处方不懂怎么用?中药靶点和疾病相关基因网络图不会做?TCMID来帮您

中医药综合数据库(TCMID)是一个有关中药各个方面的数据库,包括配方,草药和草药成分,药物和疾病的信息。目前的TCMID包含约4.7万个处方,8159种草药,25210种化合物,6828种药物,3791种疾病和17521个相关目标,这是中医药研究相关领域的最大数据集。TCMID通过使用草药和化合物作为桥梁将TCM公式与蛋白质连接起来,可用于分析配方的多目标效应,并探索每种配方的潜在分子机理,还将草药成分与疾病(OMIM)和药物(Drugbank)连接在一起。这些丰富的信息可以帮助研究人员进行药物发现。例如,如果化合物和批准的药物靶向相同的蛋白质,则该化合物可能是新药最有希望的候选者。如果化合物和疾病共享相同的蛋白质,则包含该化合物的草药可能对该疾病有一定的作用。

TCMID

Traditional Chinese Medicines Integrated Database

http://119.3.41.228:8000/tcmid/

网站使用方法:

点击导航栏的SEARCH,可以根据自己的兴趣选择标签,然后将名称或特定ID放入搜索表单。在结果页面中,超链接会将其引导至其他类型的信息。搜草药可以使用拼音哦~当前版本中有六种查询TCMID的方法:

01处方查询:

现在可用的处方信息为中文,因此用户可以使用汉语拼音名称搜索处方。这里以ER SHEN WAN二神丸为例:

02草药查询:

可以用中文拼音名称或英文名称查询草药名称。以CHUAN XIN LIAN(穿心莲)为例,结果如下,罗列了穿心莲的影响和适应症及配料等内容:

除此之外。考虑到处方的煎熬过程中可能发生化学变化,导致新的成分产生,因此在网站又收集了包含处方成分的新数据,并且添加了与170种草药有关的778种草药质谱(MS)光谱数据,以显示不同来源的草药质量的变化,并将真正的药用材料和普通药材进行区分,网站分析数据大量增加,这将促进组合疗法的研究以及在分子水平上了解中医的潜在机制。

如上图,鼠标移至表格右侧“pic”上会呈现出光谱分析图:

03成分查询:

均接受化合物名称,STITCH数据库ID,CAS号。搜索adonitol结果如下,有分子式和结构体:

相关疗效:

相关的草药:

查看传说中TCMID的特色(成分目标网络):Ingredient-Targets Network

成分-目标-药物-疾病网络:Ingredient-Targets-Drug-Disease Network

04疾病查询:

数据库从OMIM收集了疾病信息,因此用户可以使用OMIM表型名称或表型ID进行查询。

结果会展示该疾病的替代名称、疾病描述、临床特征信息等,并链接到OMIM网站,可以点击查看其他详细信息,最下方还显示该疾病相关靶标蛋白。

05药品查询:

可以使用药品名称及其Drugbank ID。如搜索Naloxone,展示了药物种类、适应症、药理等内容:

06目标查询:

接受任何种类的蛋白质名称或Uniprot AC ID。我们在这里可以查询该基因会受哪些中药影响。如:Toll-like receptor 2,展示了基因名称、蛋白质名称、功能和相关药物:

还有相关草药成分和相关蛋白质:

最后,TCMID在 Download提供了相对应内容下载,具体如下:

这个数据库使用起来还是很简单的。作为综合性的医药数据库,提供了中药处方,中药复方剂,主要成分,疾病和靶点信息。其中中药相关的数据以及中药与西药关联的数据主要来源于现存的数据库,西药相关数据主要来在PubMed, OMIM, DrugBank, Uniprot等数据库。而且TCMID提供的网络药理学(NP)构建“药物-靶标-疾病”多层次网络联系,预测出药物作用机制的功能是还非常有新意的。以上就是本期内容,祝大家使用愉快!

References

Huang L, Xie D, Yu Y, Liu H, Shi Y, Shi T, Wen C. TCMID 2.0: a comprehensive resource for TCM. Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D1117-D1120. doi: 10.1093/nar/gkx1028. PMID: 29106634; PMCID: PMC5753259.

END

撰文丨大茗
排版丨西西
值班 | 小太阳
主编丨司马牧野
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