【直播】我的基因组75:为什么我的血液里面有这些菌?
在昨天的一讲中,我们用gottcha 软件把我的基因组中所有不能比对到人类参考基因组的序列都拿去比对了一下微生物,看看具体都是些什么,总共850万的reads,只有不到10万比对到了微生物,说明我的基因组里面的微生物序列实在是太少了。
PS:几个热心的读者朋友推荐我用mothur/qiime等软件来完成,但是呢,我本身对微生物了解很少,只是因为这个是自己的基因组,所以就杂七杂八的乱分析,这个并不是基因组标准分析流程,我只是想到什么,搜索到什么,就做什么而已。
昨天的比对的统计结果如下:
如果不是专业人士,这种结果真心很难懂,都是拉丁名的菌,我简单翻译了几个名字。
数据倒没什么问题,就是比对成功的reads具体按照界门纲目科属种给数一下多少,然后算一下百分比即可。我把每个菌都查了一下中文名字,当然,就算是给我中文名,我也不知道是什么,反正是专有名词,只有结果一个个长篇大论的说明我才能勉强理解这个菌的作用,功能,正常情况下的占比等等。
其中我的血液基因组里面发现最多的两种菌分别是:
粘质沙雷菌(serratia marcescens) 是正常存在于人体中的最小细菌, 泌尿道和呼吸道是重要的贮菌部位,儿童的胃肠道也可贮菌。在机体免疫功能低下时能引起肺炎、败血症、脑膜炎以及各类感染,且对多种抗生素耐药。
肠膜明串珠菌是乳酸菌中的明串珠菌属的重要菌种。研究证实,肠膜明串珠菌能发酵糖类产生多种酸和醇,具有高产酸能力、抗氧化能力和拮抗致病菌等能力。目前肠膜明串珠茵已被广泛应用于风味剂、血浆代用品,还有望成为新型微生态制剂。
可是,啥意思呢?为什么我的血液里面有这些菌?
我也不懂,等我咨询一些业界牛人再回过头来解释一下。
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