王琳一举擒获侯安都和周文育，士气正盛，和陈霸先有分庭抗礼之势，其他各路诸侯又开始蠢蠢欲动，鲁悉达和周迪坐地起价，新吴洞主余孝顷则直接加入了王琳的阵营。不过，余孝顷表面上加入王琳的阵营，实际上还是在趁机壮大自己，他派僧人道林去游说王琳道：“周迪、黄法氍表面上依附金陵，暗地里却窥伺机会。您的大军如果东下，这帮人必然成为后患，不如先平定南川再东下，我余孝顷请求带着所部去追随您，在您麾下效力。”王琳听从了余孝顷的建议，派轻车将军樊猛、平南将军李孝钦、平东将军刘广德领兵八千人去平定南川，让余孝顷总督他们三人，驻扎在临川故郡，同时向周迪征收兵粮，以观察他的反应。为了安抚人心，陈霸先连忙任命开府仪同三司侯瑱为司空，衡州刺史欧阳頠为都督交、广等十九州诸军事、广州刺史。此举既是在安抚侯瑱和欧阳頠，也是在告诉其他军阀，只要跟着我，马上给你封官晋爵。但对于那些久经风雨的军阀来说，官帽子是最靠不住的，有本事先搞定王琳，保住你的陈朝。永定二年（公元558年）二月初九，南陈又发生了一件让陈霸先颜面尽失的事，刚被任命为南豫州刺史的沈泰竟然跑路了，投奔北齐。三月，北齐派兵护送萧庄回到江南，并册拜王琳为梁朝丞相、都督中外诸军、录尚书事。为了争取高洋的武力支持，王琳派其侄子王叔宝率领所统辖十个州刺史的子弟去邺城充当人质。随后，王琳拥戴萧庄登上皇位，改元天启，追谥萧渊明为闵皇帝。萧庄以王琳为侍中、大将军、中书监，其余官职依照北齐册命。局势变化太快，称帝不到半年，陈霸先已然面临北齐和南梁腹背受敌的窘境。果然，皇帝不好当，登基就意味着上擂台，对手还是群殴。
四月初三，为了断绝南梁旧臣的念想，陈霸先派人杀了萧方智，立武林侯萧谘的儿子萧季卿为江阴王。
五月初一，余孝顷在工塘屯驻两万军队，连结八城兵力逼临周迪的驻地。周迪害怕了，请求讲和，并送兵粮给余孝顷。樊猛等人想接受和好盟约收兵而归，余孝顷却贪图出兵之利，不许樊猛等撤退，树起栅栏围住他们。因为这件事，樊猛与余孝顷开始不和。六月初七，陈霸先下诏命司空侯瑱与领军将军徐度率领水师为前军去讨伐王琳。七月初七，陈霸先驾临石头城，亲自为侯瑱等送行。从下诏发兵，到正式出师，整整过去了一个月，这其间到底发生了什么？尽管史书上没有记载，但此时的南陈内部一定不和谐。与此同时，高州刺史黄法氍、吴兴太守沈恪、宁州刺史周敷联合出兵救援周迪。周敷从临川故郡切断江口，分兵攻打余孝顷的别城。关键时刻，樊猛等不肯去救援，别城陷落，刘广德先一步乘流而下，也得到保全。余孝顷等都扔掉船只带兵士步行，周迪发兵追击，把他们全部抓获，余孝顷及李孝饮被送往建康，樊猛则还给了王琳。从结果来说，余孝顷不是来给王琳帮忙的，而是来添乱的。七月十三，趁着胜利之势，陈霸先派吏部尚书谢哲（谢朏之孙）去劝降王琳。八月初十，陈霸先下诏派临川王陈蒨出兵西讨，共有水军五万人从建康出发，陈霸先亲临冶城寺为陈蒨送行。就在这时，事情发生戏剧性变化，局势陡然间利好陈霸先。趁着王琳前往白水浦时，周文育、侯安都、徐敬成等成功贿赂了王子晋，王子晋假装乘小船靠近大船垂钓，将周文育等人用小船载上岸，藏入深草丛中，让他们得以步行逃脱。回到建康后，周文育、侯安都等人请罪自劾。陈霸先亲切接见了他们，宽宥了他们的兵败之罪，很快又恢复了他们原来的官职。兵败被俘之耻，再加上陈霸先不计前嫌，侯安都终于放下旧怨，尽心尽力辅佐陈霸先。不久，谢哲从王琳处回朝复命，说王琳请求回到湘州，陈霸先立即下诏追回出征的军队，双方就此罢兵言和。王琳要和陈霸先停战，余孝顷的弟弟余孝劢和儿子余公飏不干了，仍然据守旧营不肯投降。九月初十，陈霸先诏命周文育都督众军从豫章出发去讨伐他们。趁着王琳东下和陈霸先对抗时，萧詧派大将军王操率兵夺取了王琳的长沙、武陵、南平三郡，王琳吃了个哑巴亏。永定三年（公元559年）正月，王琳召见桂州刺史淳于量，想要与之结盟，淳于量表面上与王琳合作，背地里却与陈霸先相通。二月二十四，侯瑱带兵在合肥烧毁了北齐的舰船，断绝了北齐南下支援王琳的念想。三月，王琳派将领雷文策袭击萧詧任命的监利太守蔡大有，杀之，报了去年被夺地的一箭之仇。闰四月十一，陈霸先派镇北将军徐度带兵在南皖口修城，防备王琳。五月，周文育、周迪和黄法氍一起讨伐余公飏，豫章大守熊昙朗带兵去与他们会合，共有一万军队。当时，周文育驻扎在金口，余公飏假装投降，密谋在周文育受降时抓住他。周文育察识破了他的密谋，反而将余公飏抓住送到建康。周文育接着进驻三陂，王琳派部将曹庆率领两千人去救援余孝劢。曹庆分派主帅常众爱去与周文育相对抗，自己率领队伍攻打周迪和安南将军吴明彻，周迪等败退下来，周文育也退守金口。就在这时，事情再次发生戏剧性变化。熊昙朗因周迪、周文育兵败，就谋划杀害周文育以接应常众爱。监军孙白象知道这一密谋后，劝周文育先动手，周文育不听。这时，周迪忽然扔下船逃跑，不知去向。五月二十九，周文育得到周迪的信，亲自带着信给熊昙朗看。熊昙朗却在座位上将周文育杀了，吞并了他的部众，乘势占据新淦城。接着，熊昙朗带兵一人去袭击周敷，却被周敷击败，熊昙朗单人匹马逃奔巴山。目睹南陈军的内讧，鲁悉达的部将梅天养大失所望，向北齐投降，引领北齐军入城。鲁悉达率领所部几千人渡江而归，陈霸先将其拜为平南将军、北江州刺史。一连串的变故看得人眼花缭乱，也从侧面证明了一个事实，陈霸先的实力并非具有压倒性的优势，先天不足，后天不稳。
