T细胞可以简单分成4类
最近在《生信技能树》公众号后台接到了求助,说他的肿瘤单细胞划分亚群的时候对T细胞的细分亚群把握不好,有超级简单的,也有非常复杂的,对于这样的求助,我也爱莫能助啊!
我就把他的求助分享给大家吧,看看咱们《生信技能树》公众号众多粉丝能否给出一些比较有实践意义的建议!
首先,他看到了T细胞可以简单分成4类,发表该研究文章的杂志名字很长,Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology ( IF 7.076 ) ,2021-02-02 , DOI: 10.1016/j.jcmgh.2021.01.020 ,文章名字是:《Identification of Novel Population-Specific Cell Subsets in Chinese Ulcerative Colitis Patients Using Single-Cell RNA Sequencing》
如下所示:
naive T cells, memory T cells, CD8+ T cell/natural killer cell, CD8+ T cell
如下所示:
具体看一下标记基因:
可以看到naive 和 memory 的T 细胞,都是CD4阳性而且是CD8阴性的,它们的区分主要是在CCR7和TCF7这两个基因。
而CD8+ T cell可以根据GZMK基因的表达来划分为NK细胞和普通的CD8+ T cell。
如果使用singleR的HPCA (Human Primary Cell Atlas)数据库
如下所示:
可以看到仍然是主要咦以CD8+ T cell 和 CD4+ T cell 两个大类,然后可以参考综述《Unravelling the heterogeneity and dynamic relationships of tumor‐infiltrating T cells by single‐cell RNA sequencing analysis》,对肿瘤免疫浸润T细胞的整理很全面,值得推荐:
First published: 09 April 2020, https://doi.org/10.1002/JLB.6MR0320-234R
比较详尽的阐述了 CD4+以及CD8+ T cells 的各个亚群的分化关系,如下所示:
确实是太复杂了!
如果使用singleR的Encode Blueprint reference database.
如下所示:
稍微简单了一点,主要是tcm和tem,而且是在CD8+ T cell 和 CD4+ T cell 里面都可以分成这两类!
那么问题来了,tcm和tem是细胞的不同状态呢,还是细胞类型?CD8+ T cell 和 CD4+ T cell 凭什么就是不同的细胞类型,而不是细胞状态的差异而已?