Single cell RNA-seq analysis workshop / 开普饭

NBIS介绍

NBIS is a distributed national bioinformatics infrastructure, supporting life sciences in Sweden.

NBIS(瑞典国家生物信息基础设施)是由瑞典研究理事会(VetenskapsróDet)、生命科学实验室(Science for Life Laboratory)、瑞典所有主要大学以及Knut and Alice Wallenberg Foundation支持，为瑞典生命科学研究人员社区提供最先进的生物信息学知识。NBIS也是欧洲生物信息基础设施ELIXIR的瑞典联络点。目前在蛋白质生物信息学、质谱学(MS)、下一代测序(NGS)、large-scale data handling and integration、metagenomics、系统生物学、生物统计学和RNAseq等方面拥有专业知识。NBIS致力于在生命科学实验室搭建生物信息学平台，在与研究小组密切合作的同时也会将一部分时间用来教授用户，以传播生物信息学知识。

课程信息

在线课程，2021-01-25到2021-01-29(9.00-16.00)

国家研讨会面向瑞典学术界的博士生、博士后、研究人员和其他人员。本课程由瑞典国家生物信息学基础设施(NBIS)运营。由于新冠肺炎的情况，2021年的课程将在线上举行。原文链接：https://nbisweden.github.io/workshop-scRNAseq/

重要日期

申请开放时间：2020年10月20日
申请截止日期：2020年12月16日
录取学生确认日期：2020年12月22日
负责的老师：ÅsaBjörklund和Paulo Czarnewski。有关课程的具体问题，请联系edu.sc@nBis.se

课程内容

本课程将通过讲座和实践练习涵盖单细胞RNAseq(ScRNAseq)处理和数据分析的基本步骤。涵盖的主题包括：

目前scRNAseq技术综述
用于将原始数据处理为表达式值的pipeline的基本概述
scRNAseq数据的质量控制
降维和聚类技术
数据归一化
scRNAseq数据的差异基因表达
细胞类型预测
轨迹分析
Seurat、Scran和Scanpy等不同分析pipeline的比较

申请

如何申请

请在12月16日前填写这份申请表。（https://forms.gle/dNZPunSwyZn2M9hG9 ）

课程费用

这个在线培训活动是免费的（注：上一次线下的课程费用是2000 SEK，约1548元）。然而，如果你接受了研讨会的名额而不参加(不出席)，你将会收到2000 SEK的发票。（ 注意，申请通过了就一定要参加，考虑好再申请）

谁可以申请？

这是一门国家课程。该课程面向所有瑞典大学的博士生，博士后，小组负责人和核心机构工作人员开放。我们确实接受来自其他国家的申请，但是优先考虑来自瑞典大学的申请者，然后是来自其他国家的行业和学者的申请者。（看来主要是为瑞典的学生准备的福利）

请注意，NBIS培训活动不提供任何正式的大学学分。培训内容估计与一定数量的学分相对应，但估计的学分只是指导方针。如果正式学分至关重要，学生在提交课程申请之前需要与国内部门协商，以确定该课程是否适用于正式学分。

课程要求

实践练习使用R或Python进行，因此我们只接受有过这些编程语言中的一种编程经验的学生。能够跟随课程并完成练习所需的条件：

基本了解R/Python和命令行(Bash)。
能够使用自己的计算机，安装网络摄像头和R或Python进行实际计算练习。有关安装的说明将通过电子邮件发送给接受的参与者。
要求编程/脚本编写经验(使用R或Python)。
基本了解NGS技术和RNA测序数据。
Desirable：有RNA-SEQ分析和/或参加NGS/RNA-SEQ课程经验者优先。

课程表

课程表目前是去年的课程表，将会更新，大家可以稍微看下做个参考

练习

所有的练习都可以在https://nbisweden.github.io/workshop-scRNAseq/exercises.html 中找到。For working on Uppmax：要使用我们为课程分配的资源，请查看此处（https://nbisweden.github.io/workshop-scRNAseq/login.html ）。

课前资料

请在课程开始前仔细阅读课程前的材料。（https://nbisweden.github.io/workshop-scRNAseq/precourse.html ）

课程负责

如果您对本课程有任何疑问，请发送电子邮件至edu.sc@nbis.se。

写在最后

关于生信各组学的流程

生信技能树在B站已经分享了大部分的NGS组学视频，而且都已经组建了微信交流群，有下面这些：

至于单细胞也有两个教程：

全网第一个单细胞课程（免费基础课程）

免费学习地址在B站：https://www.bilibili.com/video/av38741055 ，欢迎提问弹幕交流！
务必听课后完成结业考核20题：https://mp.weixin.qq.com/s/lpoHhZqi-_ASUaIfpnX96w
课程配套资料文档在：https://docs.qq.com/doc/DT2NwV0Fab3JBRUx0

技能树出品的第二个单细胞课程（进阶课程，仍然免费）

详情请自行阅读介绍 https://mp.weixin.qq.com/s/bLfO-8ri_SNUepGs4UwRQw
本课程长期答疑文档，https://docs.qq.com/doc/DT0FxbEpHYU5ZVlpu
因为课程涉及到知识点太多，所以我拆分成为了5个子课程，欢迎B站提问弹幕交流！全部链接是：
「生信技能树」单细胞进阶数据处理之文献导读，链接是：https://www.bilibili.com/video/BV17f4y1R7N8
「生信技能树」使用10X单细胞转录组数据探索免疫治疗，链接是：https://www.bilibili.com/video/BV1xD4y1S74P
「生信技能树」单细胞基因组数据拷贝数变异分析流程，链接是：https://www.bilibili.com/video/BV1Yf4y1R75R
「生信技能树」云服务器处理单细胞转录组数据，链接是：https://www.bilibili.com/video/BV154411Z7DU
「生信技能树」使用Smart-seq2单细胞转录组数据探索小鼠性腺发育，链接是：https://www.bilibili.com/video/BV1454y1q77Z

当然，如果你完全看不懂，那就是你的基础知识掌握的不牢固。再怎么强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识的打磨都不为过，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理：

生物 | 单细胞 | 转录组丨资料

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