Molecular Plant|中科院王佳伟课题组：单细胞RNA测序揭示拟南芥根部的发育蓝图

推荐：江舜尧

编译：厌氧菌

编辑：马莉

中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所、上海科技大学王佳伟课题组于2019年4月18日在植物学领域顶级期刊《Molecular Plant 》在线发表题为《A Single-Cell RNA Sequencing Profiles the Developmental Landscape of Arabidopsis Root》的文章。

运用单细胞单细胞RNA测序揭示拟南芥根部的发育蓝图。此项研究鉴定得到的数百个簇特异性标记基因为将来的功能分析工作提供宝贵资源。

文章摘要

细胞具有固有的异质性。单细胞基因表达研究的最新进展使研究者能够探索动态发育过程和高度异质细胞群的转录调控。使用高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，作者发现拟南芥根部细胞的转录组是高度异质的。作者一共鉴定出了24个假定细胞簇以及具有细胞簇特异性的标记基因。处于不同发育阶段的个体细胞的空间分布和时间顺序表明了它们的分层结构和重建了根系发育的连续分化轨迹。此外，作者发现每个根细胞簇在离子同化和激素应答中表现出截然不同的模式。此项研究揭示了根细胞的高度异质性，并在单细胞水平上鉴定了根细胞分化期中间状态的表达特征。作者将本研究中得到的数据发布在服务器上（http://wanglab.sippe.ac.cn/rootatlas/）以便于广大研究者使用。

文中主要图片说明

图1 | 拟南芥根部的细胞的异质性。

图2 | 近端分生组织的分化轨迹。

图3 | 根冠的分化轨迹。

图4 | 离子同化和激素应答的不同模式。

图5 | 细胞分裂素对侧根根冠发育的调节。