R语言GEO数据处理（四）

# 3. id转换 -----------------------------------------------------------------

##方法一：使用R包转换

index = gset[[1]]@annotation

if(!require("hgu133a.db"))

BiocManager::install("hgu133a.db")

library(hgu133a.db)

ls("package:hgu133a.db")

ids <- toTable(hgu133aSYMBOL)

head(ids)

length(unique(ids$symbol))

table(sort(table(ids$symbol)))

###id转换

library(tidyverse)

exp <- as.data.frame(exp)

exp <- exp %>%

mutate(probe_id=rownames(exp)) %>%

inner_join(ids,by="probe_id") %>%

select(probe_id, symbol, everything())

exp2 <- exp[!duplicated(exp$symbol),]

rownames(exp2) <- exp2$symbol

exp2 <- exp[,-(1:2)]

exp2[1:3,1:3]

##方法二：使用soft文件注释

##方法三：手工注释