9月发表数据库汇总

九月份一共发表了近22个数据库。其中疾病相关的数据库疾病相关的数据有5个;蛋白相关的数据库有9个。在RNA方面,三个数据库都是和非编码有关的。

后台回复:2009可获得9月的数据库的pdf

以下是所有数据库的简单介绍。

疾病相关数据库

IDDB:不育症在线数据

IDDB(http://mdl.shsmu.edu.cn/IDDB/)提供与不孕症有关的基因、实验和临床记录的多功能的数据库。里面的数据可以免费提供给对生殖和不孕症感兴趣的生物学家和医生。

StoneMod:肾结石相关数据库

StoneMod(https://www.stonemod.org)收集了肾结石相关的蛋白,通过这个数据库可以了解那些蛋白和肾结石相关。

MosaicBase: 非肿瘤疾病相关数据库

MosaicBase(http://mosaicbase.com/)是一个非肿瘤相关的数据库,通过疾病,突变或者基因的检索来发现输入内容和疾病的特征。

PCOSKB: 多囊卵巢数据库

PCOSKB(http://www.pcoskb.bicnirrh.res.in/)是一个检索和多囊卵巢有关基因的数据库。

CaNDis: 疾病药物检索数据库

CaNDis(http://candis.ijs.si/#)是一个检索疾病相关药物数据库。

DNA相关数据库

muTarget: 突变对于基因表达的影响

muTarget(http://www.mutarget.com)是一个对分析突变对于基因表达影响的数据库。

hTFtarget: 转录因子调控预测数据库

hTFtarget(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget)是一个综合性的预测转录因子靶标的数据库。

RNA相关数据库

ncRDeep: 非编码RNA分类数据库

ncRDeep(http://home.jbnu.ac.kr/NSCL/ncRDeep.htm)是一个基于神经网络来预测non-coding RNA的数据库。

LncAS2Cancer:lncRNA可变剪切相关数据库

LncAS2Cancer(https://lncrna2as.cd120.com/)是一个预测在肿瘤发生过程中和肿瘤有关的数据库。

MNDR v3.0: ncRNA与疾病相关数据库

MNDR v3.0(http://www.rna-society.org/mndr/)是一个储存疾病相关ncRNA的数据库。MNDR v3.1当前包含超过一百万个ncRNA疾病条目,包括6,301多种miRNA,39,880多种lncRNA,20,256 circRNA,10,894 piRNA和521个snoRNA,它们具有1,600多种疾病,并且物种覆盖率增加到11种哺乳动物。

蛋白相互数据库

dbCAN-PUL: 碳水化合物活性酶数据库

dbCAN-PUL(http://bcb.unl.edu/dbCAN_PUL/)一个经过实验验证的碳水化合物活性酶及其底物数据库。

MPTherm-Pred: 跨膜蛋白突变预测数据库

MPTherm-Pred(https://web.iitm.ac.in/bioinfo2/mpthermpred/)是一个预测跨膜蛋白突变对于热稳定性的分析和预测数据库。

iDRBP_MMC: DNA结合蛋白以及RNA结合蛋白识别数据库

iDRBP_MMC(http://bliulab.net/iDRBP_MMC)是一个基于神经网络识别DNA结合蛋白以及RNA结合蛋白的数据库。

iDPPIV-SCM: 二肽基肽酶IV抑制肽数据库

iDPPIV-SCM(http://camt.pythonanywhere.com/iDPPIV-SCM)是一个基于序列预测二肽基肽酶IV抑制肽数据库

TBDB: T-box核糖体折叠注释数据库

TBDB(https://tbdb.io)是一个注释T-box核糖体的数据库。

DynaMut2: 错义突变对于蛋白稳定性和灵活性的影响

DynaMut2(http://biosig.unimelb.edu.au/dynamut2)是一个预测错义突变对于蛋白稳定性和灵活性的影响。

SAAMBE-SEQ:蛋白质复合物中的单个突变后的结合能变化预测数据库

SAAMBE-SEQ(http://compbio.clemson.edu/saambe_webserver/indexSEQ.php#started)是一个通过序列预测蛋白复合物当中单次突变对于结合能变化影响的数据库。

HybridSucc: 琥珀酰化位点预测数据库

HybridSucc(http://hybridsucc.biocuckoo.org/)是一个基于序列来预测琥珀酰化位点预测数据库。

CancerEnD: 肿瘤相关增强子数据库

CancerEnD(https://webs.iiitd.edu.in/raghava/cancerend/)是一个基于整合了多个数据库,来寻找和肿瘤相关增强子的特征的数据库。

流程化在线工具

PAWER:蛋白芯片分析网站

PAWER(https://biit.cs.ut.ee/pawer)是一个在线分析蛋白芯片的网站。通过分析可以获得差异蛋白的结果以及简单的富集分析的结果。

其他数据库

SMI-BLAST: 蛋白BLAST数据库

SMI-BLAST(http://bliulab.net/SMI-BLAST/)是一个蛋白blast的数据库。同时可以了解其蛋白的三级结构。

METAGENOTE: 基因组注释数据库

METAGENOTE(https://metagenote.niaid.nih.gov)是一个基因组注释和比对的数据库。

(0)

相关推荐

  • RNALocate:非编码RNA亚细胞定位检索工具

    导语 亚细胞定位是指某种蛋白或表达产物在细胞内的具体存在部位,例如在核内.胞质内或者细胞膜上存在.越来越多的证据显示,在生物学过程中位于不同的亚细胞器RNA拥有不同的功能,亚细胞定位有利于更深入地了解 ...

  • 科研 | 武汉大学:MaGenDB:锦葵科植物功能基因组学集成数据库(国人佳作)

    编译:阿昊,编辑:Emma.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 锦葵科含有许多重要的经济植物,包括棉花.可可和榴莲.近年来,研究人员已经对几种锦葵科植物的基因组进行了破译,并为单个物种生成了许多 ...

  • 什么!!!超70G的NT数据库文件一个小时搞定?

    还省掉了几百块钱的会员费!!! 最近有粉丝求助,说自己已经耗费十多天了还没有把一个NT数据库下载下来,不得已充值会员费希望可以加速,但是效果也很惨淡,如下图:   需要从 https://ftp.nc ...

  • 教程 | “美好体验”本地 BLAST 基因功能鉴定

    我突然觉得,TBtools 应该有一个愿景,亦即:让数据分析成为一种享受,而不是折磨. 写在前面 在过去的一个月内,TBtools每天都在更新.而几乎所有更新都只有一个目的,那么就是进一步支持&quo ...

  • 插件 | 蛋白序列集合功能注释快速完成 - Quick Protein Anno

    写在前面 下游数据分析的时候,大体会遇到以下两个场景: 手工查看基因组任意位置的基因,具体的注释信息,以及其前后基因的功能注释信息 手上有某个序列或者某几个序列,想要快速知道这些序列对应的蛋白到底都有 ...

  • RMVar:m6A修饰相关甲基化数据库

    m6A是mRNA上最丰富的甲基化修饰,是RNA中腺嘌呤(A)上第6位N原子上的甲基,主要存在于mRNA的CDS区和3'UTR区,影响mRNA的稳定性,翻译效率,可变剪接和定位等.此外,长非编码RNA以 ...

  • 12月在线数据库汇总

    在12月期间,总共发表了医学相关在线数据库47个.下面就来给大家介绍一下主要有哪些数据库,以及笔者比较感兴趣的数据库.如果想要所有相关数据库信息的,后台回复:2012. 1. 疾病与药物相关数据库 疾 ...

  • 11月在线数据库汇总

    在11月期间,总共发表了医学相关在线数据库70个.其中一些经典数据库的更新的相关文献也在这个月进行了发表.其中就包括我们经常使用的KEGG数据库以及汇总我们基因名称的HNGC数据库.下面就来给大家介绍 ...

  • 10月数据库汇总

    截止9.21-10.21之间总共 发表了在线医学相关数据库49个.由于微生物和病毒方面的数据库比较多.所以相较于之前的汇总,我们增加了微生物和病毒相关数据库的模块. 疾病相关数据库 在整个十月之间,其 ...

  • 7-8月数据库汇总(截止8.21)(下)

    在整个七月和八月份总共发表了在线数据库61个.这里我们基于前面两期的分类,主要汇总成了五个方面:疾病相关数据库,DNA相关数据库,RNA相关数据库,蛋白相关数据库,流程化数据库以及其他方面的数据库.由 ...

  • 7-8月数据库汇总(截止8.21)(中)

    在整个七月和八月份总共发表了在线数据库61个.这里我们基于前面两期的分类,主要汇总成了五个方面:疾病相关数据库,DNA相关数据库,RNA相关数据库,蛋白相关数据库,流程化数据库以及其他方面的数据库.由 ...

  • 7-8月数据库汇总(截止8.21)(上)

    在整个七月和八月份总共发表了在线数据库61个.这里我们基于前面两期的分类,主要汇总成了五个方面:疾病相关数据库,DNA相关数据库,RNA相关数据库,蛋白相关数据库,流程化数据库以及其他方面的数据库.由 ...

  • 6月数据库汇总(截止6.21)(中)

    写在前面 整个5-6月份发表了近100篇数据库文章.进一步去掉一些其他物种的以及植物方面的数据库,最后剩下了以下这些数据库. 这次的数据库我们分成了六个方面.(1) 疾病相关数据库:(2) DNA相关 ...

  • 6月数据库汇总(截止6.21)(下)

    写在前面 整个5-6月份发表了近100篇数据库文章.进一步去掉一些其他物种的以及植物方面的数据库. 这次的数据库我们分成了六个方面.(1) 疾病相关数据库:(2) DNA相关数据库:(3) RNA相关 ...

  • 6月数据库汇总 (截止6.21)(上)

    写在前面 整个5-6月份发表了近100篇数据库文章,去掉一些其他物种的以及植物方面的数据库,最后剩下了一下这些数据库.(数据库检索方式主要还是基于我们之前发表的数据库的脚本,可能会有一些遗漏). 这次 ...