使用ggbio画一个基因的3个可变剪切转录本示意图

我最近看到了一个综述，在讨论 TNFSF15 基因 ，亦称TL1A或VEGI(血管内皮细胞生长抑制因子)，为肿瘤坏死因子超家族成员之一。

  • TNFSF15在染色体上的位置是9q32，包含4个外显子区域，按照剪切位点的不同可生成3种剪切体。
  • 根据其翻译后蛋白中含有氨基酸的数目进行命名，分别为TNFSF15~174、TNFSF15~192 及TNFSF15~251。

这个综述文章：2020,47(07):567-571. DOI:10.3971/j.issn.1000-8578.2020.19.1622

然后我去ensembl数据库查询了一下：http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=core;g=ENSG00000181634;r=9:117546915-117568406

有意思的是仅仅是看到了两个转录本哦，染色体位置没有错，而且也确实是4个外显子：

 

所以我就布置了一个学徒作业：是画出TNFSF15基因的的3个转录本：TNFSF15~174、TNFSF15~192及TNFSF15~251的结构示意图！

学徒给出来的代码超级简单，值得分享：

library(ggbio) 
# hg38
library(EnsDb.Hsapiens.v86)
ensdb <- EnsDb.Hsapiens.v86
autoplot(ensdb, GeneNameFilter("TNFSF15")) + 
  theme_bw()

如下所示，也是一样的结果， 仅仅是两个转录本 ，虽然是4个外显子：

 

那么问题来了，是数据库更新不及时吗？还是不同的数据库有不同的结果呢？

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