经过多年的探索研究，马氏总结出了一套多组穴位配合长期循环灸的方法治疗各种肝病，包括各种肝炎、脂肪肝、肝硬化、肝功能异常以及中医辨证为肝气旺盛等。在诊治时，如果患者的病症没有兼症、急症，则利用常规灸穴配穴组合，多日循环灸。灸治肝病的常规配穴有 9组 ，每天灸治 1组 穴位，9天后循环往复灸，且每天灸完本日穴位组后再灸神阙或者关元30分钟，以利于培补元气并引火归源。
第1日：中脘、足三里；
第2日：期门、太冲；
第3日：下脘、气海、天枢；
第4日：肝俞 、章门；
第5日：乳根、气冲；
第6日：膈俞、膻中、巨阙；
第7日：脾俞、三阴交；
第8日：胃俞 、不容；
第9日：肾俞 、照海。
在治疗各种肝病的灸法中，马氏虽然主张多组穴位配合长期循环往复灸，但马氏主张每天灸治的穴位不宜多，按穴名来定(1个穴名算1个穴)，每次灸治穴位不超过 4个 ，这样功效专一；艾火易行，防止灸量过大。马氏认为，治疗慢性肝病贵在坚持，不急躁，欲速则不达。肝病患者多病程长，出现虚实夹杂症状，呈本虚标实的身体状态，因此常伴有经络不通、气血不行的病理改变。所以，马氏主张在治疗各种慢性肝病之初先小通、小补，也就是初灸时灸量不宜大，灸疗时间不宜长，否则病体不受，易出现口干、咽痛、头晕、不思饮食等虚不受补症状。同时，马氏认为灸治肝病的疗程要足，少则二三个月、半年，甚至更长时间地灸下去。有些肝病，灸后症状消失，但病疾并未根治，仍要坚持灸疗。对于慢性肝炎、肝硬化患者，病症消失后，应再坚持灸半年时间以巩固疗效。马氏在灸治肝病过程中注重通利腑气和通调水道。马氏认为，“对于各种慢性病，因病久脏腑传化，一 般均会导致腑气的呆滞。灸治过程中必先通腑气，使肠胃的吸收、排泄功能趋于正常，则机体气血生化有源，体内的瘀滞及病理产物易于化解、排出，各种病症均能随之而好转”。因此，对于明显大便不通者，先通利大便，灸承山和左大横，以大便通为度。另外，马氏认为，灸治过程中还应先通调水道，对于肝硬化引起的腹水或者全身浮肿者，应配合灸利水穴。因此，在病人有腹水、小便不利或水肿兼症的情况下，加灸利水穴组如水分、水道和关元、曲骨、三阴交等，以小便通利和水肿消退后再常规灸治各种主病。患者，男，于 1973年 7月 22日以“腹胀 、腹水、浮肿”就诊 。患肝硬化腹水，曾在当地医院住院治疗(具体不详)，未效。刻诊：腹胀，纳差，易疲劳，下肢浮肿，有腹水，肝脏变大变硬，左腿麻木。行温灸治疗法，按肝病常规灸法自灸。灸20天后 ，食欲好转，体力有所恢复，肠鸣多，每日矢气 20~30次，下肢肿及腹水消退许多，肝脏已触摸不到。灸 2个 月后下肢肿及腹水消退，左腿麻木消失，精神、体质均转佳，只是在面部及身体两侧出一些如小米粒大的疹子，觉痒，数日后自行消退。灸至 3个月 ，病愈。马氏在温灸治疗肝病中重视人体整体功能的调整，同时培补人体元气和调整脾胃功能，并且他采用独特整体配穴循环灸法，在灸治过程中坚持小火长期灸。其治疗肝病的机制与艾灸可以调整人体免疫功能的功效是分不开的。从文献记载可以看出，艾灸在调补人体免疫功能方面具有双相性，也是这种双相调节作用维持了人体阴阳的动态平衡。机体免疫功能正常了，阴阳处在平衡状态，各种疾病也随之向愈。因此，艾灸治疗肝病的临床效果也彰显出来。
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