基因集泛癌分析
在单基因生信目前的发文趋势中,单基因单肿瘤纯生信以及单基因单肿瘤生信+实验验证是目前见刊比较多的,详见我们对今年4月见刊单基因生信的统计
而我们目前重点研究的单基因泛癌分析,相比单基因单肿瘤要高一个台阶,会是不久以后热点。个人认为单基因泛癌纯生信以及单基因泛癌落脚在具体某一种或者一类肿瘤+实验验证,会是一个长时间的趋势。
本着生于忧患,死于安乐的态度,我们开始研发基因集/表型/通路的泛癌生信分析,并已经取得一些比较好的结果。例如乏氧,糖酵解,DNA修复,p53信号通路,脂质合成,AKT信号通路,凋亡,血管生成,WNT信号通路等等。如果对这方面有兴趣的朋友,可以联系我们进行深入分析。
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下面我将以某一个表型为例子介绍一些比较重要的结果
1 泛癌基因集的分数
2 每种肿瘤中计算该与该表型最相关的基因(对于要做实验的来说,从中筛选基因再合适不过)
3 该表型会导致非常明确的免疫抑制状态,巨噬细胞浸润增加等现象
4 该表型分数较高的患者在多种肿瘤中普遍基因突变频率较低
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