Gaussian进行过渡态搜索
研究过渡态的结构在化学中是非常重要的内容,无论是确定反应的方向、势垒高度、反应路径等,都需要计算过渡态能量。在Gaussian软件中,过渡态能够非常方便的进行结构优化与振动分析。
下面我们以氢氧根对氟甲烷的亲核取代为例,练习如何使用QST2方法进行过渡态搜索。
QST2需要绘制基元反应的反应物与产物的结构,并使用链接编辑器(在Gaussian面板上像是一个锁链)将反应前后的原子一一对应。可以使用Autofixing进行自动对应,但是有时候自动对应会出错,这时就需要手动对原子进行序号的对应。
接着设置计算任务,选择Opt+freq,方法使用DFT,B3LYP,这里使用的基组是6-31G(p)。原谅我为了节省时间采用了小基组)
计算结果中Results→Vibrations打开振动分析器,出现的正确结果应该是有一个虚频(即负的振动频率,意味着势能面的鞍点,即过渡态结构),点击Animation,可以看到势能面上过渡态两侧振动的结构,可以用于初步判定是否是合理的过渡态结构。
振动模拟的结果如下:
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