白介素2的科研神器大礼包汇总

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA、GEO数据挖掘。


前言

此前笔者在小张聊科研、生信人、百味科研芝士、丁香园的科研论文时间等公众号分享过一些内容,主要包括以下几个方面:

  • 生信在线分析工具:适合生物信息背景的科研人员,能快速上手做一些简单的数据挖掘。

  • 生信文献解读 : 解读生信文献

  • 科研杂谈: 科研总是乏味,临床总是疲累,聊一些有趣的事。

  • R语言生信分析: 记录一些R语言的生信分析方法,代码等。

为方便读者阅读,这里笔者将这些内容做了一个统一整理,命名为 白介素2的读书笔记, 希望对大家有帮助。

在线分析神器

肿瘤免疫浸润分析工具汇总-数据挖掘新高度肿瘤免疫浸润分析工具杂谈

cibersort-发表在Nature Methods上的肿瘤免疫分析工具免疫浸润cibersoft工具操作

g:profiler:富集分析神器好用的在线富集分析工具

IRIS-EDA-在线分析RNA-seq神器公共数据在线挖掘

Networkanalyst-碉堡的GEO和RNA-seq数据在线分析神器,生信so easy!公共数据在线挖掘

BioJupies分析平台-又一个碉堡的RNA-seq数据分析神器,分析不求人公共数据在线挖掘

Pathview-只有这样的女神级KEGG通路图才配得上我的Paper和标书通路可视化在线工具

TRGAted-如何花5分钟给你的Paper加几张Figure?(TCGA蛋白数据挖掘在线工具)

同样是画热图,为啥不用R语言人家也能画得好看(在线画热图工具)

idep-不会R语言的前提下,一网打尽芯片,测序数据分析(公共数据在线挖掘工具)

scRNA-Tools-单细胞测序数据分析的航母-工具包大集合单细胞测序数据分析工具汇总网站

OBRC-跟这个数据库比,其他都弱爆了生信工具数据库

Treehouse:一个10000+肿瘤sample的数据库公共肿瘤数据库

如何优雅的用十分钟对Pubmed文本挖掘掌握研究现状?R语言挖掘pubmed

确认过眼神,是值得挖掘的单细胞测序数据库!单细胞公共数据库

肿瘤miRNA,这个数据库好用到爆!肿瘤专用miRNA数据库

我发现了一个挖掘肿瘤甲基化的神器库!肿瘤甲基化数据挖掘工具

确认过眼神,是比DAVID好用N倍的神器功能富集分析工具

把免疫相关基因「挑出来」?这个数据库帮你完成(免疫相关数据库)

CNS 的标配,单细胞测序数据挖掘神器推荐!(单细胞测序公共数据库)

一个逆天的small RNA-seq数据挖掘神器 (small RNA-seq在线挖掘神器)

在线平台如何做单细胞测序分析全套?有它so easy! (单细胞测序在线分析平台)

确认过眼神,TCGA甲基化分析工具再也没有更NB的了!(TCGA甲基化数据在线挖掘)

免疫组学10KIP-这个数据库好用到爆 (免疫组学数据库)

生信文献解读

基因表达与甲基化表达谱纯生信分析4分文章,你也可以 (甲基化与基因表达数据联合分析)

数据挖掘是怎样动脑的?以一篇文献为例(TCGA数据挖掘)

生信数据挖掘的9分SCI也是灌水?(多数据集联合分析)

CeRNA才是人生赢家,一篇著名的赤果果的文(tao)献(lu)(ceRNA网络分析)

对方向扔了一个赤果果的生信分析SCI思路(分类模型)

文献解读|8分的肿瘤大数据挖掘是怎样炼成的?(SEER联合TCGA数据库文章)

零代码数据挖掘还能不能发文章?  (零代码数据挖掘文献解读)

零代码也能发3分的SCI?请收下这个套路 (零代码数据挖掘文献解读)

科研杂谈

endnote如何显示代表论文的作者全名(一个令人为难的要求)

给自己做个结肠镜,顺便发个7分的SCI是一种怎样的体验?

过山车能治病且能发SCI,正儿八经的

这是最好的时代,还是最坏的时代

R语言生信分析

不怎么需要R语言的神器系列,GEO神器了解一下

不怎么需要R语言的TCGA新神器,了解一下哈

R语言ChAMP包甲基化芯片数据分析

肿瘤相关的甲基化高通量数据介绍

一文学会顶级期刊配色,Lancet配色so easy!

多个探针对应一个基因如何解决,GEO实操

(0)

相关推荐

  • 不研究肿瘤,就用不了TCGA的测序数据库,那要用啥……

    要分析测序数据,一般都会想到的是TCGA (当然GEO上也有部分的测序数据).但TCGA上只有肿瘤的相关研究,我们如想要研究其他疾病,甚至研究其他物种的测序数据, 其实可以看点别的,比如上EMBL-E ...

  • 做生信数据挖掘一定要会编程吗

    自从meta分析贬值了之后,生信数据挖掘成为了国内医生.研究生.博士.教师火爆的发文神器,可是令人头痛的事情来了,生信往往需要学习编程,其中R就必不可少,如果要挖TCGA.SEER,Perl或者Pyt ...

  • 都已经开始挖掘空间单细胞转录组数据了

    最近各个公众号都在鼓吹单细胞转录组数据套路,感觉这样的科研风气不好,数据挖掘这个技能最大的作用应该是避免大家重复浪费科研经费去做一些明明可以通过分析公共数据库拿到的结论! 比如你研究的癌症里面哪些基因 ...

  • 其实,GEO数据挖掘也很好发文章

    GEO is a public functional genomics data repository supporting MIAME-compliant data submissions. Arr ...

  • 来了来了,单细胞纯生信数据挖掘全新思路!

    今天要给大家分享的这篇文章是今年9月底发表在Aging-US(IF=4.831)上的一篇纯生信分析文章("Glioblastoma cell differentiation trajecto ...

  • 比SCI-HUB好用10倍!高效科研神器,看完我就服了

    五一假期马上结束了,大家的论文还顺利吗 ? 我读博的朋友晓琳被论文折磨得快崩溃了,甚至念叨着要放弃. 她把改了第八次的论文交上去,结果换来了导师的白眼: 文献资料匮乏.版本不对 积累数据量太少,图表展 ...

  • 5款插件,让浏览器秒变科研神器,简直太绝了!

    公众号后台回复:"MKX",获取麦肯锡工作方法 公众号后台回复:"社群",进入知识分享社群 热文推荐: 300份麦肯锡中国案例分析报告和分析方法 思维导图自学手 ...

  • 火遍研究生圈,推荐一款科研神器!

    科藤学术中心 见证中国科研进步,服务百万未来学者. 公众号 (本文文理通用) 你是不是终于领悟到了这一点:自从开始做科研后,你的人生就与复杂的数据和图表紧密结合在了一起. 搞数据,统计数据,用数据制图 ...

  • 金属科研“神器”:扫描电子显微镜原理及应用

    扫描电子显微镜是我们金属科研工作中应用最广泛的"神器",可以说几乎伴随着每一位研究生度过自己最重要的科研经历,时常"爱也扫描""恨也扫描", ...

  • 5年科研生涯珍藏版科研神器插件

    应广大读者的反映和需求,本次教程图文并茂,并且附上"和蔼可亲"的视频教程,让大家更好更迅捷地学习各种神器的使用方法. 我们在前段时间推送过一篇关于火狐浏览器的文章(打造一款个人专属 ...

  • 推荐一款科研神器Sigma plot

    (本文文理通用) 你是不是终于领悟到了这一点:自从开始做科研后,你的人生就与复杂的数据和图表紧密结合在了一起. 搞数据,统计数据,用数据制图--想想做研科,搞来搞去就这么几件事.上了贼船下不来,后面只 ...

  • 做Meta 必须知道的科研神器-第1期

    本文作者 本文作者Patrick Lu,泌尿外科硕士在读,作为第一作者已发表四篇sci文章,擅长临床研究和meta分析. 责编:白介素2 常见的三个Meta分析注册平台(一) Meta分析的注册不是必 ...

  • 做Meta 必须知道的科研神器-第2期

    本文作者 本文作者Patrick Lu,泌尿外科硕士在读,作为第一作者已发表四篇sci文章,擅长临床研究和meta分析.责编:白介素2 常见的三个Meta分析注册平台(二) 上一期已经给大家介绍了两个 ...

  • 【科研神器】换一种思路从图开始搜论文?

    白介素2的读书笔记,分享临床科研干货,一起见证时间的力量 [科研绘图点我][付费精品合集][SEER点我] 这个科研神器允许用户上传要浏览器中预览的任何文件格式,以便当前学术发布模型所不允许的方式传播 ...