蛋白质组学第9期 文章数据分析之差异蛋白筛选和功能分析

• 蛋白质组学第1期-认识基础概念

• 蛋白质组学第2期-认识蛋白质组学原始数据

• 蛋白质组学第3期-蛋白质组学的三大元素

• 蛋白质组学第4期 文章搜库过程复现

• 蛋白质组学第5期搜库软件之 MaxQuant 再介绍

• 蛋白质组学第6期 搜库软件之 MaxQuant 结果数据介绍

• 蛋白质组学第7期 复现文章数据- 预处理之Perseus 的使用

• 蛋白质组学第8期 文章复现之数据处理

上期回顾：第七期讲述了用Perseus进行数据预处理，第八期讲述用Perseus制作火山图和聚类热图

本期要点：差异蛋白的筛选和功能分析

一、差异蛋白筛选

1. 承接上期数据

数据预处理、做行标注

2. 计算过程

3.结果

4.在excel中删选差异蛋白

• 1）使用excel打开上面保存的数据

• 2）删选P<0.05 的蛋白（P<0.05 ,-logP-value >1.30167)

• 3）在删选万P之后，删选差异倍数（fold change >2 或< -2, log2 fold change >1 或< -1 )

二、蛋白通路和相互作用分析

文章中使用Ingenuity Pathway Analysis (IPA) (http://www.ingenuity. com/pa/) 进行分析，由于IPA不是免费的，因此推荐使用String(https://string-db.org/)

1.String

将差异蛋白的Gene name列 复制，至String

2.结果根据自己的需要选择

三、本期任务

筛选两个细胞系的差异蛋白，并使用string进行功能分析，通路分析和蛋白相互作用