【LorMe新生】初识LorMe，浅谈我悟 / 开普饭

很多人问我为什么选择这个专业？一个文艺小青年选择了一个“女汉子的”的专业，一个文科生决定跨了那么大一步去研究土地。

在选择专业之前，我在百度知乎上去搜索一些关于资环的文章，逐渐发现，网上对农学类专业未来唱衰的声音越来越大，并且不断有身边的人问我为什么跨考，为什么去做那些辛苦的研究。

我的想法很简单，我喜欢山水湖林田草，农业生态系统为人类提供了各种食物和不一样的景观，我就想知道什么东西好吃，为什么好吃，以及怎么耕作栽培才好吃。而且和大自然打交道，其乐无穷。

查阅资料的过程，也是逐渐了解这个专业的过程，慢慢地去分析那些文章，也获得了一些感悟，但是，相对整体的知识框架，还是太浅了些，总之需要学习的东西还有很多。但是既然选择了，谁会怕呢？

最后用老师讲过的话来结束这段，“来来去去，不是每个人都能成为故事的主角，重要的是努力成为故事的一员，成为自己生命中的主角。”

学习生活感悟

LorMe第一次组会交流过程时，从师兄师姐分享的课题题目中我看到了“铁载体”三个字，就想到了在公众号里看到的一篇顾师兄的自述:《我与铁载体的这5年》。本着想从学长这汲取经验的想法，这篇文章我反复读了几遍，从中总结了三条自己的感悟：

1.文章中有一句反复出现的话“我对铁载体几乎一无所知”，由此可见大家可能都一样，所以不要跨入一个新的领域就感觉胆怯。刚进实验室的时候自己可能会有很多不明白的东西，也可能越来越多的感受到自己和身边同学知识积累和专业水平方面的差距，但是一定要做好心理建设，保持良好的心态。

2.对待学术要努力和坚持，“除了吃饭和睡觉几乎都没有离开过实验室”科研是一件相对孤独的事情，要学会坚持和自己独自奋斗。有些事不是看到了希望才去坚持，而是因为坚持才看到希望。

3.自述中有这样两句话“如果我一个人开展工作，可能需要一年都不能休。息”。“韦老师开展了一次实验室动员会，用三个星期就完成了。”从两者差异对比中，我明显感受到团队的力量，孤军奋战固然重要，但是你感觉无助和迷茫的时候，身后这帮可爱的同学们就是你最可靠的战友呀。

最近有看一部电影《冈仁波齐》，很有感触。做科研又何尝不是一次朝圣之旅，修炼一份平和的心态。曲线有峰谷，人生总高低，山峰只此一点，稍纵即逝，更多的时候我们都在山谷中徐徐前行。但时间从不辜负每一颗缓慢积累的耕耘之心，在经历数次挣扎、跌倒之后，我们总会见到那条蜿蜒奔腾的河流，就在山谷的尽头，那转弯的豁然开朗处。与君共勉。

文章内容梳理

青枯菌，生物群落，微生物，铁载体，植物根际等是公众号出现频率相对较高的几个词，因此我从公众号文章中，围绕“微生物”“噬菌体”“生物群落”这三个关键词,各选取一篇展开分析，以下是我跟随作者的成文逻辑与思路，简单做的一点总结。

微生物之《相濡以沫：微生物互利共生的形成》

研究背景：

此前研究已经发现互利共生的第一个阶段即大肠杆菌产生低成本盐酸给肠道沙门氏菌，而部分的肠道沙门氏菌发生进化，分泌蛋氨酸回馈给大肠杆菌。

文章思路是通过分析大肠杆菌进化的原因，来引出互利共生第二阶段的研究。

研究结果：

1.通过在琼脂平板上大肠杆菌和肠道沙门氏菌共培养时，对比浅蓝色和深蓝色菌株的生长速度；

结论：半乳糖分泌有适应性，有助于共生伙伴的生长。

2.通过模拟基因型之间的竞争，分析出影响大肠杆菌突变频率的因素，通过两种方法进行实验；

结论：进化后的肠道沙门氏菌共培养过程中，部分的大肠杆菌也会发生进化，会产生半乳糖再度回馈给肠道沙门氏菌，这种行为验证了从低成本交换到高成本互利共生的合理性，此为此次研究发现的互利共生的第二阶段。

图1 大肠杆菌

图2 沙门氏菌

噬菌体之《从人体医学到根际科学—噬菌体如何影响植物健康》

研究背景：

微生物与其宿主之间能相互影响，虽然在肠道微生物中已经发现噬菌体有重要的潜能，但是在植物根际领域，对噬菌体的作用知之甚少。

文章主题思路：通过将肠道噬菌体的研究成果延伸到根际，探究噬菌体对植物根际的潜在影响机制。

研究结果：

1.不同的人肠道噬菌体数量和多样性不同，而不同土壤中的噬菌体亦是如此；

2.噬菌体在肠道和根际环境中都是动态变化并且都受到生物和非生物因素的影响；

3.人体肠道噬菌体研究中有两个结论：

1）肠道噬菌体的结构和多样性会引起人类自身的免疫疾病，

2）噬菌体会在肠道细菌发生改变之前先进行改变。

4.作者进行猜想，当微生物群系被扰乱时，噬菌体的存在是否与细菌宿主抗性和恢复力以及真核宿主有关联；

结论：当体系中噬菌体增加，原有的微生物群系缓冲性增强，根际土壤养分含量和酶活性发生变化。

图3 人体肠道噬菌体

图4 噬菌体鸡尾酒促进植物根际生长

生物群落之《“虽败犹荣”；不成功的生物入侵对土壤微生物群落的影响》

研究背景：

本文假设不成功的微生物入侵会通过降低土壤微生物群落多样性及生态宽位，对土壤功能产生影响，从而导致被入侵微生物群落组成和生态位结构的变化。

研究结果：

1.作者先假设微生物入侵会减少微生物群落的多样性，以大肠杆菌为例，进行试验；

结论：大肠杆菌的入侵反而促进了微生物群落多样性的增加，此举推翻作者假设。

2.分析入侵对微生物群落中常见细菌相对丰度的影响，具体做法为通过SIMPER分析确定11个主要的细菌属，在两种土壤不同丰富度处理梯度中；

结论：实验分析结果显示入侵后微生物群落相对丰度有小幅增长，其中胞芽和绿弯菌门增幅最大，其余7种属则是减少的。

3.通过检测微生物群落对71种碳源的利用情况的方法，得出入侵后的微生物群落较未入侵的具有更高的生态度宽位。

图5 微生物群落多样性分析

图6 微生物群落丰度分析

结语

总之呢，微生物同学是势力庞大，财产雄厚，霸气侧漏，但是内心又纠结矛盾的深情霸总一枚，它人多势众，细菌、真菌、病毒及一些小型的原生动物都是它的小弟们，种类多，数量大，而且蕴含的能量不容小觑。但是呢，它又纠结矛盾，不同环境下可能有不同的机制，比如互利共生机制，当然也存在分工现象，它们通过互利共生，共同进步。它们通过分工合作进行某种行为，成员们共同承担责任，使整个群落模块化。而且，微生物群落不光机制不同，种类也众多，而多样化的微生物对植物生长和产品质量的意义重大。

而相比之下，噬菌体同学拿的妥妥是就是割据一方的乱世枭雄的男二剧本。它有军事才能并且有多重身份，但是不得不受制于人，是侵袭细菌的病毒，也是赋予宿主菌生物学性状的遗传物质，但是噬菌体必须在活菌内寄生，与此同时，也人多势众，实力不容小觑。噬菌体应该是病毒中最为普遍和分布最广的群体，噬菌体存在人体肠道，植物根际，海洋领域等不同的人体肠道和植物根际噬菌体数量和多样性不同，而噬菌体也能对海洋微生物种群的多样性产生影响。

最后，而生物群落的存在就是中国历史上妥妥的战国时期的历史缩影呀，战国前期，诸国鼎立，互不打扰，相互制衡与发展，而后战国合纵，各种合作和干扰，成败各有所得，只是不知道在微生物世界里搅动这各个势力的苏秦与张仪又是哪个？

地球上的任何生物种都不是单独存在的，生活在一定范围内的各种动物、植物和微生物之间，以及这些生物环境之间，都是相互联系和制约的，因此形成生物群落。生物群落主要包括动物群落、植物群落和微生物群落。上述文章主要讲述的是微生物群落，根际原生动物群落对植物促进植物健康有积极影响，不成功的生物入侵会影响土壤原有的微生物群落，当然，诸如此类的有趣研究和结论还有很多，期待以后的学习生涯中去研究和探索。

公众号的文章很多很好，其中也有诸多看不懂的地方，选取的这三篇其实也是跟随作者思路做的简单总结，读后感可能有许多不足的地方，“知不足，然后能自反也；知困，然后能自强也”，科研路漫漫，道阻且长，小白加油。