如何看懂基因检测报告之突变类型

很多人在面对基因检测报告时会有些困惑，不知道什么时新发突变，什么时功能获得性突变与功能失活突变，也不搞不清楚基因扩增是怎么回事。今天就来科普下基因突变这件事。

首先我们来了解下基因变异的三个途径：

第一种变异的方式就是来自我们父母的遗传，称之为胚系突变（Germline mutations)。

第二种是新发突变（De novo mutations），这种突变是指父母本身没有的突变，一般来自精卵结合或受精卵发育过程中的自发突变。每个人身上都会有这样的变异，一般不会带来功能性的问题，但有一些先天的小儿疾病，就是这样的变异刚好落在了一个重要的基因上。

第三种突变即是最常见的一种，体细胞突变（Somatic mutations ）。典型的例子如KRAS G12C突变。

基因突变的主要类型包括：

染色体倍数改变Chromosomal aneuploidy

如唐氏综合症就是21号染色体多了一条而导致的。

基因组结构变异Structural Variations (SVs)与拷贝数变异Copy Number Variations (CNVs)

一般来讲，SV常被定义为DNA上大于1 kb 片段的变更，如：缺失突变（deletions），插入突变（insertions）等。CNV 是基因组结构变异的重要组成部分，一般指长度为1 kb 以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少, 主要表现为亚显微水平的缺失和重复。

插入缺失Short insertion/deletions (Indels)

指的是在基因组的某个位置上所发生的小片段序列的插入或者删除，其长度通常在50bp以下。Indel是导致癌症激酶活化的常见机制。比如KRAS是一种激酶，某种突变会让它获得持续的激活，从而使癌细胞失控。

单核苷酸变异Single Nucleotide Variations (SNVs)

SNV是基因组水平上由单个核苷酸的变异，一般来说每个人的基因组都会有300万个单核苷酸的变异，可能出现在编码区、非编码区、基因间区。

（A）错义突变（missense mutation)：DNA的突变引起mRNA中密码子改变，编码另一种氨基酸。如G12A，表示第12号密码子由 G 突变为 A（其中 G 为野生型氨基酸 ，12 是氨基酸突变位置，A 为突变型氨基酸）；错义突变造成不同氨基酸的替代，可能使得到的蛋白质无功能。例如，从AAA到AGA的变化将导致从编码赖氨酸到编码精氨酸的变化，但精氨酸与赖氨酸化学性质相似。在这样一种情况下，突变对表型几乎没有影响，因此该突变是中性的。

（B）无义突变(nonsense mutation)：如 G12*， 表示第 12 号密码子由 G 突变为终止密码子，*代表编码终止；无义突变通常引起蛋白的功能异常，为致病突变。

（C)同义突变（samesense mutation):是指碱基被替换之后 ，产生新的密码子，但由于生物的遗传密码子存在简并现象，新旧密码子仍是同义断码子，所编码的氨基酸种类保持不变，因此同义突变通常不产生突变效应。

（D）移码突变（frameshift mutation)：在正常的DNA中，碱基缺失或增加非3的整倍数，造成这位置之后的一系列编码发生移位错误的改变。如 p.D1866Rfs*17，表示第 1866 位氨基酸由 D 突变为 R，并继续编码 16 个氨基酸后终止；

（E）整码突变（inframe mutation）：如 c.295_297delGGC，p.G99del 表示核苷酸发生 3 的整数倍的缺失或插入，导致编码蛋白发生缺失或插入相应氨基酸。

（F）剪切突变(splicing mutation)：如 BRCA1 c.5152+1G>T，表示 BRCA1 基因第 5152 核苷酸交界内含子区域第 1 位核苷酸发生突变，碱基由 G 突变为 T；

（G）融合突变：如 EML4-ALK 融合，表示基因 EML4 与 ALK 发生融合变异；融合突变是非常重要的一种突变形式。

例如：

NF2 第5外显子第163位亮氨酸突变为苯丙氨酸，并继续编码39个氨基酸后终止，突变频率为37.07%。查询数据，可以看出NF2属于抑癌基因，这是一个致病突变，属于功能失活的突变。

以上是对这个突变点位的注释