实用 | 优雅地提取部分基因结构注释信息

写在前面

很久很久以前，我就已经写过 GFF3/GTF 注释信息的部分提取功能。每一个GXF文件，往往包含的两万个左右基因（数万个转录本）的外显子，CDS等信息。而我们一般感兴趣的，常常只是其中的一些基因或转录本。
绝大多数情况，用户提取这部分基因的结构注释信息，目的在于进行基因结构可视化。但在 TBtools 里面，用户只需要直接提供：1）进化树文本；或者 2）基因 ID 列表就可以直接可视化。进行注释信息提取的步骤，看起来只是多余。于是我一直以来，并不开放这个功能。尽管在极少数的情况下，我发现，其实我也需要稍微提取一下。
既然如此，那就开放这个功能：GXF Select。

GXF Select 的使用

打开 TBtools 并跳转对应的功能。

注意版本号，这个功能才更新的

具体实例

顺便来一个有误的实例，我们看基因结构的时候，往往关注的只是一个代表性转录本的外显子和内含子结构。而非基因，因为一个基因对应多个转录本，每一个转录本各有自己的结构。
有时候，我们可能会用错 ID ，比如

写在最后

Emmm... 至此，我自认为，在 GFF3 或者 GTF 文件操作上，TBtools 的功能确实已经极其丰富，也可以满足 99% 的日常需求。今天更新的这个功能，其实常常会有人提及，但我今天才想好放出来，主要原因，或许是妥协。
妥协和放弃，常常我们换个角度来看，可能会让自己过得更开心一些，尽管不一定是好事，但也不一定是坏事。