全纪录 | 生信札记 - 微信圈子

大概一年前，我曾经希望使用“微信圈子”（估计是微信的两大流量转化方式 - 微信小商店 和 微信圈子 之一）来承担 TBtools 用户社群的交流作用，更或者作为个人记录和分享一些碎片化知识的渠道（相比于知识星球，微信圈子更贴近微信）。当然，后来我们就知道今年6月份，微信下线了“微信圈子”小程序。换句话说，落幕。不过渠道提供了数据导出接口，一时想起，也就备份一下，顺便分享给没看过的老铁。

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最后就会知道，下载拟南芥的基因组，就在这个链接... Genes 而不是 Genome，惊呆了。https://www.arabidopsis.org/download/index-auto.jsp?dir=%2Fdownload_files%2FGenes

5月28日 14:55

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课题组又搞了一个数据库，主机在国内的。于是麻烦事情来了，得备案才能搞定域名。但是呢，就想绕过备案。因为.org 域名不能备案。想了一个办法，就是先解析到国外的一个主机，然后转发回来。然后。。。被检测到了。于是失败。。。哈哈

4月7日 20:51

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看文献看到 越南 老挝 等几个国家的香蕉研究。我突然想起之前看到的关于那边中国春节的过法。大体吃吃晚饭，然后就。。。家庭卡拉OK。想想，这很像20多年前我们那边人的生活状态。

3月3日 14:29

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我看了下，有个P450数据库。似乎也很久没更新了 https://drnelson.uthsc.edu/CytochromeP450.html 尽管是个不错的数据库，看起来收录的东西很多

2月23日 18:20

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最近博士课题组有在搞定量的，要设计一堆引物.... 除了本地的primer5/6，其实有不少在线工具，也有批量设计的。整理分享一堆网址。。。http://primer3.org/ https://primer3.ut.ee/ http://primer3plus.com/ https://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/ http://flypush.imgen.bcm.tmc.edu/primer/ https://wheat.pw.usda.gov/demos/BatchPrimer3/ https://primerserver.cottonfgd.org/

2月23日 10:57

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“Nothing in Biology Makes Sense Except in the Light of Evolution”- Theodosius Dobzhansky, 1973

2月22日 10:26

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邵扬老铁搞了一个 DESeq2 的ShinyApp，感兴趣的朋友可以看看... 对标 TBtools 的 DESeq2 插件 以及 利虎老铁 的插件 Batch DEGs http://1.15.103.145:8080/DESeq/

2月13日 17:28

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跨平台的read counts软件 http://subread.sourceforge.net

2月11日 14:07

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这两三天一直尝试在windows下通过各式各样的方式实现 Fifo File，不过现在看来是是失败了。

2月7日 17:47

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发现一个小时候的想法，已经有人实现了，还发了paper。https://peerj.com/articles/8111/

2月6日 18:43

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一直以来，我更希望在电脑上完成所有工作。不太喜欢手机。。。因为电脑总是更快一些。试用了下，一个叫 虫洞。的 ，感觉还不错

1月28日 15:58

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今天帮一个朋友找文献 http://459.org/ 发现这个不错的链接

1月23日 22:28

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有些人可能会找不到 sci-hub 链接， https://sci-hub.41610.org/

1月20日 15:39

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降解组数据的查询方式 在SRA数据库，使用检索式 (degradome OR PARE) AND "Citrus sinensis"[orgn:__txid2711] 可以搜到到14例甜橙可能的小RNA测序数据，基于人工筛选， 其中，7例为降解组测序数据，7例为小RNA测序数据

1月16日 11:15

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Youtube下载视频，内嵌字幕 youtube-dl --write-auto-sub  --embed-sub -i https://www.youtube.com/watch?v=MnYppmstxIs

1月15日 14:09

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今天发现一个叫 Actual Title Button 的软件。针对 Windows 用户的。这个软件的好处是。。。增强窗口右上的菜单。支持 卷起，置顶，虚化 等等功能。有时候还是很有用的。

1月10日 22:35

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Ten simple rules for writing a paper about scientific software 这篇文章在很久以前我就打开，但一直没时间看。我想着，接下来就开始工作了。是时候学学东西了。不能一直玩....

1月10日 15:29

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终于在最后的时间点上，解决了一个技术难题，元旦假期没有白过。下一步就是 TBtools 的一次飞跃！

1月3日 23:15

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突然想起了一些往事....很久很久以前，有人找过来问了我一堆有的没的问题。一般这种情况，我总是知无不言，其中也包括一些TBtools实现相关内容。转头，别人就搞软件，写专利，卖授权....然而...如果没有gayhub记录，我都怕我自己变成侵权了。于是，我明白了为什么有些人总是谨慎，甚至看起来设置了各种技术壁垒..... 因为很多输出往往是纯粹的付出，绝大多数时候不仅仅是没有回报，更可能给自己带来麻烦。

1月3日 18:21

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记录一下，如何在 Win10 下，用VMware跑MacOS。参考资料非常简单 1. 推文：https://www.jianshu.com/p/4384047334d1 2. VMware安装与破解：http://www.dayanzai.me/vmware-workstation.html 注意事项或许是。。我的笔记本是intel core i7 10th (增强版），另外屏幕是4k屏，内存是16还是32Gb，硬盘是纯2TSSD，可能这是我这边跑起来极其顺滑的主要原因吧。。。大伙雨需要也可以试试。

1月3日 11:56

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商业化软件总归是流弊许多。这两天在测试优化 IGV-sRNA（植物小RNA定制化基因组浏览器），想着测试下 MacOS 下是否正常。然而我手头并没有MacOS，哈哈，买不起。不过没关系。我以前曾经在win7下用VirtualBox跑了个macOS，那会需要调整的设置很多，甚至修改硬盘的一些属性，具体忘记了。只用过一次，卡顿明显，且后续无法打开。昨晚，我试了下VMware（商业化的....），发现跑MacOS非常简单！而且极其流畅。对于这个....... 总是让我想起，绝大多数存活的生信论坛，要么有了变现的渠道，要么本身是公司运营。我也一直相信一个事情，仅凭一腔热血，想长期做好某个事情是几乎不可能。因为热血，撒完就完了。而这个，我想，在科研上也是一样的。想法很重要，能力很重要，经费支持也很重要。

1月3日 08:38

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昨天零零散散花了两个多小时的时间，录制了 TBtools 常规热图课程.... 又挂到腾讯课堂了，看看结果如何.... 感觉得搞个活动，比如 55.55？

1月2日 15:59

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PANNZER2 最近有看到网络上有人在讨论，这个网站做GO注释效果不错，效果接近blast2go。换句话说，那么就是相对可以得到认可的。我看了下，页面上有列出系列paper，Emmm... 改天用用 http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/sanspanz/

2020年12月26日 23:38

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最近在看一些生物学问题。好像无法避开CYP450。于是还是去查了下文献。。。真是超级大家族。1000多个家族，2400+个亚家族。氛围11个家族簇....

2020年12月26日 23:35

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我发现KEGG的 Fasta比对 还是很好用的。比BLAST可能更准确一些。当然，慢了一点。https://www.genome.jp/tools/fasta

2020年12月26日 23:21

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明天面试，结果几何？

2020年10月27日 18:24

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这两天鼓捣了一些东西，不过还是没啥阐述：1. 又重写了一次needleman比对逻辑，比以前的优化了，但还是不够完全。市面上大量可看逻辑实现，但都是辣鸡。目测emboss 的 needle 实现完全。剩下的，我能看到的，都是辣鸡。以后再想办法吧。先放下 2. 退而求其次，尝试用biojava，不过速度似乎啊还是不够快。或许并不比频繁调用muscle快多少，这个或许值得进一步测试。3. 考虑实现一个类，使得并行变得更加方便。尤其对于只是逐行处理的功能。4. 基因组共线性浏览器还没动手整。。。

2020年10月7日 00:50

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(C.{4,5}C.{22,23}H.H)|(C.{7}C.{23}H.C)

2020年9月25日 22:48

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今天突然看看关注的基因是不是可能受啥转录因子调控。于是想起来一个数据库，鼓捣了半天才刷出数据库。跑了下，输出结果 fimo.txt ，于是心理凉了大半。只是 fimo, 我自己跑就完事了，还要上数据库干啥。回头干脆自己写一个算了。

2020年9月11日 13:40

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这两天一个在做 大蒜  基因家族的朋友用 TBtools 的时候总是遇到报错。事实上，一开始我也觉得诡异，毕竟 TBtools 对大基因组的支持一直都还不错（早年处理了黄瓜，辣椒，小麦，大麦，挪威云杉等等）。这次在大蒜上反而遇到问题。看了下报错，找了一会，发现 大蒜单纯一条 染色体 长度就超过 2G.... 折腾了一会，优化了代码，TBtools 更稳健了。

2020年9月10日 10:45

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不经意间看到的，一个评估RNAseq基因表达量定量的软件，大体结果是 Alignment-Free 在低表达或者是长度过短的转录本上，效果一般；大概看了下，主要关注的是 100nt 以下的，比如 tRNA 等。其实这个可以理解过短的序列本来kmer数目也不是太多；如果是做编码基因或者lncRNA的就不用担心了。毕竟还有其他的评估文章，说都很准，没问题。哈哈 https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-4869-5

2020年9月9日 17:08

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今天发现 Diamond 的 blastXML 原来 TBtools 也可以解析。花了点时间优化了下。主要还是 diamond 输出的 XML 不规范。后面找时间去搞了 PR...爽一把

2020年9月2日 11:27

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这两天在优化 TBtools 中 SRA 和 ENA 相关链接获取问题。发现 NCBI 的就是下载不了 SRA数据，不知为何。查了半天，估计还是 NCBI 自己的问题。https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Avoid-using-ascp-directly-for-downloads

2020年8月31日 11:41

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今晚突然想下一套SRA数据，看看大体基因表达。拿到FTP链接，用IDM下载，速度感人...最后我还是想着，就直接用aspera下载。Windows下似乎是有aspera的界面工具或者浏览器拆件，不过我觉得这些都不够方便。我想要的还是。。和linux一样的命令行。因为后续必然是可以直接打包一个插件出来...这样就方便多了

2020年8月29日 23:08

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一直以来，我有想法做一个论坛，一方面是微信群或者QQ群无法做到信息沉淀，很多问题其实会被一问再问；另一方面公众号多少就是我一个人在扯淡，无法提供用户交流接口。论坛是一个好东西，但我个人精力有限。于是，存在一个办法，是用一款叫知识星球的产品。但尝试过后，我觉得大伙需要为此多安装一个App，没太多意思。此外，那个产品能活多久也没人知道。这两天看到"微信圈子"这个小程序。作为微信官方推出的，应该可以活得久。想想，这个应该可以做为一个论坛吧。试试看再说

2020年8月28日 11:42

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TBtools 使用问题提出方法。简单来说：两图一段话。

2020年8月28日 11:32

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