要求较高,今天不涉及。限于本人英文水平,文中涉及的专业术语等不做翻译。本教程的初衷主要想起到一个抛砖引玉的作用,希望对大家有所启发。再次重申,3D Slicer目前只作为科学研究,因学习本教程应用于临床所导致的一切后果与本教程编辑人员无关,属于个人行为,后果自负。
数据加载
数据已去除患者信息,由Dicom文件转换成nii.gz格式,直接拖入3D Slicer界面或者用以下方法进行导入。
快捷键Ctrl + W关闭加载的Volume,重新加载数据并更改选项。
打开图像脑结构显示不清,需在Volumes模块中进行调整。
血肿建模
因3D Slicer属于免费开源软件,没有商业软件操作的最优化处理流程,部分方法操作起来有些繁琐,但同一结果可以多种方式达成,这也是开源软件的魅力所在。下面讲解几种建模方式,通过建模的流程来熟悉各个模块、工具的基本功能,为以后肿瘤等其他组织建模提供帮助,如果单纯血肿建模熟练掌握其中1-2种方法即可。
01ThresholdEffect(阈值法)
严格来说通过限定阈值范围而建模的方法都属于阈值法,此处指主要应用阈值工具完成血肿建模的方法。首先打开Editor模块进行如下设置:①选择母版图像(作为灰度参考背景);②合并子区域图像会包含相关解剖结构的重合(注意合并操作会覆盖其他已编辑好子区域图像)。
Add Structure:为某一解剖结构标画子图像区域,选择一种颜色,可以通过搜索框进行模糊搜索颜色名称,每个颜色名称前面有序号。
如果想更换或删除多余颜色,选中相应颜色后可点击Delete Selected进行删除操作。
颜色的选择也可以用下面的方法
如果要对颜色进行删除等操作时,仍需要在Per-Structure Volumes中进行操作。
首先点击Split Merge Volume调出已经应用的颜色列表,之后选中要删除的颜色进行删除(Delete Selected)或者删除所有颜色(Delete All)。选中相应的颜色标签,还可以进行Merge及Build建模操作
选中阈值工具(ThresholdEffect)
设定阈值范围时要先设置高值,后设置低值。
应用SaveIslandEffect点击血肿中心区域,去除血肿周边多余染色,如果染色与血肿连接则无法去除,需要用到其他方法。
选中MakeModelEffect工具进行建模
建模完成后可在3D视窗内看到建好的血肿Model,点选左上角调出菜单,点亮眼睛图标可以将CT片与Model融合,通过调节滑块(或鼠标滚轮),在3D视窗可显示不同层面的融合效果。
Model与血肿基本吻合
血肿的相关信息可以在Models模块中进行查看,测算血肿体积前不要对Model进行平滑处理,否则计算的体积会有缩小改变。
可以通过调节参数更改Model的颜色和透明度
Model表面粗糙,可以进行平滑处理,调出Model Maker模块,或者通过工具MakeModelEffect中的Go To Model Maker转换到Model Maker界面。
进入Model Maker界面
Models名称可以随意填写英文、数字或组合。
依次调整平滑度(Smooth)、过滤方式算法(Filter Type)、平滑时毁损百分比(Decimate),其它选项默认即可。
致谢:本教程部分翻译及校对得到解放军82医院束旭俊的帮助,在此致谢!