GEO数据纯生信准3分SCI思路 / 开普饭

研究背景：

卵巢癌在全球与妇科癌症相关的死亡中排名第五。到目前为止，尚未完全了解卵巢癌的肿瘤发生和预后的分子机制。这项研究旨在发现参与卵巢癌的hub基因和治疗药物。

研究方法：

从Gene Expression Omnibus（GEO)数据库上下载了四个基因表达谱数据（GSE54388，GSE69428，GSE36668和GSE40595），并且利用首次GEO2R和FunRich软件分析在卵巢癌组织和正常组织中差异表达的基因，过滤条件为：矫正后P值为<0.05， |log fold change (FC)|| > 1.0。接下来，进行了基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析，以对这些差异基因进行功能富集分析。然后，通过cytoHubba插件筛选hub基因，并进行其他生物信息学方法，包括蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析，模块分析，生存分析以及miRNA-hub基因网络构建。最后，利用GEPIA2和DGIdb数据库分别验证hub基因的表达水平并选择卵巢癌候选药物。

研究结果：

总共确定了171个差异基因，包括114个上调的差异基因和57个下调的差异基因。 GO分析的结果表明，上调的差异基因主要参与细胞分裂，细胞核和蛋白质结合，而显示下调的差异基因富集的生物学功能主要是RNA聚合酶II启动子，蛋白质复合物和apicolateral的转录负调控。质膜与糖胺聚糖结合。关于KEGG信号通路，上调的差异基因主要与代谢途径，抗生素的生物合成，氨基酸的生物合成，细胞周期和HTLV-1感染有关。此外，还确定了10个hub基因（KIF4A，CDC20，CCNB2，TOP2A，RRM2，TYMS，KIF11，BIRC5，BUB1B和FOXM1），并且这些hub基因的生存分析结果表明，高表达的CCNB2，TYMS，KIF11，KIF4A，BIRC5，BUB1B，FOXM1和CDC20更可能具有较差的无进展生存期。同时，基于GEPIA2的hun基因的表达水平与基于GEO的hub基因的表达水平一致。最后，DGIdb数据库被用来识别62种小分子，它们可能是卵巢癌治疗的潜在靶向药物。

研究结论：

总之，这些数据可能会产生有关卵巢癌发病机理和治疗的新见解。hub基因和候选药物可能会在将来改善卵巢癌的个性化诊断和治疗。

分析思路：

1、下载四GEO数据，分别做差异分析，取交集差异基因（区分上下调）