m6A数据库总体评价介绍

数据库汇总

通过对昨天检索到的的20个得到的数据库进行整理总结,我们发现一共有19个是和m6A相关(没有关系是因为在摘要当中也提到了m6A,所以我们也就提取到了),在19个里面有一个数据库已经停止使用了,所以剩下了18个数据库和m6A相关。下面就对这18个数据库进行总结。

由于我们在使用昨天使用pubmed检索的时候,检索的是所有在摘要当中出现网址同时满足数据库命名方式的结果。这些结果里面包括的数据库不仅仅只有网络在线的数据库,也包括一些基于编程语言的算法或者分析方法的软件,例如我们之前介绍评价RNA-seq当中APA事件的算法就是这种文章形式。这些发表算法或者分析流程的数据库文章,都会把自己写的代码上传于一个叫做github的网站。所以要我们其实在检索结果的网站当中发现带有github的结果,就知道这个数据库是需要代码来进行操作的。

由于我们的公众号的目标还是在线数据库,所以也就不打算讲这些需要代码来进行运算的数据库。

在线数据库总体介绍

由于m6A是基于核苷酸序列来进行调控的,类似这种的数据库发展方式,其实都是先有了基于核苷酸序列预测调控位点的数据库,然后再有了基于相关测序数据来分析的数据库,进一步的,又可以继续延伸出各种各样的数据库。这种的发展其实在我们之前APA事件汇总的数据库上也是能看到这样趋势的,这次的这个m6A也是一样的。

简单评价

通过对以上这些数据库的总结,发现这样检索到的数据库相对来说还是挺准确的。所以大家以后想要检索目标数据库的时候,可以试试在pubmed上直接检索文章的这种方法,具体的检索方法可以查看:科研数据库如何查找

总体上我们对目前有的m6A的数据库做了一个简单的汇总。从明天开始就把相关的数据库来都做一个基本介绍吧。明天就先介绍序列分析相关数据库吧。

(0)

相关推荐

  • 改变科学的10种计算机工具,你用过哪个?

    从Fortran到arXiv.org,从生物学的BLAST到人工智能的AlexNet,这些技术进步改变了科学,也改变了世界. 编译 | 乌鸦少年 2019年,事件视界望远镜(EHT)拍摄了人类第一张黑 ...

  • 中国大学MOOC的生物信息学公开课之河南科技大学

    最近在B站重新学习我自己的视频课程,发现一个ID为学什么不好非要学生物的小朋友搬运了大量的生物信息学公开课,都是中国大学MOOC,我简单看了看课程设置,知识点目录.总算是明白了为什么很多人虽然是生物信 ...

  • 教程 | “美好体验”本地 BLAST 基因功能鉴定

    我突然觉得,TBtools 应该有一个愿景,亦即:让数据分析成为一种享受,而不是折磨. 写在前面 在过去的一个月内,TBtools每天都在更新.而几乎所有更新都只有一个目的,那么就是进一步支持&quo ...

  • GEO数据库的这个功能你知道吗

    不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,很幸运聚集了一些小伙伴携手共进,我们承诺不间断更新5个月,把我们这两年的学习成果全部掏出来给大家,希望大家都能有所收获!当然也欢迎大家加入我们,勇于分享 ...

  • 【重述伟大中华史(第4卷2-8)】千古英雄(上):对杨秀清和石达开的总体评价

    千古英雄(上):杨秀清和石达开 只有正确的理解了洪秀全和他的宗教建国路线之后,我们才能真正理解杨秀清.石达开.李秀成这些忠于太平天国革命事业却反对洪秀全路线的人民革命英雄. 关于杨秀清,前面已经讲得很 ...

  • miRWalk:数据库,基本操作介绍

    从miRNA出发,预测其调控的靶基因,另外是从靶基因出发,预测能调控该靶基因的miRNA,即双向预测.其中基因的编号支持Gene symbols ,EntreIDs和 Ensemlb-IDs.操作也是 ...

  • 2019 中国企业信用 500 强总体评价与分析

    2019 中国企业信用500 强信用环境评价与分析 2019 中国企业信用 500 强 2018 年的景气指数为 122.62 点, 较 2017 年的 136.79 点下降了14.17 点: 盈利指 ...

  • 常用的生物学数据库及网站介绍

    在这个信息大爆炸的年代,浩瀚的信息流如同汪洋大海一般,将每个人都紧紧环绕.如何利用已有的工具从中筛选有用信息,对我们每个人,尤其是科研人而言,尤为重要. 今天小编就给大家分享一些咱们科研过程中常常会用 ...

  • 肿瘤全面分析数据库:oncomine使用介绍

    在做肿瘤研究的时候,我们现在都知道可以提前查一下基因的表达和临床特征有没有相关性 ,这样对我们的下一步实验也是一个预测的方向.经典的我们可以使用TCGA的数据来进行分析,我们之前介绍的GEPIA就可以 ...

  • 基于测序数据的m6A数据库

    基本原理讲解 随着测序技术的发展,我们可以通过二代测序的技术来预测m6A.关于m6A测序的技术叫做meRIP-seq,这个测序结果的分析,类似于chip-seq,最后我们可以获得一种叫做peak的文件 ...

  • 基于序列分析的m6A数据库简介

    基于基因序列来进行预测的数据库,一般的输入文件都是序列文件.序列文件的话一般都是 fasta 的文件格式,文件格式就是下图这种的. 这个文件主要包括两个部分: 第一行,注释信息.这个注释信息我们可以自 ...

  • 我国线缆产业的总体评价(二)

    (2)主要线缆产品进出口金额(列于图1-15) (3)出口主要区域及产品分析 2016~2019年上半年我国电线电缆出口贸易额区域分布,展示于图1-16.出口区域中,亚洲.北美洲和欧洲,合计占总量接近 ...

  • 【火腿测评】老外对德生封关之作PL-990收音机的详细测评,总体评价得分:85.3分

    阿联酋的乔治对新款德生PL-990收音机的测评 正如乔治指出的那样,测评的PL-990不是Anon-Co最终将在今年晚些时候出售的"出口"型号.在各个方面都可能几乎相同,但是德生在 ...