推荐：江舜尧
编译：Frank
编辑：小菌菌
阿卜杜拉国王科技大学海水淡化与回收中心，Zahid UrRehman等人将于2020年01月20日在Science of The Total Environment发表题目为《Metagenomic analysis of sludge and early-stage biofilm communities of a submerged membrane bioreactor》的文章，该文章认为，膜上生物膜的功能表征可能会提供有关生物过程的重要信息，这些过程对生物膜的维持至关重要，同时可以利用这些信息更好的控制生物膜和定制缓解生物膜污染的策略。
研究亮点
·膜生物污染是废水处理过程中的一个重要问题。
·研究了污泥和八天泥龄生物膜的微生物群落。
·生物膜富含变形菌门和候选菌门。
·微生物的功能潜力在污泥和生物膜中有所不同。
·黏附蛋白途径仅在生物膜中丰富的基因组中检测到。
文章摘要
活性污泥膜生物反应器（MBR）中膜上生物膜的形成通常被认为是生物污染，是MBR操作的重大问题。目前，需要更好地了解参与生物膜形成的微生物物种，以制定抗生物膜措施。因此，本文用宏基因组学方法，来表征MBR过程中污泥和早期生物膜微生物群落的组成和功能潜力。Read-based分析表明，污泥和生物膜样品中主要菌门相似，变形菌门最占主导地位，其次是绿弯菌门、拟杆菌门和浮霉菌门。但是，菌门的相对丰度在污泥和生物膜之间略有不同。在生物膜中，诸如放线菌门、候选细菌门、衣原体门、蓝藻/Melainabacteria和厚壁菌门等的丰度比污泥高2-4倍。在菌属水平，属于变形菌门（军团菌属、柄杆菌属、鞘氨醇单胞菌、不动杆菌属和根瘤菌），蓝藻（Hassallia）和螺旋体门（Turneriella）的菌属在生物膜中的含量至少高出2倍。已知这些菌属，特别是属于变形菌门的菌属，在表面生物膜的形成中起重要作用。与污泥样品相比，在生物膜中发现α多样性略高。通过SEED子系统读取的功能分类表明，生物膜和污泥中的功能类别（例如，涉及各种分子代谢的功能类别）显着不同。对六个提取的MAGs进行的系统生物学分析表明，属于变形菌门d的MAGs有3个，属于绿弯菌门、拟杆菌门和浮霉菌门的MAGs各有1个。在生物膜中，属于变形菌门的MAG的相对丰度较高。MAG的功能潜力分析显示了其代谢碳和氮源的潜力以及抗生素抗性基因的普遍性。
文中重要图片说明：
图1 |生物膜（B1,B2）和污泥（S1,S2）样品中菌属相对丰度的热图。
图2 | 微生物群落的PcoA图。
图3 |污泥和生物膜中注释到SEED子系统（1级）基因的相对丰度。
图4 | MAGs功能潜力分析。
图5 | 通过最大似然法构建的系统发育树
你可能还喜欢
2019年度回顾 | 微生态环境微生物类微文大合辑
2019年度回顾 | 微生态人体/动物微生物类微文大合辑
2019年度回顾 | 技术贴合辑大放送
这些或许也适合你哦👇
培训 | 肠道菌群与代谢组学研究策略研讨会（北京：2月22-23日）
培训 | TCGA&GEO生信高通量数据挖掘与分析研讨会（深圳：2月21-23日）
