Food Microbiology | 高通量测序法研究腐乳生产过程中细菌和真菌群落及其动态变化（国人作品）
推荐：江舜尧
编译：罗睺
编辑：十九
北京食品科学研究院王文平教授研究团队于2019年9月21日在Food Microbiology在线发表了题目为《High-throughput sequencing approach to characterize dynamic changes of the fungal and bacterial communities during the production of sufu, a traditional Chinese fermented soybean food》文章。高通量测序已被广泛用于表征发酵食品（如葡萄酒、醋、酱油等）微生物群落的组成。作者研究了腐乳发酵过程中理化性质和真菌结构的动态变化及其与工艺过程的关系；确定腐乳样品中细菌类群的相对丰度和多样性，这对发酵食品的风味和安全性至关重要。
文章摘要
红腐乳是大豆发酵生产的传统食品。本研究采用高通量测序技术，定期采集腐乳发酵过程中的样品，研究腐乳中真菌和细菌群落的在整个发酵过程中（前发酵和后发酵）的动态变化。在后发酵过程中，随着时间的推移，pH值逐渐降低，而氨基氮含量增加。发酵前期主要有丝孢菌属、放线菌属和隐球菌属，发酵后期以红曲菌属和曲霉属为主。真菌成分的这种巨大变化是由添加辅料的过程引起的。但添加辅料后细菌组成变化不大，不动杆菌和肠杆菌是整个过程中的优势菌属。添加辅料后首次检测到芽孢杆菌，但在发酵结束时突然下降到非常低的水平（0.07%）。研究结果表明，各发酵阶段的理化性质和微生物组成均发生动态变化。这些规律可能会为今后提高腐乳的安全性和质量奠定基础。
文中重要图片说明
图1：本研究中使用的腐乳的生产流程图和取样时间点。
图2：腐乳的理化性质变化。(A)不同发酵阶段的pH平均值。从D0到M3 ，pH值呈逐渐下降趋势。(B)不同发酵阶段的NaCl浓度。(C)不同发酵阶段的氨基氮含量。氨基酸态氮含量在培菌末期达到高峰（0.65%），在d0时显著下降到0.26%（p<0.05）。此后，在成熟发酵阶段，氨基氮从0.26%持续上升到0.59%。(D)不同发酵阶段的还原糖。在倒入调味料前未检测到还原糖，发酵后M1达到高峰(10.20%)。
图3：腐乳发酵过程中真菌组成在门级（A）和属级（B）的相对丰度。
图4：基于真菌otus（操作分类学单位）相对丰度的不同发酵时间腐乳样品相似性分析。
图5：腐乳发酵过程中细菌组成在门（A）级和属（B）级的相对丰度。
图6：时间点S与M3（A）或 A48和S（B）之间定性变量的冗余分析。
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