从西晋到隋的时代 南北朝之一、刘裕
一、南北朝之要述
南北朝（420-589），实为南朝与北朝。时中国南方和北方都处于分裂状态。始于元熙二年（420年），东晋晋恭帝禅让于刘裕，刘宋始建，止于陈后主帧明三年（589年）隋灭陈国，“而南卒并于北”。
南北朝依然是一个分裂的时代，隋唐政权因脱胎于北朝政治系统，南朝，本质上又是正统的晋朝的延续。所以唐朝修《晋书》时，奉南北朝共为正统。而司马光的《资治通鉴》则只奉南朝为正统。
南朝（420-589）有刘宋、南齐、南梁、南陈四朝相继入史。北朝（386-581）先后出现了北魏、东魏、西魏、北齐和北周五朝。
南朝，是东晋政权的延续，也是以汉族为主体的政权。其各朝皇族主要来自是士族阶层，其军职大多由士族各阶层所据有。而由于南朝执政者的努力，出现元嘉之治（元嘉（424年—453年）是南朝宋皇帝宋文帝刘义隆的年号，共计29年余。）与永明之治（永明（482年—493年），因齐武帝萧赜年号永明，故称永明之治。）等治世，使得国力富盛。皇帝受到主流士族拥护，然而士族只想保有本身政治地位，并非全然支持皇室，皇帝也扶持寒门担任军职或次要官职以平衡政治势力。由于皇室内部也因为争夺皇位的斗争，时常发生宗室血腥事件。
由于南朝战略运用的错误与北朝的兴起，使之出现了北强南弱，其力量重心日渐南移。这种状况到梁时才有所改善，而北朝之北魏又发生了“六镇之乱”，使南朝国力逐渐追上北朝。但在梁之武帝晚年时，过度崇佛，国家承平日久，民众不习战事。而此时，侯景发动了“侯景之乱”，梁武帝死于台城，部分萧氏皇族为争夺皇位而各自为战，使南朝实力大减并四分五裂。最后由南朝陈的陈文帝完全统一南朝，但南朝国力已衰，只能依长江抵御北朝。
北朝，其承继五胡十六国之北魏。北魏皇室多为鲜卑族。而鲜卑皇室也逐渐受到汉文化的熏陶，其中以北魏孝文帝的汉化运动最盛。由于受到北部柔然部的牵制，使得北魏难以全力攻入南朝，直到较亲北魏的突厥取代柔然后才较安定。北魏后期政治逐渐败坏，六镇民变后国力大衰。
北魏最后因衰弱而分裂成东魏和西魏，再后又分别为北齐、北周取代。北齐的核心主要为六镇流民及关东世族，其军力比较强盛。由于六镇流民有鲜卑化以及统治者为鲜卑化汉人的原因，使得北齐主要提倡鲜卑文化。北周立国时鲜卑军不如北齐多，政治地位也不如北齐及南朝梁，所以建立关中本位政策，融合鲜卑及汉人尽量消除胡汉隔阂。
最后北周聚成关陇贵族集团，得以攻灭北齐，而此后汉族也逐渐取代鲜卑贵族，占据统治地位及主体，成为北周军队的主力，为后来的杨坚建隋打好了基础。北周武帝去世后，刘昉、郑译矫诏以杨坚总知中外兵马事，入朝辅政。
大定元年（581年）二月，北周静帝禅让帝位于杨坚，即隋文帝，建立隋朝。隋文帝于开皇九年（589年）下诏攻陈并灭之，实现了自西晋末南北分裂以来，历三百余年的中国，再度统一，南北朝正式退出历史舞台。
二、 南朝宋
本章以《宋书》、《南史》为主要阅读书目。
南朝宋（ 420年—479年），是中国南北朝时期南朝的第一个朝代，也是南朝中存在时间最久、疆域最大的朝代。共传四世，历经十帝，享国五十九年。因国君姓刘，为与后来赵匡胤建立的赵宋相区别，故又称为刘宋；又按五德终始之说，其为水德，故又称水宋。
刘裕在东晋末期的乱世中趁势崛起，先后平定孙恩、桓玄、刘毅、卢循、谯纵、司马休之等势力，又灭南燕、后秦。不仅统一了中国南方，同时也夺取了淮北、山东、河南、关中等地，最终代晋建宋，定都建康（今江苏南京）。南朝宋前期，社会安定，刘裕即位前后，大力推行改革，集权中央，抑制豪强兼并，实施土断，打击豪强士族；整顿吏治，重用寒门；发展生产，轻徭薄赋。刘裕死后，宋文帝刘义隆继续实行刘裕的治国方略，出现了繁荣的景象，史称“元嘉之治”。刘宋后期朝政混乱，帝王更迭频繁。479年权臣萧道成篡宋，改国号为齐，刘宋灭亡。
南朝宋强盛时，据关守河，北部疆域到达潼关、黄河一线，其统治地区北部与北魏划黄河为界，包括山东大部，后稍微缩退；西南包括云南；南至越南中部横山、林邑一带。刘宋是魏晋南北朝中第一个由寒门庶族建立的朝代，这一时期出现了“寒人掌机要”的政治局面。
文化上涌现了一批影响深远的大家，如谢灵运、刘义庆、鲍照、裴松之、范晔、颜延之、祖冲之、何承天等，建康文学史论在此时期发展到巅峰。《世说新语》、《后汉书》、《三国志注》等名著诞生于这一时期，对后世影响深远。
（一）、高祖武皇帝刘裕
1、早年经历
“高祖武皇帝讳裕，字德舆，小名寄奴，彭城县绥舆里人，汉高帝弟楚元王交之后也。”即楚元王刘交的二十二世孙（南史记二十一世孙）。其曾袓父刘混也随晋“南渡”，居晋陵郡丹徒县的京口（江苏镇江）里。刘裕的父亲刘翘，字显宗，郡之功曹（地市级人事局局长）。祝总斌将刘裕的门第归于江左的“低级士族”，而陈寅恪认为是“次等士族”。
刘裕于晋哀帝兴宁元年三月（363年）出生，其时“神光照室尽明，是夕甘露降于墓树。”其时家境贫苦，母亲赵氏安宗更在分娩后患病去世，“后以产疾殂于丹徒官舍”。父亲刘翘无力请乳母哺乳刘裕，打算抛弃他，只因刘怀敬之母伸出援手，养育了刘裕，才得以活下来。“高祖产而皇妣殂，孝皇帝贫薄，无由得乳人，议欲举高祖。高祖从母生怀敬，未期，乃断怀敬乳，而自养高祖。”
刘怀敬的母亲，可能是刘裕的母家，也可能是同宗兄弟刘万的妻子。刘裕就寄养在了姥姥家，刘怀敬的母亲抚养。“皇考以高祖生有奇异，名为奇奴。皇妣既殂，养于舅氏，改为寄奴焉。”没钱请奶妈的刘翘后来却娶继室萧氏文寿，刘裕而有兄弟刘道怜、刘道轨二人。
不久，刘翘病故，抛下孤儿寡母四人。刘翘家贫，没有能力给他风光下葬，简单入土了事。“武帝微时，贫约过甚，孝皇(刘翘)之殂，葬礼多阙。”
刘裕长大后，“雄杰有大度”，身高七尺六寸，风骨奇伟，不拘小节，侍奉继母以孝顺闻名。“裕家本寒微，住在京口（江苏镇江），恒以卖履为业。意气楚剌，仅识文字，樗蒲（汉末盛行于古代的一种棋类游戏，就是一种赌博，类似于现在的掷殿子。）倾产，为时贱薄。”时人大多不能赏识他。不过，出身琅琊王氏的王谧却对刘裕颇为赏识，王谧曾对他说：“你应当会成为一代英雄。”
史载刘裕在新洲割荻草，见大蛇数丈长，用箭射之，蛇受了伤而走。第二天又到新洲，听到杵臼之声，走进一看，见童子数人，身着青衣，在榛木中捣药。问他们是怎么回事，回答说：“我们的大王被寄奴所射，配些药给他敷上。”刘裕再问：“神王何不把刘寄奴杀之？”回答说：“刘寄奴为王而不能死的，故也不能杀他。” 刘裕呵叱他们，都跑散了，便收起药来回去了。又曾经住宿在下邳的旅舍，碰到一个小和尚对刘裕说：“江东将乱，能安之者，恐怕就是您了吧！” 刘裕的手曾经被割伤，多年不愈，和尚有一种黄散，便留给了刘裕，随后忽然不见了，刘裕用黄散敷在手上，那伤口只敷一次就好了。保留剩余的黄散以及所得的童子的药，每当遇到刀伤，敷上都很灵验。
刘裕可能是赌博成性，欠刁逵的社钱三万（相当于一千元人民币），长时间无力偿还，被刁逵抓起来（“被逵执”），王谧暗中用自己的钱代他还上，由此得到释放。王谧：东晋宰相王导之孙。初刘裕为布衣，众未之识也，惟王谧独奇贵之。
出身贫寒的人多有一种特性，就是恩怨分明．无论是善待他的还是虐待他的，他都会刻骨铭心地记上一辈子，刘裕也不例外。等到刘裕发达之后，不计王谧投靠桓玄之罪，重待王谧使之得以善终。王谧诸子入宋后也深为刘宋皇族厚待，算是刘裕报了当初还债的恩情。至于同样是投靠桓玄作恶的刁逵则没有王谧的好运气，后来事败被杀，刁氏子孙尽被诛夷．刁家的产业全被刘裕送了人情，散发给穷苦百姓。
对此，刘裕恩怨分明，后梁元帝长子萧方就评价说：“夫蛟龙潜伏，鱼虾亵之。是以汉高赦雍齿，魏武免梁鹄，安可以布衣之嫌而成万乘之隙也！今王谧为公，刁逵亡族，酬恩报怨，何其狭哉!”
客观来说，萧方等的观点并非没有道理，但也要因人而异。所谓宽容大度，从大了说是美德，从小了说便是纵容无法，苻坚倒是对姚苌、慕容垂宽厚，持若国士，可结果如何?何况刘裕出身贫寒，绝世枭雄，上层社会所谓的道德力量根本就约束不了刘裕。
刘裕虽然“轻狡无行”，但对继母萧氏文寿却非常孝顺，在远近是出了名的，“奉继母以孝闻”。娘俩的感情也非常好，刘裕富贵后，萧氏文寿也跟着继子风光无限。刘裕和两个弟弟刘道怜、刘道规虽然不是一母所出，但手足情意深厚。
2、投戎建功，数败孙恩
刘裕出道的时候似乎很晚，《宋书》、《南史》都记载晋隆安三年(399年)冬，前将军刘牢之借用冠军将军孙无终的司马刘裕征讨孙恩，这一年刘裕已经36岁了。
刘裕的运气非常不错，因为他参加的是当时最强悍的部队——北府兵。
东晋后期，其军有两大系统，一为桓温荆扬强兵，经桓冲桓玄两代经营，其实力相当可观，但其为朝廷所忌惮，朝庭对桓氏家族掌控荆杨强兵是不放心的。朝庭所依仗的是另一支强兵，北府军。北府军的建立，是谢玄为抵御前秦，招募北方流民组建而成，淝水一战名震天下。
刘裕所从之军，是北府军冠军将军孙无终所属，并任其司马。
晋安帝隆安三年（399年）十一月，东晋后院起火，新安太守孙泰之侄孙恩造反。
孙泰（?—398）字敬远，祖籍琅琊（今山东胶南县境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。奉吴郡钱塘五斗米道首领杜子恭为师。杜子恭死后，孙泰继传杜子恭道法，成当地五斗米道的首领，受人敬信。东晋隆安二年（398），爆发王恭之乱，孙泰以为晋祚将尽，乃以讨王恭为名，私合徒众数千人，准备起事。事未发，司马道子父子诱斩了孙泰，及他的六个儿子，但其侄孙恩逃入海岛，因而为此乱埋下祸根。
手握朝政大权的司马元显为了同桓玄、刘牢之等相抗衡．决定组织一支由他自己控制的军队。于是下令征发江东八郡的农民服兵役，结果引起骚动。“及元显纵暴吴会，百姓不安。”隆安三年（399年）四月，司马元显接替其父司马道子为扬州刺史。“多引树亲党，朝贵皆畏事之”。
隆安三年（399年）十一月，孙恩便利用这次骚动，率百余人登陆，攻上虞（今浙江上虞），杀县令。占领上虞，又乘胜袭击会稽(今浙江绍兴)，杀会稽内史王凝之(王羲之次子，大书法家)，占领了会稽。东南八郡纷起响应，朝野震惊。
晋制，一郡长宫有亲王封地者称内史，无亲王封地者称太守。
王凝之的名气似不如他的父亲王羲之和弟弟王献之，但他却有个大名鼎鼎的才女夫人，便是名相谢安的侄女谢道媪。
面对孙恩，晋廷遣卫将军谢琰、前将军刘牢之东进征讨。因孙无终为刘牢之的下属，故提请刘裕转入刘牢之麾下，任参军。对于刘裕，这成为他人生起点。
隆安三年（399年）十二月，刘牢之率部抵达吴地，刘牢之命刘裕带领数十人侦察孙恩的动向。不巧碰上数千孙恩军，刘裕率众迎战。在随从战死大半的情况下仍手舞长刀，酣战不止。后来，刘牢之的儿子刘敬宣见刘裕许久不归，恐为贼所困，乃轻骑接应。及骑兵主力相继前来，孙恩军溃退，斩获千余人，刘裕乘胜收复山阴（今浙江绍兴）。孙恩第二次逃入海上。
安帝授命谢琰为会稽内史，刘牢之班师，仍旧在江北布防。
谢琰，东晋名相谢安次子。在中国历史上，谢安是为数不多的几个名臣之一，淝水一战，运筹帷幄，力拒苻坚雄兵百万，才使得东晋朝廷偏安江东延续近四十年。作为谢安的儿子谢琰，却是草包一个。史载其“无绥抚之能，而不为武备”，还大放其言：“苻坚百万，尚送死淮南，况孙恩奔衄归海，何能复出。”
隆安四年（400年）五月，孙恩再次登路，寇浃口，攻余姚，破上虞，抵山阴北三十五里的邢浦。孙恩打过来的时候，军队还未吃饭，谢琰又说：“先灭此寇而后食。”跨马而出。广武将军桓宝为前锋，摧锋陷阵，杀贼甚多，而塘路窄狭，谢琰之军鱼贯而前，贼于舰中傍射之，前后断绝。谢琰到了千秋亭地方，大败。而此时谢琰帐下的都督张猛于其后射杀谢琰的马，谢琰堕地，与二子肇、峻同时被害，桓宝亦战死。后刘裕左里之捷，生擒张猛，送交谢琰小儿子谢混，谢混剖其肝而生食之。
接着，会稽、临海相继失守。宁朔将军高雅之大败于余姚（今浙江余姚）。“恩复入浃口，雅之败绩。”
隆安四年（400年）十一月，刘牢之再次领兵东征。刘牢之驻扎上虞，派刘裕戍守句章（今浙江宁波慈溪）。句章城很小，守城士兵数百，刘裕常常“披坚执锐，为先士卒”，每战都冲锋在前，孙恩军这才退回浃口。孙恩第三次入海逃走。时东伐诸将，士卒暴掠，百姓皆苦之。只有刘裕治军严谨，史称“唯帝独无所犯。”
隆安五年（401年）二月，孙恩再次从浃口登陆，频繁攻打句章，皆被刘裕击破，三月，孙恩第四次入海逃走。
隆安五年（401年）三月，孙恩又一次登路，北击海盐县，刘裕跟踪追击，在海盐县城旧址筑起城池，阻击孙恩军。孙恩军日夜不停地攻城，城内兵力空弱，刘裕就挑选数百人组成敢死队，都脱掉盔甲，手持短兵器，击鼓呐喊冲出城。孙恩军遭此震慑，士气大丧，丢盔卸甲逃散，孙恩部将姚盛被斩。
刘裕虽然连战连胜，但考虑到众寡悬殊太大，是夜，假装弃城而逃，诱使孙恩军进城。他乘其懈怠，发兵伏击，大败孙恩军。孙恩已知海盐城攻不下来，便进军向沪渎（今上海淞口），刘裕弃城追之。
刘裕军海盐令鲍陋派遣他的儿子嗣之率吴兵一千作为前驱。刘裕认为吴人不熟习作战，命之在后以为声援。不从。是夜，刘裕多处设置奇兵，兼置旗鼓，第二天，孙恩率众万余人迎战，这时伏兵突发，孙恩军知道四面被围，便率军撤退。鲍嗣之追击逃敌，为其消灭。刘裕且退且战，所率之军死伤将尽，当要到敌之伏兵处时，令左右从死人处取衣，以显示其伪装。贼疑其有伏兵，乃退去。
五月，孙恩转攻沪渎，破沪渎，杀吴国内史袁山松，死者四千人。是月，刘裕再次破贼于娄县。六月，孙恩转进渡海至丹徒（今江苏镇江东南），准备突袭之，聚集部众达十余万。刘牢之此时驻于山阴(今浙江绍兴)，自山阴(今浙江绍兴)率军进攻孙恩军，尚未到达孙恩军处，孙恩军已过，未能截击到孙恩。即派刘裕增援，刘裕即倍道兼行，与孙恩军同时抵达丹徒（今江苏镇江东南）。当时敌我众寡悬殊，又加上长途急行军十分疲惫，而丹徒守军又无斗志。孙恩率兵数万，攻打蒜山，遭刘裕部猛攻而大败，跳崖投水而死者甚众。孙恩只能用盾牌载着自己，回到大船上。虽败，但仗着人多，径直攻向京师，抵京口（江苏镇江）（江苏省镇江），逼近建康。晋后将军司马元显率军阻击，数战不利，会稽王司马道子无计可施，只整日祈求神灵保佑，此时，司马尚之率精锐兵马驰至。孙恩军因战船高大，遇风暴不能前进，十天后才到达白石。孙恩至建邺，知朝廷有备，遂退北走郁洲。孙恩别将攻占了广陵(今江苏扬州)，杀晋军三千人。宁朔将军高雅之进攻郁洲，被孙恩生俘。
隆安五年（401年）八月，朝廷加刘裕为建武将军、下邳太守，刘裕领水军追击至郁洲及海盐，又多次大败孙恩，迫使其南逃。十一月，刘裕追击孙恩于沪渎及海盐，再破孙恩。自此，他三战皆捷，俘虏孙恩军数以万计，而孙恩 “饥馑疾疫”，死亡过半，从浃口撤至临海。第五次入海逃走。孙恩就此退出东晋的历史。
元兴元年（402年）三月，桓玄消灭司马道子父子的势力，执掌朝政，孙恩乘时再度来攻，但进攻临海郡时被太守辛昺击败。孙恩掳掠的三吴男女，至此死亡殆尽，仅余数千人。随行之军渐散，惧怕被抓获，便投水死于临海。余众推举孙恩的妹夫卢循为首。在后面的历史中，他们将是东晋新的乱源。
在转战三吴的几年中，刘裕屡充先锋，每战挫敌，其军事干略得到初步显露。他不仅作战勇猛，披坚执锐，冲锋陷阵，且指挥有方，富有智谋，善于以少胜多。当时诸将纵兵暴掠，涂炭百姓，独有刘裕治军整肃，法纪严明。
孙恩之乱暂息，东晋取得暂时的安宁。而为另一股势力正在蠢蠢欲动。
3、匡辅晋室 平定桓玄
在东晋朝廷忙于征讨孙恩之时，坐拥荆、江二州的桓玄，开始暗暗扩充自己的实力。“桓玄独霸荆楚，兵强马壮，乃广树腹心，安插亲信。”作为东晋朝臣司马元显对于桓玄，一直是又恨又怕，桓玄“自谓有晋国三分之二”，司马元显知道，不除掉桓玄，终将是朝庭的一大祸患。
隆安五年（401年）十二月，桓玄写信给司马元显的父亲司马道子，而正是这封信，间接导致了一场战争，东晋朝廷也被改朝换代，更名为“楚”，而皇帝就是桓玄，史称“桓楚”。信的内容是这样的：“现在的朝中权要贵官，国家的心腹栋梁，深孚众望声名远播的人，是谁？怎么能说没有更好的？只不过是您不能相信他罢了！从此以来，日复一日，才酿成像今天这样的祸患。在朝廷中的那些王公大臣们因为害怕大祸临头，所以，不敢说话。桓玄我有愧远在外地任职，才有胆量揭露这样的事实。”司马道子将信传给了司马元显。司马元显读信后大为恐惧，召心腹张法顺商议。“审慎”分析局势后，他给司马元显出了一个主意，而这个主意直接要了司马元显的命。
他的主意非常简单明了：“玄始得荆州，人情未附。方务绥抚，未暇他图。若乘此际使刘牢之为前锋，而第下以大军继进，玄可取也。”概括起来就几个字：以北府兵对抗荆扬兵。客观来讲，这个看法还是具有可行度的，北府兵天下闻名，兼有不少猛人坐阵，以之对抗荆扬强兵，胜负难料。但张法顺没料到的是，因为误用一个人，决定了战争朝不利于司马元显的一方倾斜。
司马元显知道桓玄不是那么好惹，需要的是一个机会。正好这时．武昌太守庾楷遣密使，有主动向司马元显投靠之意。并说了一番话：“玄大失人情，众不为用，若朝廷遣军，己当为内应。”司马元显非常高兴，马上派遣张法顺到京口（江苏镇江）去，找刘牢之商量。刘牢之却觉得征讨桓玄很困难。张法顺回来后，对司马元显说：“观牢之言色，必贰于我，不如召入杀之；不尔，败人大事。”司马元显没有接受他的建议。这为后来战争的后果极为严重，极不利于司马元显及晋庭。
东晋朝廷从此开始大规模地整治训练水上部队，征选兵卒、装备战舰，准备用来对桓玄发动进攻。
元兴元年（402年）正月，晋庭下诏罪状桓玄,骠骑大将军司马元显率军西讨桓玄，桓玄也率荆楚大众，南攻司马元显。司马元显命刘牢之为先锋，刘裕为参军,随军前往征讨桓玄。桓玄面临朝庭大军，长史（高级秘书）卞范之建议说：“公威名远扬，谋略震动天下，司马元显乳臭未干，刘牢之不得人心，如果兵临京畿，恩威并施，则土崩瓦解之势可翘足而待，哪有延敌入境而自己削弱自己的道理？”桓玄闻言大悦，当即留下桓伟固守江陵，上表朝廷，率师沿江东下。
但此时，问题出现在刘牢之身上。刘牢之与骠骑大将军元显交恶，恐桓玄被消灭，元显更加骄横，又害怕自己的功名过盛，为元显所不容。欲借桓玄诛除元显，再以之为借口讨伐桓玄，坐拥其利。故不肯讨伐桓玄。
桓玄之军既过浔阳，不见王师，意甚悦，其将士士气大振。迅速拿下了襄城，并击败了司马尚之率领的九千步兵。
作为先锋的刘牢之率部到达溧州（今江苏溧阳）时，遭遇桓玄所部，刘裕请求攻击，刘牢之不许。而此时，桓玄做了一件事情，他派出刘牢之的族舅何穆去说服刘牢之，刘牢之当即同意投降桓玄。“牢之颇纳穆言，与玄交通。” 遭到刘裕与刘牢之外甥何无忌联袂谏阻，刘牢之不听。刘牢之的儿子骠骑从事中郎刘敬宣也行劝谏，刘牢之怒曰：“吾岂不知！今日取玄如反覆手耳；但平玄之后，令我奈骠骑何！”三月，刘牢之遣儿子刘敬宣向桓玄请降。桓玄攻克建邺，杀元显，任命刘牢之为会稽内史，“始尔，便夺我兵，祸其至矣！”，夺刘牢之兵权，以其堂兄桓修代之。
这时，刘敬宣从建康回来，暗中劝刘牢之袭桓玄，刘牢之犹豫不决。刘牢之惧怕，告诉刘裕说：“今当北就高雅于广陵举事，卿能从我去乎？”刘裕答曰：“人情去矣，广陵亦岂可得之？”刘牢之惧祸而逃走后自缢身亡。
何无忌对刘裕说：“我将何之？”刘裕曰：“可随我还京口（江苏镇江）。玄必守臣节，当与卿事之；不然，与卿图之。”何无忌听从，与刘裕同返京口（江苏镇江）投于桓玄，而此时，京口为桓玄的堂兄桓修镇守。
刘裕审时度势，暂投桓玄以行韬晦。由于刘裕屡建军功，于北府旧部中颇有声望，故桓玄也不敢小视他，任命他为中兵参军。这是元兴元年（402年）三月的事情。
元兴元年（402年）十二月，桓玄开始清除刘牢之残部，“杀高素、竺谦之、谦之从兄竺朗之、刘袭并袭弟刘季武，皆刘牢之北府旧将也。”司马休之、刘敬宣、高雅之等人亡命南燕和后秦。
元兴二年（403年）正月，桓玄上表请帅诸军扫平关、洛，既而自己代下诏书称朝庭不许，乃云：“奉诏故止。”同月，桓玄又命多造轻便的小船，载服玩、书画。当人问其故时，桓玄严肃地说：“兵凶战危，脱有意外，当使轻而易运。”
刘裕行至山阴，何无忌私下见刘裕，劝刘裕于山阴起兵，北讨桓玄。刘裕问计于孔靖，孔靖很有战略眼光，劝刘裕：“山阴去都道远，举事难成；且玄未篡位，不如待其已篡，于京口图之。”刘裕听从了孔靖的建议，没有和桓玄翻脸，等待机会下手。根据《宋书 孔靖传》记：“ 时桓玄篡形已著，欲于山阴建义讨之。季恭以为山阴去京邑路远，且玄未居极位，不如待其篡逆事彰，衅成恶稔，徐于京口图之，不忧不克。高祖亦谓为然。”
刘裕因不是刘牢之心腹，受到桓玄重用。为笼络刘裕，以为己用，故封刘裕为彭城(今江苏徐州)刺史。刘裕祖籍本为彭城，有衣锦还乡之荣，由此可见，桓玄对刘裕确实高看一眼。
元兴二年（403年）九月，桓玄走向更危险的一步，便开始拿司马德宗下手。侍中殷仲文、散骑常侍卞范之劝大将军桓玄早受禅，阴撰九锡文及册命。司马德宗下诏封桓玄为楚王，加九锡，准备重走司马昭的老路。
要做皇帝，大臣们就不能有二心，只有得到臣民的拥护，这个帝位才坐得安稳。于是，元兴二年（403年）九月，他派出了从兄桓谦，桓谦很诚心地问刘裕：楚王“勋德隆重，朝廷之情，咸谓宜有揖让，卿以为何如？”刘裕很违心地答：“楚王，宣武之子，勋德盖世。晋室微弱，民望久移，乘运禅代，有何不可？”。
桓谦很满意，喜曰：“卿谓之可即可耳。”桓玄也很欣慰。
根据历史惯例，“尧舜禅让”之前，上天总会降些“祥瑞”下来，桓玄也不例外。元兴二年（403年）十月，桓玄上表请归他的封地，同时又暗自使帝作手下诏坚决挽留他。他让人造谣说“钱塘临平湖开，江州降甘露。”
桓玄便于东晋元兴二年(403年)十一月，然后，桓玄矫制加十二旒冕，建天子旌旗、出警入跸、乘金根车、驾六马，置八佾。设钟虡宫县，妃为王后，世子为太子，其女及孙爵命之号皆如旧制。按：《晋书卷九十九•列传第六十九》
一切准备就绪后，认了新干爹的百官们联表功进，当然桓玄也要做做样子，“伪让”，然后百官“固请”。并且让文武百官都聚集在一起恭贺，用为己受命之符，以行篡位之实。
卞范之作“禅诏”，使临川王司马宝逼安帝抄之。安帝临轩，遣兼太保、领司徒王谧奉玺绶，禅位于楚。“百官诣姑孰劝进”。
《晋书卷九十九•列传第六十九》：“初，玄恐帝不肯为手诏，又虑玺不可得，逼临川王宝请帝自为手诏，因夺取玺。比临轩，玺已久出，玄甚喜。”（起初，桓玄担心皇帝不肯亲手写诏书，又担忧玉玺不能到手，便逼临川王司马宝请皇帝亲自作诏书，并乘机夺取玉玺。而按通鉴云：“丁丑，卞范之为禅诏，使临川王宝逼帝书之”。等司马宝来到朝殿，玉玺早已传出，桓玄高兴之极。）
元兴二年（403年）十二月，桓玄便修筑祭坛于九井山的北面，即皇帝位。大赦，改元永始。随后，把安帝司马德宗迁到寻阳(今江西九江)享福去了。
桓玄自元兴二年（403年)十二月当政后，心中常常不安。桓玄本人苛刻琐细，喜欢矜持自夸，以示自己的聪明多才。有时上给他的奏章，一字写错，或偏旁不对，均受其严厉斥责和贬官，引起满朗文武的不安。他大兴土木，修建宫室，沉迷于游乐嬉戏，纲纪不治，朝野上下引起一片惊乱，欲举兵起事的人比比皆是。
元兴三年（404年)二月，益州刺史毛璩首先起兵。桓玄遣使加封益州刺史毛璩为散骑常侍、左将军。毛璩便扣留了使者，不受其封。毛璩传檄远近，列兴桓玄罪状，随后遣巴东太守柳约之、建平太守罗述、征虏司马甄季之击破桓玄任命的桓希等，帅众进屯白帝。
元兴三年（404年）二月，桓修调入朝廷，刘裕也随其到了建邺，桓玄见了刘裕，对司徒王谧说：“昨天见到了刘裕，风度不凡，确是世人中的豪杰呀。”每次游乐宴集，赠送赏赐十分丰厚。桓玄的妻子刘氏，是尚书令刘耽的女儿，聪明智慧，很有见识，曾经见过刘裕，便对桓玄说：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐必不为人下，宜早为其所。”桓玄说：“我方平荡中原，非裕莫可，待关、陇平定，然后议之。”
正在桓玄盘算之际，刘裕也在暗中和北府兵残余兵将联络，伺机反攻桓玄。
元兴三年（404年)二月，桓修要回到京口，刘裕借口金疮复发骑不得马，坐船与何无忌同还，甩开了桓修，行间二人密谋起义事宜。同还京口后，与弟弟刘道轨、沛国的刘毅、平昌的孟昶、任城的魏咏之、高平的檀凭之、琅邪的诸葛长人、太原的王元德、陇西的辛扈兴、东莞的童厚之，共同谋划大计。
当时桓修的弟弟桓弘，担任青州刺史，镇守广陵，刘裕的弟弟刘道轨担任桓弘的中兵参军，孟昶担任青州主簿，于是刘裕就让刘毅到江北，与刘道轨、孟昶共同谋划袭击桓弘。诸葛长人担任豫州刺史刁逵的左军府参军，预谋占据历阳起兵策应。刘裕、何无忌杀桓修在京口（江苏镇江）起兵，王元德、辛扈兴和童厚之则为之内应。刻期齐发。
孟昶的妻子周氏很有钱，为酬军资，私下对妻子商量说：“刘迈毁我于桓公，使我一生沧陷，我决当作贼。卿幸早离绝，脱得富贵，相迎不晚也。”周氏当即拒绝，并说：“君父母在堂，欲建非常之谋，岂妇人所能谏！事之不成，当于奚官中奉养大家，义无归志也。”孟昶怅然许久而后起身。周氏这时追上孟昶坐，说道：“观君举措，非谋及妇人者，不过欲得财物耳。”于是将所有财物给了孟昶。昶弟顗妻，是周氏的堂妹，周氏欺骗她说：“昨夜梦殊不祥，门内绛色物宜悉取以为厌胜。”妹妹相信了她的话，将绛布全都给了她，遂尽缝以为军士袍。
何无忌回到家中，出于谨慎，夜晚在屏风里起草檄文，他的母亲刘氏是刘牢之的姐姐，悄悄地踩着板凳罩着灯烛在屏风上头偷窥。常思复仇，见而哭泣着说：“吾不及东海吕母(西汉末年人，为给儿子报仇，曾率数万人反对王莽的政权)，明矣。汝能如此，吾复何恨！”随后问及同谋者有那些，何无忌说：“刘裕。”母尤喜，认为桓玄必败，举事必成。
根据《宋书》的记载，相约起义者，不算刘裕，主要人物共27人，计有；何无忌、刘毅、刘道怜、魏咏之、魏欣之、魏顺之、檀凭之、檀韶、檀祇、檀隆、檀道济、檀范之、刘藩、孟咏、孟怀玉、向弥、管义之、周安穆、刘蔚、刘珪之、臧熹、臧宝符、臧穆生、童茂宗、周道民、田演、范清，并义士数百人，而其中最有名的当属后来的宋室长城檀道济。
元兴三年（404年）二月，刘裕以打猎为名，与无忌等聚集北府兵残余兵将等二十七人，从者百余人，在京口（江苏镇江）举事。
清晨，城门打开，何无忌穿着传达诏令的服装，念着大楚皇帝的诏命，走在前面。举事的人奔驰进城，进入将军府，齐声大叫，官吏兵上惊讶逃散，不敢行动，当即斩了桓修。高祖到底还念旧情，哭得很悲伤，对桓修厚加收殓。
刘裕等刚攻下京城，桓修的司马刁弘率领文武官员前来攻打，刘裕登上城头对他们说：“郭（昶之）江州已奉乘舆反正于寻阳，我等并被密诏，诛除逆党，同会今日。贼玄之首，已当枭于大航矣。诸君非大晋之臣乎，今来欲何为？”晋安帝退位后，居住在浔阳．所以刘裕说江州刺史郭昶之复兴晋国，刁弘等人相信了他们，便退了回去。
而与此同时，在广陵的孟昶等劝说桓弘当天出城狩猎。天未亮打开城门，放出狩猎的人，孟昶、刘毅、刘道轨等人率领壮士五六十人利用开门时径直冲入。桓弘正在喝粥，当即杀死他，随后，率众渡过长江。刘毅等人与刘裕汇合，刘裕急命刘毅杀了刁弘。
扫清了京口的桓氏势力后，各路豪杰们共同推举刘裕为义师盟主，准备过江与桓玄决一死战。
刘裕有一个想法，对何无忌说：“今急需一府主簿，何由得之？”何无忌回道：“无过刘道民。”刘道民，东莞的刘穆之，与刘裕自小相熟。裕曰：“吾亦识之。”刘裕便写信请他出山。当时，刘穆之听到京口（江苏镇江）有欢噪之声，于是早晨起来，在路边打听张望，这时，正好与信使相遇。刘穆之直视良久，既返回家中，把布裳剪了，改成军服，随同信使回见刘裕。刘裕道：“始举大义，方造艰难，须一军吏甚急，卿谓谁堪其选？”刘穆之回说：“贵府始建，军吏实须其才，仓猝之际，略当无见逾者。”刘裕高兴的说：“卿能自屈，吾事济矣。” 于是当即将刘穆之任为军师。刘裕能够代晋建宋，刘穆之实为首功之臣。
是时候，进军建康了。
但这时候，却出了一个岔子。问题出在和刘裕同谋的刘迈(刘毅的哥哥)。刘毅的哥哥刘迈原先住在建邺，事情还没发生的前几天，刘裕派遣同谋周安穆告诉了他，让他作内应。刘迈虽同意，但内心非常恐惧。周安穆害怕事情暴露，驰马返回。当时，桓玄任命刘迈为竟陵太守，刘迈便乘船而下，到郡上任。这天夜里，桓玄给刘迈寄信说：“北府人情云何？卿近见刘讳何所道？”刘迈以为桓玄已经知道了他们的计谋，早晨起来就把情况告诉了他。桓玄很吃惊，封刘迈为重安侯，又因为他没有把周安穆抓住，又把他杀了，又杀了王元德、辛扈兴、童厚之等。到了这个时候，再无转圜的余地。
众推刘裕为盟主，总督徐州诸事，任孟昶为长史，镇守京口（江苏镇江），檀凭之任司马。随即自率部众一千七百余人，进驻竹里，传檄京师，声讨桓玄。
桓谦等请求出兵打击刘裕，桓玄摇头道：“刘裕既反，肯定率军急行，准备奇袭于我，我当重兵屯于覆舟山(即著名的南京钟山)，等他来到覆舟山，已成强弯之末，他们看到我们大军威武时，自会害怕。何劳我们动手?。”桓谦等坚持请求击之。于是，遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷率领精锐部队相继北上以抗刘裕。刘裕拿下京口（江苏镇江），以硃绰的儿子硃龄石为建武参军。
桓玄自从获悉刘裕率众起义后，忧惧而不出其计。有人说：“裕等乌合微弱，势必无成，陛下何虑之深！”桓玄回答说：“刘裕足为一世之雄，刘毅家无担石之储，樗蒲一掷百万，何无忌酷似其舅；共举大事，何谓无成！”
元兴三年（404年）三月，刘裕的军队与吴甫之的军队相遇于江乘（今南京句容）。将战，硃龄石对刘裕说：“（硃）龄石世受桓氏厚恩，不欲以兵刃相向，乞在军后。”刘裕认为这是义而同意了他的请求。
第一场战争，两军句容碰头，是一场遭遇战。
吴甫之，桓玄的骁将，其兵为荆扬之精锐。刘裕毫不畏惧，手执长刀，大呼着冲杀，众皆披靡，于江乘先杀吴甫之。追至罗落桥才停下来。
在罗落桥，应该是第二战了。刘裕此时不足百人，与皇甫敷所率数千人逆战，宁远将军檀凭之（首义之人）力战而死。刘裕进战弥厉，皇甫敷围之数重，刘裕倚着大树力战。皇甫敷来到刘裕面前：“你的末日到了，说吧，你想怎么死。”皇甫敷不等回答拔戟向刘裕刺来，刘裕瞋目大吼，皇甫敷可能是紧张，或是过于兴奋，总之一戟刺偏，刺在树身上，由于用力过猛，竟拨了半天也没有拔出来。这时，刘裕的后军至，不知是谁，箭法极好，一箭射中皇甫敷中额，皇甫敷仆倒在地，刘裕援刀直进。皇甫敷道：“君有天命，以子孙为托。”刘裕斩下皇甫敷的首级，厚抚其孤。裕以檀凭之所领兵配参军檀祗。祗，凭之之从子也。
罗落桥一战，又杀皇甫敷。刘裕军更近建康。刘裕整顿士卒，又得军众一万余人，继而加速奔向覆舟山(今南京钟山)
桓玄听说皇甫敷等死，就派桓谦、何澹之率一万三千人屯驻覆舟山东陵口，卞范之领七千人屯驻覆舟山西面，以作为东陵的后援。其众合二万。
刘裕军食毕，将余粮丢弃，帅师入覆舟山的东面。命老弱兵卒登于覆舟山上，持着旗帜分道而行，营造四周皆有士兵，以为疑兵；桓玄又遣武骑将军庾祎之，装备着精良的利器，相助桓谦等。刘裕首先分兵几路驰向敌军，将士皆殊死的战斗，一以当百，呼声震天。又借着风力放火，浓烟与火焰冲天。桓玄军大败，一时土崩。桓谦、何澹之、卞范之眼看控制不了局势，在亲兵的簇拥下，逃回建康。
桓玄在开始时虽然派了军队，但是逃走的心意已经决定，另派领军将军殷仲文在石头城准备船只，听说桓谦失败，便乘着轻快的小船向南逃。桓玄当天没有进食，随行人员就进糙米饭给桓玄，但桓玄吞不下，年幼的桓升抱着桓玄抚慰他，更令桓玄忍不住心中悲伤。桓玄这一逃，逃得更远，就到了浔阳。
桓玄一行一直逃到浔阳，江州刺史郭昶之供其物资及军队。其后，又挟持晋安帝司马德宗至江陵。这让刘裕有点烦，因为刘裕他们的口号就是恢复晋王朝让晋安帝复脾。现在皇帝还在别人手上，而且还没死．你也不好再立别人，必须派人去抢回来。于是派刘毅率领何无忌、刘道轨等诸军追之。桓玄留龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之守湓口。
但是桓玄准备很充分，他的船性能好，动力足，尽管在跑的路上还慢悠悠地写写《起居注》，叙述讨伐刘裕之事，自认为经略没有什么问题，是各军违反节制，以致奔败。刘裕的追兵始终也没有追上。
皇帝在桓玄手上，我所在建康成无主之地。这时，刘穆之告诉他：有办法拉一个监国之人，等司马德宗回来，再把皇位让给他。于是刘裕便找来了武陵王司马遵。称受帝密诏，以武陵王司马遵承制总百官行事，加侍中、大将军，因大赦，惟桓玄一族不宥。
为了保持官僚队伍的纯洁性，刘裕开始清肃桓玄余党，身边留着几个定时炸弹总是不放心。如王愉，是桓氏的女婿，因而，王愉、王绥父子深爱恩宠，又经常轻侮刘裕，心不自安。元兴三年（404年）三月，阴结司州刺史温详，图谋作乱，事情泄后被杀，子孙十余人皆伏法。值得一提的是，刘裕借投靠桓玄为名，将当初赌输后羞辱他的刁逵一家全部杀害。而王谧却被他保了下来。
元兴三年（404年）四月，司马遵入居东宫，内外毕敬。
裕始至建康，刘裕知道自己处理政事并不在行，干脆将朝廷内外“诸大处分皆委于刘穆之，仓猝立定，无不允惬。”刘穆之斟酌时宜，根据实际情况，矫正桓玄执政时的弊病，建立各项制度。刘裕以身作则，“以身范物”，京城的风气有了很大的改观．史称“内外百官皆肃然奉职，不盈旬日，风俗顿改”。
之所以有了这么大的变化，从一个侧面可以了解一二。
桓玄主政时，事无巨细．亲历亲为。他是个追求完美的人，自然也要求臣下不得有一丝缺陷，在给他的奏章中，即便是发现一个错别字，比如官员在抄录诏书中将“春蒐[sōu]”字误缮为“春菟”，经办人员即全被降级或免职。
刘裕主政时，则和桓玄不同，他并不干涉政令革新，他知道自己是个大老粗，而且非常懂得“用人不疑，疑人不用”的道理。如对刘穆之，刘裕就很信任，让他大胆地去干。
稳定了京城局势后，刘裕下面要做的便是全力围剿桓玄势力，卧榻之侧，岂容他人酣睡。
刘裕命刘毅等人主动进击。
桓玄在荆州还是有些根基的，桓家在此称霸三代，老臣宿将众多，谁不给他面子。于是，回到荆州的桓玄仍自称楚帝，集合兵马，挟帝反扑。
桓玄留龙骧将军何澹之、前将军郭铨与郭昶之守湓口。其后何无忌击败桓玄所派何澹之等军，攻陷湓口，进占浔阳，
然后与刘毅等一直西进。桓玄亦自江陵率军迎击，两军会于峥嵘洲(今湖北黄冈西北长江中的沙洲)。
刘毅、何无忌、刘道规：兵力不足万人，军士所乘舟舰与打鱼船相仿。
桓玄：拥众两万，楼船高大，舟舰众多。
面对数倍于已的敌人及强大的战备，刘毅的士兵感到有些害怕，想要退回浔阳。刘道规不同意。自起兵以来，刘道规就设怎么立过战功，这时候不雄一把，以后怎么好在哥哥面前交代。
他说；“桓玄的强大只是表面上的，桓玄志大才疏，胆怯如鸡．乌合虽众，不足一扫。闻桓玄在大舰旁系有小舟，以便败时逃跑，如此怯弱，三军谁肯用命?两军决战，胜负之间，尽在主将雄怯与否，汉光武破昆阳，魏武克官渡，都是以寡制众，彼能行之，我何不可!” 当时桓玄军虽然有兵力优势，但因桓玄经常在船侧泛舟，预演败走时的动作。于是士众毫无斗志，在刘毅等晋军的进攻下溃败，焚毁辎重乘夜逃走，郭铨遂向刘毅投降。
桓玄于是挟晋安帝继续西走，抛下晋穆帝皇后何法倪及晋安帝皇后王神爱（书圣王羲之的孙女）于巴陵。殷仲文当时以收集散卒为名移驻别船，并趁机背叛桓玄，迎二后回建康。
桓玄于元兴三年（404年）五月回到老巢江陵，冯该劝桓玄再战，但桓玄不肯，更想去汉中投奔梁州刺史桓希。不过当时人心已离，桓玄的命令都没有人遵行了。次日，江陵城中大乱，桓玄与心腹数百人出发，到城门时随行有人欲暗杀桓玄（被自己一个心腹砍了一刀），但不中，于是彼此厮杀，桓玄勉强登船，身边人员因乱尽散，只有卞范之跟之。继续着到梁州治所汉中的打算。
桓玄的屯骑校尉毛修之是益州刺史毛璩的侄子，毛修之知道桓玄人头的价值，于是诱使桓玄入蜀，桓玄听从。而当时正值宁州刺史毛璠去世，益州刺史毛璩就派侄孙毛祐之及参军费恬等领数百人送毛璠丧至江陵，并于五月二十六日在江陵城西的枚回洲与桓玄相遇，二人于是进攻桓玄，箭矢如雨，桓玄宠信的丁仙期、万盖等为桓玄挡箭而死。而后被射中一箭。还没等桓玄叫痛，益州督护冯迁跳上桓玄坐船，抽刀向前，桓玄拔下头上玉饰递给冯迁，说：“你是什么人，竟敢杀天子？”冯迁说：“我这只是在杀天子之叛贼而已！”桓玄遂被杀，享年三十六岁。
桓玄死后，堂弟桓谦在沮中为桓玄举哀，上谥号为武悼皇帝。桓玄头颅则被传至建康，挂在大桁上，百姓看见后都十分欣喜。
桓玄虽死，荆州乱局未解。
桓玄被杀，但桓家势力还在。桓谦和桓振趁着江上起风，晋军无法前行的时机，又盘踞了江陵。
二桓取江陵本是采取的就近原则，但他们没想到的是，在江陵城中竟待着一个大有来头的人物——晋安帝司马德宗。峥嵘洲大败之时，桓玄只顾自己逃命，没来得及带上司马德宗，而是把他留在了荆州。荆州别驾(州政府总务官)王康产瞅准时机找到已没有自由的这位皇帝，迎接到江陵郡府。后知桓玄被截杀，王康产又使其复位。
可惜的是，桓振来了后，他又一次堕入了地狱，而且差点把命给丢了。
桓振这个人，是桓玄的堂兄桓石虔之子，桓石虔是东晋名将，桓振继其武风，但少时不修德行，不为桓玄所用，桓玄死，桓玄得一展所长。联络桓谦攻下江陵，杀掉了王康产和王腾之。
得到皇帝还在行宫的消息，桓振骑马闯到行官前，飞舞着长矛对司马德宗说：“桓升(桓玄的儿子)在哪里?”司马德宗郁闷了。桓玄被诛之时，桓升同时被擒，后被送到建废。刘裕发了狠，将桓升斩首于市。桓振的愤怒，使司马德宗吓得不行。但晋安帝司马德宗是个白痴。《晋书》记载：司马德宗“帝不惠，自少及长，口不能言，虽寒暑之变，无以辩也。凡所动止，皆非己出。故桓玄之纂，因此获全。”
桓振很生气，后果很严重。他对司马德宗怒目道：“我们桓家有哪一点对不起晋国，竟被屠灭成这样?”琅玡王司马德文见状．赶忙跳出来说：“英雄息怒，处死桓升，根本不是皇帝的意思，完全是刘裕那小子的意思。”保命要紧，先过了这关再说，不过说的倒是实话．皇帝已经没有实权了。桓振余怒未消，仍然要杀司马德宗，多亏脑子还算清醒的桓谦苦苦劝说，才勉强下马，敬礼告辞。
桓谦还算比较明智，他把玉玺印绶都还给了安帝，说：效法尧帝把皇位掸让给舜帝的风范，现在楚国的寿命福分不长，百姓们的民心已经重新归附晋室了。这招从政治上看还是比较厉害的，一下子就灭了天下人杀桓家的理由。
这样一来，东晋境内一时间也出现了两个中央政府，即刘裕控制下的建康政权和桓振、桓谦控制下的江陵政权。
听说桓振攻下江陵的刘毅，再次进攻江陵，并先后击败王稚徽，桓蔚的部队，斩王稚徽。越过巴陵向江陵推进。刘毅留守巴陵，何无忌、刘道规继续西进，桓谦、桓蔚虽在马头、龙泉组织阻击，但都被击溃。其所战辄克，兵临江陵城下，何无忌准备直接攻取江陵，一鼓而平桓振。
但此时刘道规结合当时形势，规劝何无忌说：“桓振的英勇，冠于三军，我们很难在战场上战胜他，不如养精蓄锐，慢慢用计谋控制他，不担心不会于掉他。” 这一次，何无忌没听。引军直趋江陵。
此战，何无忌率部在灵溪遭遇了桓振的部队。而此时桓玄手下旧将冯该也率部支援桓振，大败何无忌。死者千余。桓振乘胜进击，刘毅弃守巴陵，与吃了败仗的何无忌退回浔阳。好在这时的浔阳城在晋陵郡长刘敬宣（刘牢之的儿子）的治理下已经囤积了大量的粮草和军需物资，退到这里的刘毅军很快得到了补充，才迅速恢复了元气。
事后，刘毅等上书请罪。刘裕深知此败，何无忌冒进只是表面原因，而义军内部诸将间互不统属的指挥机制帮是主因。于是他只是象征性的免去刘毅青州剌史，同时又命其节度诸军，赋予他荆江战场的最高指挥权。并决定二次进军江陵。这一次，再也不敢大意的他们没有给桓振任何机会。
刘毅、何无忌、刘道规从浔阳西上，沿途推进得非常顺利。
攻夏口、克巴陵。兵锋直抵江陵城南。桓振再能，也难击三面为敌。
于是决定，他派使者提出以释放安帝以换取荆州和江州的割据。刘毅当即拒绝了他的无理要求。
桓振没辙了。
恰在此时，东晋南阳太守鲁宗之突然发起攻击占领建阳，并且在榨溪击败了桓振的部下温楷。被激怒的桓振亲自带领部队进攻鲁宗之的部队。虽然桓振打败了鲁宗之，不过此时兵力空虚的江陵也被刘毅他们给占领了。眼见丢了老家的桓振军，立即大乱，不战自溃。桓振遁入郧川。后来被夏口的刘毅找到，桓振力战身亡。
桓家就此基本灭亡。谯国桓氏一门，就此退出历史舞台。
这次破江陵，功劳最大的应该是刘道规，刘道规为人谦逊，自居功末，请让刘毅为首功，何无忌为次功。刘道规之所以让功，还有一种可能，就是他觉得哥哥在京师立足未稳．人心未必尽服，如果现在就把自己立为首功，怕被别人说闲话，影响哥哥的前途。要知道，刘裕的前途就是他刘道规的前途。
随后朝廷就有沼下来，封刘道规为荆州刺史。史载刘道规镇荆期间，“善于为治，刑政明理，士民莫不畏而爱之”。刘裕有这样一个英雄弟弟，再加上刘穆之在旁辅佐，刘格使无后顾之忧，可以任意驰骋在广阔的江南大地上，为自己的理想而奋斗。
身在江陵的司马德宗左盼右盼总算盼来了救星，激动相老泪纵横。荆州真不是人过的地方啊，带我回建康吧。晋义熙元年(405年)三月，刘毅很够意思，派何无忌将司马德宗从江陵送回了建康。
桓玄、桓振之乱得以平息，东晋天下总算失而复得，其功首推刘裕等人。
王、谢、庾、桓从此退出东晋历史，士族阶层在军功的推动下崛起，东晋政治在利益的推动下重新分割、洗牌。
回到建康的晋安帝司马德宗再次享受到了皇帝的待遇，他很高兴，立即升了刘裕的官把他提为侍中、车骑将军、使执节、都督中外诸军事。可刘裕，此时却请求解职归镇，以让贤者。这番官话说虽然没人信，但刘裕的考虑也是有道理的。京口才是他的创业根据地，他和晋朝没有什么历史渊源，现在留在建康多有不便。
三、平定卢循之乱
卢循(?-411)，字于先，东晋末年范阳涿县人(今河北省境内)，小名元龙。卢循神态风采清秀雅静，擅长草书、隶书、弈棋等技艺。卢循年幼时，当时佛门僧人慧远（一作惠远）善于品评人物，当他见到卢循之后，便对卢循说：“你虽然体态状貌比较有素雅的儒风，但是心里却隐藏着不遵守法度的志向。”
卢循的妻子孙氏是孙恩的妹妹。隆安三年（399年），孙恩起兵作乱，与妹夫卢循共同策划。孙恩性情残酷，卢循时常劝谏制止他，因此人们多依赖卢循得以活命。
另一方面，自元兴元年（402年）三月，也就是刘裕奔桓玄这个月，孙恩兵败自杀，众推卢循为首领。当时，太尉桓玄不想卢循添乱，用安抚的手段使东部地区的局势稳定下来，于是，任命卢循为永嘉(今浙江温州)太守。卢循虽受命，而寇暴不已。桓玄气极，即调刘裕东征卢循。同年五月，卢循从临海进犯东阳(今浙江金华)，桓玄派遣抚军中兵参军刘裕带兵进攻卢循。刘裕在东阳大破卢循，卢循狂奔永嘉。
元兴二年(公元403年)正月，卢循派他的姐夫司马徐道覆进犯东阳。二月，建武将军刘裕率军击败徐道覆。八月，刘裕在永嘉打败卢循，追卢循至晋安(今福建福州)，再破之。卢循形势窘迫，于是渡海南逃。
元兴三年(公元404年)九月，此时，桓楚已灭。卢循进犯南海，攻治所番禺（今广东广州），广州刺史吴隐之率军固守抵抗百余日。十月，卢循夜袭而陷番禺，抓获吴隐之，将城中府舍、民居焚烧殆尽。卢循于是自称平南将军，主持广州事务。卢循下令聚集焚烧数万死者遗骨，共同安葬在洲上，得髑髅三万馀枚。
公元405年初，卢循率领义军沿海南下，避实就虚，派徐道覆攻打东晋军事力量薄弱的始兴(今广东韶关)， 获始兴相阮腆之。在这之后，卢循在内部兵力不足，外部东晋政权加强进攻的形势逼迫下，向东晋王朝举旗投降。
义熙元年（405年）四月，卢循派遣使往东晋都城建康（今江苏南京）进献贡品。当时东晋刚灭桓氏，内外多事，没有时间征讨卢循。于是，朝廷任命卢循为征虏将军、广州刺史、平越中郎将，徐道覆为始兴相。
东晋虽然接受了卢循的投降，任命他治理广州，但是又对他放心不下，遂又任命大将刘裕作交附和广州的负责人，负责交、广两地的军事等事，实际上就是派刘裕前去监督卢循等人。卢循赠刘裕益智粽，刘裕回赠续命汤。
卢循任命前琅邪内史王诞为平南长史。王诞游说卢循道：“诞本非戎旅，在此无用；素为刘镇军所厚，若得北归，必蒙寄任，公私际会，仰答厚恩。”卢循认为他说得很对。这时刘裕写给卢循一封信，令遣吴隐之回去，卢循没有听从。王诞又对卢循说：“将军今留吴公，公私非计。孙伯符岂不欲留华子鱼邪？但以一境不容二君耳。”于是，卢循派吴隐之与王诞一起回去。
义熙四年（408年）五月，谯纵（十六国时期西蜀政权建立者）遣使称籓于秦，又与卢循潜通。纵上表请桓谦于秦，欲与之共击刘裕。
义熙五年（409年），东晋朝廷为了讨伐北方的南燕慕容超，将大将刘裕调离了广州。义熙六年（410年），刘裕带兵北伐南燕慕容超，徐道覆得知后，劝卢循乘东晋空虚之机袭击建康，卢循没有听从。徐道覆亲自来到番禺，向卢循游说道：“本住岭外，岂以理极于此，传之子孙邪？正以刘裕难与为敌故也。今裕顿兵坚城之下，未有还期，我以此思归死士掩击何、刘之徒，如反掌耳。不乘此机，而苟求一日之安，朝廷常以君为腹心之疾；若裕平齐之后，息甲岁馀，以玺书征君，裕自将屯豫章，遣诸将帅锐师过岭，虽复以将军之神武，恐必不能当也。今日之机，万不可失。若先克建康，倾其根蒂。裕虽南还，无能为也。君若不同，便当帅始兴之众直指寻阳。”卢循非常不愿意起事，但却没有说服徐道覆的办法，因此，反复的权衡利弊之后，他还是决定起兵了。
当初，徐道覆暗地派人到南康山砍伐木材，以制造船只，谎称要到下游城中贩卖。后来，徐道覆说劳力少无法运到下游，便在始兴廉价出售，价格比市面上低好几倍，居民们贪图便宜，卖掉衣物而争相购买木材。赣江水流急而且多石，出船很难，木材都储存在当地。因而这样许多回，百姓的船板积存得极多，百姓却没有任何怀疑。徐道覆举事起兵后，根据卖木材的收据一一索取，不准隐藏不报，雇用许多人拼装战船，十多天便完成。
义熙六年（410年）二月，卢循再次起事，与徐道覆兵分两路进攻东晋。卢循从始兴出发进犯长沙，徐道覆进犯南康、庐陵、豫章。东晋安成忠肃公何无忌自寻阳带兵击卢循。三月，何无忌与徐道覆的军队在豫章遭遇，何无忌兵败阵亡。于是中外震骇，朝议欲奉乘舆北走就刘裕；既而知贼未至，乃止。
此时，刘裕军刚刚攻克燕都广固，但朝廷尚未得到消底晋王朝已深感起义军的严重威胁，便紧急下沼，命刘裕率军回朝。
不久，卢循再派徐道覆进攻寻阳（一说江陵），自己准备攻打湘中各郡。荆州刺史刘道规派遣部队迎战他们，在长沙战败。卢循进至巴陵，将直奔江陵。徐道覆听说刘毅就要攻来，派信使飞马报告卢循说：“毅兵甚盛，成败之事，系之于此，宜并力摧之。若此克捷，江陵不足忧也。”卢循当天便从巴陵出发，与徐道覆的兵力会合，然后顺流而下，兵卒十万，战舰数以千计。
刘裕接到卢循起兵的报告，迅速南归救援。四月，他带兵坐船已行至下邳，接到卢循军攻下桑落洲，杀死何无忌的消息，于是轻装前进，只有数十人跟随回到京都。卢循抵达寻阳时，听说刘裕已经北伐回师，还有些不相信。击败刘毅的军队后，才从俘虏的口中得到证实，他和他的党羽们互相面视而色变。卢循打算退回到寻阳，攻克江陵，据二州和朝廷对抗。徐道覆很有胆略和决断力，准备“乘胜径进”。卢循犹豫了几天，才依从他的建议。由于卢循的“多疑而少决”，行动过于迟缓，致使起义军失去了宝贵的战机，而刘裕则赢得了进行周密布署的时间。
五月，卢循、徐道覆联兵东下，率兵十万，战舰千余艘，其场面极为壮观。卢循与刘毅在桑落州摆开战场，将刘毅的军队打得大败，刘毅扔掉船只，带数百众步行逃走，余部为卢循俘虏。他们丢弃的军事物质堆成小山。
朝廷内又分成了两派，以盂昶为首的提出了放弃建康，过江北迁，因为他料定刘裕这次也打不过卢、徐。相反刘裕的目的很明确：战斗到底，绝不放弃。孟昶见自己的意见不被采纳，恼羞成怒，威胁说：“如果不肯迁都，我就死在你的面前。”刘裕也来了气，回道：“卿且申一战，死复何晚！”孟昶太相信自己的判断了，在不想跟睁睁看到建康被卢、徐攻下来的情况下，服毒自尽。
卢循、徐道覆率兵到达了建康附近的江宁，见敌军虽有准备，但是由于是新募的兵卒，其素质不高，作战经验也没有，于是徐道覆建议卢循立即率兵与东晋展开决战，一鼓作气，直取京都建康。卢循对徐道覆的意见犹豫不决，最后，他决定不采纳徐道覆的意见，从西岸的蔡州向东晋军队展开进攻。刘裕最担心的就是义军从新亭进攻，像徐道覆建议的那样，他对部下说:“敌人若从新亭进攻，那么他们就会锐不可当，我军只能回避其锋头，谁胜谁败就难以计算了，他们若是从蔡洲进攻，那就是自取灭亡了。”战斗开始之后，卢循派人制止了徐道覆在新亭的步兵防守及作战准备，白白放弃了胜利的大好良机。
卢循军抵秦淮河口，东晋朝廷都城内外戒严。徐道覆请求从新亭进军白石，然后烧掉战船北上，分几路进攻刘裕。卢循欲以尽可能保险为目的，对徐道覆说：“大军未至，孟昶便望风自裁；以大势言之，自当计日溃乱。今决胜负于一朝，乾没求利，既非必克之道，且杀伤士卒，不如按兵待之。”徐道覆因为卢循疑心太重而缺决断，于是叹息道：“我终为卢公所误，事必无成；使我得为英雄驱驰，天下不足定也。”
刘裕恐卢循突袭，采用虞丘进的建议，砍伐树木在石头城和秦淮河口等地全部立起栅栏。卢循把伏兵于秦淮口南岸，命令一些老弱将士坐船向白石进发，并声称全部大军准备从白石登岸作战。刘裕留参军沈林子、徐赤特戍守南岸，切断通往查浦（一作祖浦）的交通，命令他们坚守阵地，不要轻举妄动。刘裕和刘毅、诸葛长民等向北出兵迎击卢循军。
卢循火烧查浦，进兵到张侯桥，以伏兵大败徐赤特，徐赤特乘船逃往秦淮河北岸。沈林子、刘钟据守栅栏奋力作战，朱龄石亦率援军赶来相救，卢循军才撤退。卢循带着一支精锐部队急进，到达丹阳郡。刘裕帅领诸军驰还石头城。卢循不久因攻打栅栏失利，战舰遭暴风吹翻，死者众多。在南岸列阵交战，再次大败。六月，卢循进攻京口，掠夺各县，但什么都没有抢到，对徐道覆说：“师老矣，不如还寻阳，并力取荆州，据天下三分之二，徐更与建康争衡耳。”七月，卢循从蔡州南还寻阳，留部将范崇民领五千人据守南陵。刘裕派遣辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史蒯恩、中军谘议参军孟怀玉等人带兵追击卢循。自己率领大军随后进击，在雷池打败卢循。卢循想逃回豫章，便拼全力在左里设置栅栏。刘裕命令部众攻栅栏，卢循军队虽然死战，还是不能抵抗住官军。十一月，刘裕乘胜进击，卢循单船逃脱，收拢逃散士卒得到一千多人，退还再保广州。刘裕先派孙处从海道占据番禺城，卢循攻城不下。十二月，徐道覆退保始兴，依险固守。卢循袭击合浦，攻克合浦后，进攻交州。到龙编时，刺史杜慧度用巧计战败卢循。
义熙七年（411年）正月，刘籓帅孟怀玉等诸将追卢循至岭表，二月，孟怀玉攻克始兴，斩徐道覆。四月，不久卢循率余众围攻孙处据守的番禺城，沈田子率军南返救援孙处，并大败卢循，杀了万余人。卢循兵败逃走，沈田子则联同孙处追击，接连在苍梧(郡治在今广西梧州)、郁林(郡治在今广西桂平)及宁浦(郡治在今广西横县南)三郡击败卢循，可是沈田子就因孙处患病而放弃继续追击。孙处在晋康郡去世。卢循奔交州。卢循军攻占了合浦(郡治在今广西合浦东北)。交州刺史杜慧度，帅州府文武将士拒卢循于石碕，大破卢循。
卢循率余众三千人，行至龙编(今越南河内东北)南津时，当地俚僚部族李脱等结集人众五千余人响应卢循。慧度散尽家财奖赏军士，率领军队于龙编南面的渡口与卢循军交战。杜慧度投掷鸡尾火炬焚烧卢循的战舰，以步兵在两岸以箭射击，卢循的船舰都燃烧起来，军队大败而溃。
卢循势力丧败，知道不能免死，先把妻子儿女十余人毒死，又召集妓妾问道：“我今将自杀，谁能同者？”多数人说：“雀鼠贪生，就死实人情所难。”有的说：“官尚当死，某岂愿生！”于是把那些不愿随死的人全部毒杀，卢循便投水自尽。杜慧度捞出卢循的尸体斩首，连同他的父亲卢嘏一同处死。同党全部擒获，把首级传送到京都。
至此，接替孙恩军转战南中国的卢循军便被东晋王朝全部镇压下去。
义熙七年（411年）四月，卢循之乱遂定。历时八年。
四、晋室内忧外患
义熙元年（405年）三月，东晋统治者在桓楚散尽的消烟中名正言顺地坐回了皇位，自然可喜可贺。这一切，当然要归功于京口起义驱除诸桓的刘裕等人。为表彰此义举以垂后范，朝廷宣布改元“义熙”，希望大义所至，为国家带来兴盛和繁荣。国家经此一番荡涤，王、庾、桓、谢诸世家大族纷纷退场，凭借军功的次等士族迅速崛起，统治权力势必面临一番重新洗牌，既得利益也需要在法理上进行分割和确认。
所以迎回晋安帝之后，紧接下来的大事就是论功行赏。
朝议的结果是暂封刘毅为左将军，何无忌为右将军、督豫州扬州五郡军事、豫州刺史，刘道规为辅国将军、督淮北诸军事、并州刺史，魏咏之为征虏将军、吴国内史（不久改任荆州刺史）。而头号功臣刘裕则任侍中、车骑将军、都督中外诸军事，并兼徐、青二州刺史。
左、右、征虏、辅国将军之职，位列三品，历来非皇族亲贵、门阀大族有殊勋者不能担任，这对于刘毅、何无忌等出身次等士族、起事前只是不入流的小官的人来说，可谓是极为优渥的奖赏。至于准备封给刘裕的车骑将军名号，更是二品高官，侍中是侍奉皇帝的高级顾问，都督中外诸军事相当于京师卫戍总司令，以上官职虽不能说是位极人臣，但对于起事前官居四品建武将军的刘裕来说，已可算是莫大的尊宠和荣耀。
而在至关重要的地方军政大权方面，按照这一封赏方案，在当时东晋实际控制的几个州之中，除京师建康所在的扬州由司徒王谧兼领之外，其余各州将全部由此次起事的“京口集团”各骨干执掌。所以封官的诏令一发下来，刘毅、何无忌等人便高高兴兴接受，欢欢喜喜赴职，心安理得地享受起了造反成功的胜利果实。
作为胜利者，刘裕则封“侍中、车骑将军、使执节、都督中外诸军事”，此时刘裕名正言顺地成为东晋军界最高领袖，控制着除益州之外的东晋所有地盘。义熙元年（405年）二月，益州突变，益州平西参军谯纵起兵，攻破成都，杀毛璩，灭其家。自封益州刺史。随后，谯纵自称成都王，建立西蜀政权。
然而出人意料的是，刘裕却不接受对自己的封赏方案。朝中以武陵王司马遵和司徒王谧为首的诸大臣起初猜测，可能刘裕嫌官不够高，或没有辅政之权，于是又拟诏加封他为录尚书事。这个职位一人之下万人之上，你刘裕总不会再嫌弃了吧？他还是不接受，几次请求回到他的属地去。安帝命令文武百官一起敦促、规劝，安帝还亲自驾临到他的府邸，刘裕非常惶恐，再次前往宫门拜见，陈述理由，安帝终于准许他回到属地去了，很快下诏，同意他回京口，而且收回原来的任命，改授刘裕为都督十六州诸军事，加领兖州刺史。
刘裕其实还有更深的考虑。他不是嫌这官封得不够，而是恰恰相反，封得实在太高了！虽然刘裕击走桓玄，迎回安帝，有再造晋室天下的不世之功，接受以上的封赏任命名正言顺，而且朝政兵权尽在其控制之下，也不会有人表示异议，但他自然也知道物忌盛满的道理，担心站得太高，就会失去腾挪的余地。他刘裕虽然后来在战场上赢得了威望和名声，但以此资历和才望担任一人之下万人之上的宰辅之职，恐怕难以令人信服。
再说了，一旦接受任命入朝辅政，对地方军权的掌控必然会放松，而如今这批北府将士皆是响应义举新募而来，忠诚度如何尚难知晓，刘毅、何无忌等人看样子也很难和自己同心同德，万一自己入朝后逐渐被人架空，那可十分危险！此外，自己当初号召起兵讨伐桓玄是以天下大义为名，不以私利为计，现今刚获得胜利就官居宰辅，独揽大权，会让人以为我刘裕是个贪图权位的野心家，和司马元显、桓玄之流是一路货色，这怎么能成！
刘裕谦让在朝辅政的机会，反而归藩北府，狠抓军权，标志着他政治智慧的成熟。表面上刘裕离开了权力中心，但京口距建康甚近，他仍然能对朝局施加巨大的影响力。而这一步以退为进的妙棋，不但让刘裕获得了展转腾挪的充裕空间，也使得他的政敌丧失了攻击诋毁的口实。
一年后，朝廷论建义之功，除了加封刘裕、刘毅、何无忌三人开国郡公的爵位之外，还重申前议，要封刘裕为侍中、车骑将军、开府仪同三司。刘裕也重申前议，推辞谦让，说爵位可以要，但侍中等官职万万不敢当。这次为了表示自己态度坚定，刘裕甚至加演了一场“将诣廷尉”的戏，意思是赏过于功就是有罪，你们再逼我入职，我就到司法部门自首！
结果就是，朝廷再次收回成命，刘裕的官职仍然只是镇军将军、都督十六州诸军事、徐兖刺史。
义熙元年（405年）七月，刘裕遣使到后秦，请求后秦归还之前占领的南乡等诸郡，后秦皇帝姚兴或鉴于西面战事吃紧，不想再在东面与刘裕为敌，而群臣咸以为不可，兴曰：“天下之善一也。刘裕拔起细微，能讨诛桓玄，兴复晋室，内釐庶政，外修封疆，吾何惜数郡，不以成其美乎！”遂割南乡、顺阳、新野、舞阴等十二郡归于晋。刘裕因外交上的成功也为其增添了份量。
义熙三年（407年）十二月，王谧去世。
王谧曾经投靠桓玄，刘裕进入建康之时．因为小时候的恩怨，刘裕并没杀掉王谧，反而对他信任有加，因此王谧很感激刘裕，成了他的死党。安帝复辟后，经刘裕提议，王谧被任命为司徒、录尚书事、扬州刺史，负责辅佐晋安帝。
王谧去世后，朝堂的真空谁来填。为了这个问题，朝中分成了两派：刘毅等不欲刘裕入辅政，议以中领军谢混 (谢琰之子) 为扬州刺史；而另一部分人打算让刘裕在丹徒兼管扬州，而把朝中的政务交给孟昶管理。
朝廷特意派尚书右丞皮沈带着这两个方案，前去征求刘裕意见。
皮沈很聪明，为了顺利完成任务，他先去找了刘裕的军师刘穆之。把朝廷讨论的情形全部告诉了他“具道朝议”。但皮沈没想到的是，刘穆之根本就没听他的。在和皮沈谈话之际，刘穆之找了一个机会假装上厕所溜了出来。写了一个字条叫人送到刘裕手上。字条的内容让人匪夷所思，为这和刘裕的意愿恰恰相反。
“皮沈之言不可从。”
刘裕召见皮沈后，在支走皮沈后，刘裕悄悄召来了刘穆之。刘穆之说：“晋朝失政日久，天命已移。公兴复皇祚，勋高位重，今日形势，岂得居谦，遂为守籓之将耶！刘、孟诸公，与公俱起布衣，共立大义以取富贵，事有前后，故一时相推，非为委体心服，宿定臣主之分也。势均力敌，终相吞噬。扬州根本所系，不可假人。前者以授王谧，事出权道；今若复以佗授，便应受制于人。一失权柄，无由可得，将来之危，难可熟念。今朝议如此，宜相酬答，必云在我，措辞又难，唯应云：'神州治本，宰辅崇要，此事既大，非可悬论，便暂入朝，共尽同异。’公至京邑，彼必不敢越公更授馀人明矣。”
刘穆之实在是玩政治的高手，一眼看破了刘毅的野心，他拉拢谢家，无非是想在朝中确立自己的派系．以此来和刘裕抗衡。而这，当然是刘裕所不能允许的。
刘裕听从了他的话。朝廷于是征召刘裕任侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事等职。从而开始了他留京辅政之路。他就这样从幕后彻底走上了前台，牢牢地把控住了朝局。
他原来的徐、兖二州刺史的职务仍然兼任。刘裕上表请求解除自己兖州刺史的职务，任命诸葛长民为青州刺史，镇守丹徒，任命刘道怜为并州刺史，戍卫石头。
没有白忙活的刘裕终于入掌朝政大权。
不过，刘裕也清楚，自己入掌朝政，毕竟打破了东晋立国以来士族执掌朝政的惯例，朝中豪门大族及各势力肯定不会服气。要想彻底让这些人闭嘴，唯有进一步提高自己的威望！
具体该怎样做呢？那就是战场上见真招。环顾四野，将目标锁定在刚建立不久的谯蜀。一方面，由于蜀地距离遥远，另外，刘裕刚到建康，在中央的根基并不稳固，因而并没有亲自出马。
对于谯蜀，先要说说谯纵这个人。
东晋桓玄篡位不久失败，元兴三年（404年）五月，桓振攻取江陵，义熙元年（405年）二月，毛璩闻桓振陷江陵，帅众三万，顺江东下。毛璩将军队分为两部，一部以其弟西夷校尉毛瑾、蜀郡太守毛瑷领军，沿外水(岷江)进发。一部则以参军巴西谯纵、侯晖沿内水(涪江)进发。去江陵征讨桓玄的侄子桓振。
谯纵是巴西南充人、祖父谯献之。谯纵当时在军中担任参军，个性一向和蔼谨慎，深得人心。毛璩的算盘打得很精，只是他算漏了一着，“蜀人不乐远征”。
谯纵等人率部到达五城水口(今四川中江)之时，侯晖和巴西人阳昧谋乱。以武力逼谯纵反叛，推举他为首领。谯纵不从，索性跳入河中，兵士们哪里肯依．把他救起来，谯纵又趴在地上，叩头请辞。侯晖将谯纵捆缚起来，将谯纵推到车中坐下。
在侯晖的威逼利诱下，谯纵无奈，勉强应承了下来，从此走上叛晋自立的道路。率军依原路返回，袭杀毛瑾于涪城，众推谯纵纵为梁、秦二州刺史。
毛璩闻变，自略城奔还成都，令参军王琼带兵三千前去征讨，又令弟毛瑗带兵四千继后，谯纵遣弟谯明子及侯晖领兵对敌。两军在广汉相遇大战，侯晖兵败退守绵竹，谯纵命谯明子设伏二道以待王琼。王琼身陷重围，才发现中伏，至毛瑗兵到，才杀出重围。但部队死者什八九，只好退回成都。谯纵兵抵成都，益州营户李腾开门迎纳谯纵。谯纵杀毛璩、王琼、毛瑗等，自称成都王。以从弟谯洪为益州刺史；以亲弟谯明子为巴州刺史、镇东将军，率兵驻白帝城，防晋军东来。
于是蜀大乱，汉中空虚，后仇池第二位国君杨盛派遣哥哥的儿子平南将军抚据之。杨抚进攻汉中，后杨盛任命杨抚为梁州刺史，镇守汉中。
四川脱离东晋独立，这关系着南朝的安危，东晋主政者绝不允许这个现实存在。同时，四川难以单独抗击东晋的讨伐，要保持政权则必须靠近北朝，北朝如能不战而控制四川，这当然是求之不得的事，但控制四川的目的是为了顺流而下进攻南朝，这是两晋南北朝的历史证明了的。这就是后蜀九年兵连战接的原因。
义熙二年（406年）八月，得知谯纵据蜀自立的刘裕，由于自己在京城无暇分身，派龙骧将军毛修之与司马荣期、文处茂、时延祖等人，共同出兵讨伐。毛修之抵达宕渠，部下司马荣期被参军杨承祖诛杀。杨承祖自称巴州刺史．毛修之不能再进．退回白帝城。
第一次伐蜀．以失败告终。
刘裕这一次请出了从南燕回归的老友刘敬宣
义熙四年（408年）八月，刘敬宣进入三峡后，派遣巴东太守温祚率领二千人出外水(岷江)，自帅益州刺史鲍陋、辅国将军文处茂、龙骧将军时延祖由垫江转战而前。谯纵求救于秦，秦王姚兴遣平西将军姚赏、南梁州刺史王敏领兵二万前去解救。刘敬宣军至黄虎，相距成都约五百里。谯纵的辅国将军谯道福率众拒崄而守，坚守六十馀日，刘敬宣不得前进；粮食也将用尽，军中疾疫流行，死者过半，刘敬宣只好率军返还。
第二次伐蜀，再次以失败告终。
两次失利，让刘裕知道，征伐谯纵是有难度的。因西蜀太远，自己无法抽身指挥，加上兵力有限，于是只好将伐蜀之议暂时搁置了下来。
义熙八年（412年）十二月，刘裕再谋伐蜀，以西阳太守硃龄石为益州刺史，帅宁朔将军臧熹、河间太守蒯恩、下邳太守刘钟等伐蜀，率以二万之众，发自江陵。
刘裕与硃龄石共谋进取谯蜀，根据前次刘敬宣走内水(涪江)出黄虎，无功而退。总结失败的教训说：“刘敬宣往年出黄虎，无功而退。贼谓我今应从外水(岷江)往，而料我当出其不意犹从内水(涪江)来也。如此，必以重兵守涪城以备内道。若向黄虎，正堕其计。今以大众自外水(岷江)取成都，疑兵出内水(涪江)，此制敌之奇也。”为了防止风声早播、蜀人审得虚实，刘裕具一锦函，旁书“至白帝乃开”。诸军虽进，未知处分所由。
义熙九年（413年）五月，东晋朱龄石等人带兵抵达白帝，打开盒中刘裕写的书信，上面说：“众军悉从外水(岷江)进攻成都，臧熹（刘裕发妻武敬皇后臧爱亲之弟）、硃林从中水(沱江)进攻广汉，老弱残兵乘坐高大的战舰十几艏，从内水(涪江)向黄虎进发。”其实，刘裕用的是明修黄虎之栈道，暗度外水(岷江)之陈仓之计。于是，三路大军倍道兼行。谯纵果然命令谯道福带领主力部队镇守涪城，用来防备从内水(涪江)进攻的敌人。
朱龄石率大军抵达了平模，距离成都还有二百里。成都王谯纵派遣秦州刺史侯晖、尚书仆射谯诜率领一万多人屯驻在平模，在江水两岸筑起城墙，抗拒敌兵。《宋书·卷四十八·列传第八》所记之时间为义熙十年（414年）六月，与《通鉴》所记时间有误。
朱龄石对刘钟说：“今天时盛热，而贼严兵固险，攻之未必可拔，只增疲困；且欲养锐息兵以伺其隙，何如？”刘钟断然否定，说：“不然。前扬声言大众向内水(涪江)，谯道福不敢舍涪城。今重军猝至，出其不意，侯晖之徒已破胆矣。贼阻兵守险者，是其惧不敢战也。因其凶惧，尽锐攻之，其势必克。克平模之后，自可鼓行而进，成都必不能守矣。若缓兵相守，彼将知人虚实。涪军忽来，并力拒我，人情既安，良将又集，此求战不获，军食无资，二万馀人悉蜀子虏矣。”朱龄石听从了他的劝告，决定进攻。
诸将认为江北的城垣地势险要，守兵众多，所以打算先进攻江南的城池。朱龄石说：“今屠南城，不足以破北，若尽锐以拔北城，则南城不麾自散矣。”
义熙九年（413年）七月，朱龄石率领刘钟、蒯恩等几支部队向北城发动了猛攻，从清晨开始作战，一直战至中午，烧掉了敌人的瞭望台，北城终于被攻克（诘朝战，至日昃，焚其楼橹，四面并登。），斩杀了侯晖、谯诜，又带兵回师进攻南城，南城守军即刻溃散。凡斩大将十五级，诸营守以次土崩，上岸步行向成都进发。
硃林至广汉，复破谯道福，乘船攻陷牛脾城， 斩其大将谯抚。谯小苟听说这个消息，也全军崩溃。于是谯纵手下的那些军营卫所，一听见东晋部队到来的消息，便都一个接一个地崩溃瓦解。
谯纵放弃成都出逃，尚书令马耽把府库封存起来，等待东晋军队。初九，朱龄石的军队进入成都，诛杀了谯纵同祖父的亲属，其余的人都安居如常，让他们恢复正常的生产经营。
谯纵逃出成都后，先去辞别祖先的陵墓，他的女儿说：“走必不免，只取辱焉，等死，死于先人之墓可也。”谯纵不听。谯道福听说平模失守，从涪城率领精锐部队五千人日夜兼程赶来救援，谯纵前去投奔他。谯道福看见谯纵，怒不可遏地说：“大丈夫有如此功业而弃之，将安归乎！人谁不死，何怯之甚也！”又把佩剑狠狠地向谯纵掷去，砍中了他的马鞍。谯纵只好离去，走投无路之下自己上吊而死。巴西人王志把他的脑袋斩下来，送给了朱龄石。
谯道福又对部众们说：“蜀之存亡，实系于我，不在谯王，今我在，犹足一战。”部下都表示同意，谯道福把全部的金银财宝分发给手下的人，众人接过东西后，却全都逃走了。谯道福无奈，道福逃于獠中，巴民杜瑾执送之，斩于军门。
朱龄石把马耽放逐到越嶲(xi)，马耽对部下说：“朱侯不送我京师，欲灭口也，吾必不免。”于是，沐浴之后，躺在床上，自缢而死。没多久，朱龄石的使者果然到了，砍下了他尸体上的人头。
朱龄石派司马沈叔戍守涪城，蜀人侯产德叛乱，攻涪城，沈叔击溃了叛军，将侯产德斩首。本来，朱龄石平定蜀地之时，所诛杀的人只限于谯纵一族的后裔，侯产德事件发生后，许多人被牵连进去，朱龄石下令彻底追究，于是被杀死的人很多。
东晋朝廷因朱龄石平蜀有功,下诏朱龄石进号辅国将军,监梁、秦州六郡诸军事，赐爵位为丰城县侯。食邑千户。
汉人谯纵建立的政权，后蜀、西蜀。史称谯蜀，历时九年而亡。
五、攻灭南燕
东晋自偏安以来，时时面临着北方的威胁。祖逖、庾亮、褚裒、殷浩、桓温都曾先后北伐，但无一成功。
刘裕所面对的桓玄虽于元兴三年（404年）五月为毛璩诸党所杀，其同党桓谦和桓振继起，直到义熙六年（410年）八月，“（桓）谦单舸奔苟林，（刘）道规追斩之”，才彻底结束桓氏之乱。此间，还有谯纵乱于蜀地，于义熙元年（405年）自称成都王，建西蜀政权。历时九年，于义熙九年（413年）才在刘裕讨伐下，谯纵兵败自杀，西蜀政权灭亡。刘裕北上伐燕之时，卢循并无反意。“徐道覆闻刘裕北伐，劝卢循乘虚袭建康，循不从。”故此时影响刘裕北伐主要是桓谦和谯纵两股主要力量。但盘据在岭南的卢循、徐道覆趁刘裕领兵伐燕之机，于义熙六年（410年）起兵，添乱东晋。
刘裕正为国内政局焦头烂额之际，北方的南燕也不安分，他在刘裕头上浇了一把油，但他没想到的是，这次火上浇油的举动到最后演变成了引火烧身的结局。因为刘裕把他作为了主要清理的对象。
义熙元年（405年）八月，也就是谯纵于二月自立成都王后的这一年，慕容德去世，南燕皇帝慕容超袭位。
但慕容超登基后却忘了自己作为君主的职责，迷于游猎作乐，猜忌暴虐，贪图享乐，宠幸使臣。史载其“不恤政事，畋游是好”(《晋书·慕容超传》)，“猜虐日甚，政出权幸”(《晋纪》)，在经济上不仅“不养士息民”(《晋纪》)，反而疯狂加重剥削，滥用民力，“赋敛繁多，事役殷苦”(《晋书·慕容超传》)。大臣封孚、韩悼屡屡劝谏，均不听。一天，慕容超问封孚说“朕可以与前代哪个皇帝相比？”封孚回答说：“桀纣之主。”南燕以这样的君主当政，自然预示着其末落时期的到来。
义熙五年(409年)正月，为了换回扣押在后秦国的母亲和妻子，慕容超不惜向后秦称臣，并把本国的伎乐献给姚兴，但是可惜的是南燕国内实在找不出多高明的乐师，于是他打起了东晋的主意。二月，遣将领慕容兴宗、斛谷提、公孙归等帅骑率领骑兵进犯并攻克东晋的宿豫(今江苏宿迁)，俘阳平太守刘千载、济阴太守除阮，简男女二千五百付太乐教之。同月，公孙归再攻占济南(今山东济南)，俘太守赵元掠走千余人。
这一下，慕容超的玩笑开大了。
东晋刘裕鉴于南燕于二月两次入袭东晋北部边境，为进一步提高自己的权威，便于义熙五年(409年)三月，上表晋安帝请求兴师击灭南燕。朝议皆以为不可，唯有左仆射孟咏、车骑司马谢裕（谢安兄之孙）、参军臧熹极力赞成北伐。以丹阳尹孟昶监中军留府事。四月，刘裕自建康（今南京）率舟师下长江东进，至京口北上进入中渎水(京杭运河苏中段)，至山阳(今江苏淮安)转入准河，向西行数十里，在角口附近进入泗水，逆水西北方向直上，然后于五月进抵下邳（今江苏睢宁西北）。抵下邳后，刘裕命留下船舰辎重，改由陆路进至琅邪（今山东临沂北）。为防南燕以奇兵断其后，所过皆筑城垒，留兵防守。
有人觉得这样过于冒险，劝刘裕谨慎为上：谓裕曰：“燕人若塞大岘之险，或坚壁清野，大军深入，不唯无功，将不能自归，奈何？”刘裕笑而答曰：“吾虑之熟矣。鲜卑贪婪，不知远计，进利虏获，退惜禾苗，谓我孤军远入，不能持久，不过进据临朐，退守广固，必不能守险清野，敢为诸君保之。”
当慕容超闻有晋师的消息后，召集群臣商讨对策，公孙五楼向慕容超提出了上、中、下三策。
上策：“吴兵轻果，利在速战，不可争锋。宜据大岘，使不得入，旷日延时，沮其锐气，然后徐简精骑二千，循海而南，绝其粮道，别敕段晖帅兗州之众，缘山东下，腹背击之，此上策也。”
中策：各命守宰依险自固，校其资储之外，馀悉焚荡，芟除禾苗，使敌无所资，彼侨军无食，求战不得，旬月之间，可以坐制，此中策也。
下策：纵贼入岘，出城逆战，此下策也。”
大岘是南燕国的南大门，地势险要，易守难玫，这是晋师北伐首当其冲的战略要地，对南燕来说，牵一发而动全身，它的坚守与否，直接关系到社稷的生死存亡。但是，尽管公孙五楼等费尽口舌，慕容超却拒不接受上、中两策，反而夜郎自大地说：“今岁星居齐，以天道推之，不战自克。客主势殊，以人事言之，彼远来疲弊，势不能久。吾据五州之地，拥富庶之民，铁骑万群，麦禾布野，奈何芟苗徙民，鲜自蹙弱乎！不如纵使入岘，以精骑蹂之，何忧不克！”辅国将军广宁王贺赖卢苦谏不从，退谓五楼曰：“必若此，亡无日矣！”太尉桂林王慕容镇曰：“陛下必以骑兵利平地者，宜出岘逆战，战而不胜，犹可退守，不宜纵敌为岘，自弃险固也。” 慕容超不从。慕容镇出来后，谓韩淖曰：“主上既不能逆战却敌，又不肯徙民清野，延敌入腹，坐待攻围，酷似刘璋矣。今年国灭，吾必死之。卿中华之士，复为文身矣。” 慕容超听到后，大怒，收慕容镇下狱。
慕容超要真是听了公孙五楼的，刘裕还真麻烦了。可惜慕容超却以为自已是孙武再生，没瞧得起刘裕，不同意公孙五楼的妙计。其他南燕重臣也都劝慕容超听从公孙五楼的奇计，千万不要放刘裕进来，自成大祸。奇怪的是，慕容超向来对公孙五楼信用有加，唯独这次死活都不听他的。我们当然不能用什么“南燕气数已尽”来解释，主要原因还在于慕容超对战略判断的失误，以及对南燕军事实力的过于自信。慕容超决心采取收莒城、梁父之军，固夺京都广固(今山东淄博东)、纵敌入岘来攻的战略。
琅邪(今山东临沂北)已为燕境，在晋军到达之前，南燕主已将莒城和梁父的守军调走。由琅邪至燕都广固有三条通道：一是沿沂水北上，经东莞(今山东沂水)，越过大岘山(今山东沂水北)，直捣临朐(今山东临朐)、广固，此为捷径。但大视山险峻，山高七十余丈，周围二十多里，山上有穆陵关，通道仅能容纳一轨(一辆车的宽度)，称“齐南天险”。二是由东北经过莒城、东武(今山东诸城)入滩水北进，再折向西走，进击广固，此路迂远，耗费时日。三是由西北越泗水经梁父，转向东北逼近广固，此路山路太长，行军运输均很困难。但刘裕却欲从此路进军。
刘裕率军经过大岘，不见燕军出战，异常高兴。部将询问原因，刘欲说：“兵已过险，士有必死之志；馀粮栖亩，人无匮乏之忧。虏已入吾掌中矣。”
六月，刘裕未遇抵抗，军至东莞。慕容超此前遣公孙五楼、辅国将军贺赖卢及左将军段晖等，率步骑兵五万，进据临朐（今属山东潍坊）。慕容超得知晋兵已过大岘山，自率步骑四万继后。临朐在大岘山的西北，为广固南面的屏障，距城西四十里有巨蔑水。慕容超遂使公孙五楼进据巨蔑水，但晋军前锋龙骧将军孟龙符也已到达巨蔑水边。于是双方展开了激烈的争夺战，南燕军被晋军击败退走。龙符乘胜奔逐，后骑不及，贼数千骑围绕攻之。龙符奋槊接战，每一合辄杀数人，众寡不敌，遂见害。
晋军占据了巨蔑水后，为了对付南燕的骑兵，刘裕早就下足了工夫。他用四千辆战车从左右两例排成队列，车子上都挂上蝇子，驾车的人手拿长矛（车悉张幔，御者执稍），又派轻骑兵作为机动部队在两翼活动。另以步兵紧随其后，步步为营，稳步推进。军阵十分严整。当晋军进至临朐城南，距城只剩数里。慕容超以万余铁骑前后夹击，刘裕急令兖州刺史刘藩、并州刺史刘道憐、咨议参军刘敬宣、陶延寿，参军刘怀玉、慎仲道、索邈等部，奋力迎击，双方战至半日，仍未分胜负。日向昃，胜负犹未决。
此时，刘浴参军胡藩向刘欲建议说：“燕悉兵出战，临朐城中留守必寡，愿以奇兵从间道取其城，此韩信所以破赵也。”刘裕欣然应允立即派胡藩、咨议参军檀韶、建威将军向弥率部暗中出燕军之后，直攻临朐，同时扬言晋后续大军已由海上而来。向弥擐甲先登，攻克临朐。慕容超大惊，自城中单骑逃出，奔于城南段晖军。刘裕乘胜猛击燕军，燕军大败，斩段晖等大将十余人。
慕容超遁还广固，晋军奋力北追，进抵广固城下。继后，晋军攻占了广固外城。慕容超收集部众退保内城。刘裕军修筑长围守之，围高三丈，并挖堑三重，以做久困之计。同时，广泛招抚投降的燕军士吏，选贤任能，华、夷均甚喜悦，并利用齐地的粮食补给军队，停止了从南方的运送，使晋军更加主动。
慕容超被困，形势危急，于是赦免了桂林王慕容镇，同时，又派遣尚书郎张纲向后秦求救。而此时，慕容镇向慕容超建议说：“百姓之心，系于一人。今陛下亲董六师，奔败而还。群臣离心，士民丧气。闻秦人自有内患，恐不暇分兵救人。散卒还者尚有数万，宜悉出金帛以饵之，更决一战。若天命助我，必能破敌；如其不然，死亦为美，比干闭门待尽，不犹愈乎！”司徒乐浪王慕容惠曰：“不然。晋兵乘胜，气势百倍，我以败军之卒当之，不亦难乎！秦虽与勃勃相持，不足为患；且与我分据中原，势如脣齿，安得不来相救！但不遣大臣则不能得重兵，尚书令韩范为燕、秦所重，宜遣乞师。”慕容超派遣韩范前往后秦求之。
七月，南燕尚书垣尊、京兆太守垣苗越城而出，投降于晋军，随即向刘裕建议说，张纲善制攻城器械，如若擒获张纲，广固必能攻拔。不久，张纲被晋太山太守申宣俘获，送至刘裕军营。刘裕让张纲登上楼车，命张纲向城中喊话，声言“后秦军队已被夏军击败，没有援军就来”。广固城内军民得此消息，深为惊恐，加之，每当江南所派使者和援军的到达，刘裕便于夜间秘密派兵迎接，第二天，则大张旗鼓而进，以虚张声势，恫吓燕军，对南燕军起了不小的威摄作用。北方地区的民众每天背负粮食前来归附刘裕军的不下一千多人，燕右仆射张华、中丞封恺均为刘裕所俘。慕容超见大势危急，便向晋请求以割让大岘以南为条体，称臣于晋，遭道刘裕拒绝。
后秦主姚兴派卫将军姚强率步、骑兵一万，与洛阳守将姚绍汇合，统兵共救南燕。并遣使向刘裕宣称：“慕容氏相与邻好，今晋攻之急，秦已遣铁骑十万屯洛阳；晋军不还当长驱而进。”刘裕听后，立即正告后秦使者说：“语汝姚兴：我克燕之后，息兵三年，当取关、洛。今能自送，便可速来！”刘裕参军刘穆之听到刘裕如此答复后秦使者，深为不解。说：“常日事无大小，必赐预谋，此宜善详，去何遽尔答之！此语不足以威敌，适足以怒之。若广固未下，羌寇奄至，不审何以待之？”，刘裕对刘穆之解释道：“此是兵机，非卿所解，故不相语耳。夫兵贵神速，彼若审能赴救，必畏我知，宁容先遣信命，逆设此言！是自张大之辞也。晋师不出，为日久矣。羌见伐齐，始将内惧。自保不暇，何能救人邪！”。
情况正如刘裕的判断，正是后秦主姚兴与夏主赫连勃勃大战于贰城之时，无力出大军援救南燕。不久，姚兴被胡夏军击败，遂令姚强撤回
九月，南燕尚书张俊、韩范不但未从后秦搬来救兵，反而先后降于刘裕军。南燕人素来敬重韩范，刘裕便让他绕城宜示燕人，他已降晋，燕军民更加沮丧。
十月，晋军在前燕降将张纲的帮助下，制成了飞楼、冲车等攻城器具，“设诸奇巧，飞楼木幔之属，莫不毕备。城上火石弓矢，无所用之”。晋军用于攻城，加强了攻防能力。慕容超大怒，将张纲之母肢解于城上。
晋军由于拥有了良好的攻城器械，杀伤燕军日众，加之燕军被因已久城中粮食将尽，燕军吏纷纷越城降晋。尚书悦寿认为燕“独守穷城，绝望外援。”虽然将军公孙五楼、贺赖卢曾挖掘地道，率众出城袭击晋兵，但无法破敌，故劝告慕容超降服。但慕容超说“吾宁奋剑而死，不能衔璧而生！”
义熙六年(公元410年)二月，刘裕率军攻城，悦寿开启城门放入晋军，慕容超率数十骑突围而逃，被晋军征虏贼曹乔胥生俘，送至建康斩首时年，二十六岁。至此，刘裕围攻广固八个月之久，才将南燕灭亡。
刘裕进入广固城中，欲将城中的男子全部坑杀，将他们的妻女赏给将士，后经韩范劝止，只将燕王公以下三千人处死。
刘裕杀俘虏的举动．为司马光所批判，认为“晋自济江以来，威灵不竞，戎狄横骛，虎噬中原。刘裕始劝王师翦平东夏，不于此际旌礼贤俊，慰抚疲民，宣恺悌之风，涤残秽之政，使群士向风，遗黎企踵，而更恣行屠戮以快忿心。迹其施设，曾符、姚之不如，宜其不能荡壹四海，成美大之业，岂非虽有智勇而无仁义使之然哉！”也许，司马光也有他的道理，刘裕不愧为一个天生的军事家．但他并不能正确地对待人民大众，这也是他最终不能让刘宋长治久安的原因之一吧！
其实，刘裕之所以没有统一天下，并不是屠燕的恶报，而是头号心腹刘穆之早亡，迫使刘裕在已经灭秦的情况下，匆匆还京以稳定局势。
要说刘裕的战略失误，也是刘裕回师建康时，留下十二岁的长子刘义真守长安，最终酿成大乱，失去关中，统一大业，就此成泡影，和滥杀并没有什么关系。而欧阳修倒是看得比司马光透彻，欧阳修说道：“自古夷狄之与中华，有德未必服，无德未必不服，盖势强弱而己。”
由此，南燕灭亡。南燕建于398年，亡于410年，首尾不过十二年。
其实，如果慕容超能够多坚持一个月，或许结局就会完全不一样，南燕也不会亡得这么快。
要说刘裕一生最伟大的功业，便是北伐关中，差点统一了中国。北伐那年是公元417年，其实早在七年前，也就是刘裕刚刚灭掉南燕的时候，刘裕就打算乘余贾之勇，一鼓作气西进关中，亲缚姚兴于马前。《宋书·武帝纪上》记载：“公(刘裕)之初克齐(南燕)也，欲停镇下邳，清荡河、洛，既而被征使至，即日班师。”而促使刘裕放弃西讨姚秦，被迫旋师的这个人，就是卢循。这是第二次卢循、徐道覆起事，从而打乱了刘裕节奏，成为刘裕未能一统江山的憾事。
六、二刘之争
刘裕与刘毅均为东晋后期的两大方镇势力，当初在桓玄叛晋时，刘裕与刘毅同时起兵，刘毅等共推刘裕为盟主。其后两人的势力逐渐发展，不断展开暗中的争权斗争。
义熙六年（410年）四月，在镇压卢循军时，刘毅欲单独率军迎击，企图阻止义军的东进建康。当时刘裕刚至建康，便致书刘毅，让刘毅推迟出兵，“贼新获奸利，其锋不可轻。今修船垂毕，当与弟同举”。刘毅大怒，投书于地不理刘裕的劝阻，率军出战。五月，刘毅与卢循战于桑落洲，刘毅兵大败，弃船，以数百人步走，馀众皆为循所虏，所弃辎重山积。
刘裕的亲信谋土刘穆之，才华过人，治理政务，井然有序，是刘裕最得力的人物，刘毅由于惧怕刘裕独掌朝中大权，遂对刘穆之也深为忌恨，故刘毅常常在刘毅面前述说刘穆之权势太重，意在削弱刘裕党羽的权力。刘裕由此对刘穆之更加重用。
刘裕于义熙七年（411年）正月，班师回到建康。三月，受太尉、中书监。
次年（412年）四月，朝廷以刘毅为卫将军、都督荆、宁、秦、雍四州诸军事、荆州刺史。刘毅对左卫将军刘敬宣说：“吾忝西任，欲屈卿为长史南蛮，岂有见辅意乎？”刘敬宣很害怕，把这件事告诉了太尉刘裕，刘裕笑着说：“但令老兄平安，必无过虑。”
此时，刘毅还割据着豫州、江州，其弟刘藩占据兖州，势力范围包括长江中上游的大部分地区。而刘毅不服刘裕，表面拥戴，内心却极度妒恨，刘裕虽每每“柔而顺之”，但刘毅越加“骄纵滋甚”，刘毅“阴有图裕之志”，上表请求再任命他兼都督交、广两州，刘裕应允。刘裕部将胡藩向刘裕建议说：“公谓刘卫军终能为公下乎？“裕默然一会，说：“卿谓何如？” 胡藩说：“恐终不为公下，不如因会取之。”裕曰“吾与毅俱有克复之功，其过未彰，不可自相图也。”
至此，二刘相争已是箭在弦上之势。
刘毅抵达江陵，对下属的守宰等地方官进行很大的变动、撤换，他擅自抽调豫州原来的老文武僚属、江州的原部众一万多人跟随自己到荆州。
义熙八年（412年）九月，正好赶上刘毅病重，郗僧施等惧怕因刘毅死而使其党处境危险，于是劝说刘毅请求朝廷派自己的堂弟兖州刺史刘藩做自己的副手。刘裕知其有异心，于是假装应允其请求。但就乘刘藩从广陵前往建康来朝见皇帝。刘裕用皇帝的名义下诏书，公布刘毅的罪状，指出他与刘藩以及谢混等人一起阴谋不轨，抓住了刘藩和谢混，赐他们自杀。
随后，刘裕亲率四万大军自建康出发西上，参军王镇恶请给百舸为前驱，进抵姑孰(今安徽当涂)，以王镇恶为振威将军，与龙骧将军蒯恩等率百艘战船为前锋。并命令他们说：“若贼可击，击之；不可者，烧其船舰，留屯水际以待我。” 于是，王镇恶昼夜兼行，为隐蔽企图，对外伪称系刘藩率部赴兗州上任。
义熙八年（412年）十月，王镇恶兵进至豫章口，距离江陵只剩二十里，于是决定弃船登岸，偷袭江陵城。蒯恩率军在前，紧跟其后。王镇恶在每只船上只留下一二个人，另留一些人于岸边多设旗鼓．并命留下的人计算他快至江陵城下时，即猛击战鼓，以示后面有大军相继而来。又分遣人烧江津船舰。
王镇恶径前袭城，语前军士：“有问者，但云刘兗州至。”津戍及民间皆晏然不疑。
当王镇恶军进至离江陵五六里时，遇到刘毅的主将朱显之正率人由江津外出，便问“刘兖州何在?”王镇恶军答复说“在后面”。朱显之赶至后面不见刘藩，却见江津的船舰已被烧毁，且鼓声大作，知情况有诈，便驰回向刘毅报告，传令关闭城门。王镇恶也率军急驰跟进入城，双方展开交战。从早晨战至午后，刘毅军败逃，刘毅固守内城。王镇恶军挖穿内城，率军攻入，立即命人将赦免刘毅的诏书和刘裕的手书给刘毅看，劝其放下武器。刘毅全都烧毁不看，与司马修之指挥部众奋力作战。刘毅部众知道刘裕亲自率军前来，皆大惊失色纷纷逃散。刘毅的勇将赵蔡被杀，刘毅带领左右的亲兵继续顽抗。入夜，王镇恶怕部队在黑暗中造成自相攻杀，便率军撒出内城．将内城北、东、西三面包围，而空出南面。刘毅却担心南面有伏兵，于半夜率三百多人从北面突围而走，至城北牛牧佛寺，寺僧拒绝刘毅人内，刘毅走投无路，遂自缢身亡。刘毅的子女、侄子等人均被斩杀。
十一月，刘裕进至江陵，杀刘毅党羽郗僧施，赐爵王镇恶为汉寿子。初，毛修之虽为刘毅僚佐。素自结于裕，故裕特宥之。
刘裕随后率军攻克江陵，逐步消灭了刘毅的残余势力，吞并豫、江二州。刘裕到江陵后，鉴于江州、荆州凋敝残破，法令残缺不全，百姓疲惫匮乏，为赋税劳役所困，难以为生。下令减免税役，并推广到全国，同时对未作军用的州郡县的屯田、池塘、边塞之税，一律免除。对于那些原来因战争需要被征发的奴隶也一律放还。
刘毅之所以敢和刘裕翻脸，一个重要的原因就是他控制着长江上流第一大镇荆州，有足够的本钱和刘裕玩命。东晋时的荆州辖境大致是今湖北武汉以西全境、长江支流乌江以东、珠江以北、今湘赣省界以西，襟带三江，横雄岭南，战略地位极为重要，这也是历代荆州军阀敢和朝廷作对的本钱，比如王敦、桓玄等人。
刘裕击灭刘毅后，一方面继续剪灭与自己同时起兵的重要战将诸葛长民，进一步清除异己；另一方面则调兵遣将向蜀地进攻蜀王谯纵。
义熙八年(公元412年)十一月，刘裕为除掉诸葛长民，先派辅国将军王诞急返建康，稳住诸葛长民，待部署完进军蜀地的作战任务后，立即返京，以找堵葛长民闲谈家常为由，暗杀了他。随即又将他的各个兄弟、勇将诸葛黎民、大司马参军诸葛幼民、宁朔将军诸葛秀之等一一捕杀。诸葛氏一党，自此全部消灭，成了刘裕政治斗争的牺牲品。
整个东晋朝廷，由此竟然完全成了刘裕的人。刘裕离那个一手遮天的权力之巅，也仅剩下一步之遥。
王镇恶是南朝名将，可王镇恶的祖父更加有名，便是辅佐一代君王苻坚统一北方的千古名相王猛。时有谚云：“关中良相唯王猛，天下苍生赖谢安。”不过就内政来说，王猛应在谢安之上，即使是已经成为智慧化身的诸葛亮，在能力和胆略上也应逊王猛三分。
七、击仇池
杨定（？~394年），清水氐族人，仇池国宗室杨佛奴之子，后仇池开国国君。前秦名将杨安族侄，前秦宣昭帝苻坚之婿，前秦名将、驸马爷，官拜左丞相、上大将军、都督中外诸军事。曾以两千五百人大败西燕军，俘斩万余人而还，又在灞水与浐水之间大破西燕右仆射慕容宪，故而慕容冲十分忌惮杨定。公元385年，到达陇右建立国家，成为后仇池国的第一任君主。清水氐族为白马氐族人杨茂搜的直系族人，因曾经迁徙于清水建国而得名。
公元394年，杨定虽已建立后仇池，但对前秦苻氏仍心怀感激，帮助前秦王苻崇攻打西秦，开始时连战告捷，杨定首战便击败西秦宗室大将乞伏益州，逼迫西秦将军乞伏轲弹等人退走，但后来战局逆转，苻崇、杨定最终兵败身死。
杨定死后，堂弟杨盛继位，隆安三年（399年），受东晋册封为仇池公。辖区只有武都、阴平两处城池，为稳定局势，杨盛先后向后秦、东晋以及刘宋称藩。杨盛时期，后仇池国发展艰难，不过在其后期，由于国内较为安定，后仇池国呈现出繁荣景象。
义熙元年（405年）二月，谯纵叛晋自立，于是蜀中大乱，汉中空虚，杨盛派遣哥哥的儿子平南将军杨抚进攻汉中，后杨盛任命杨抚为梁州刺史，镇守汉中。六月，后秦国主姚兴派遣姚硕德、姚敛成、姚寿都等率军三万，讨伐仇池的杨盛。姚寿都等入从宕昌（甘肃陇南宕昌县）而下攻击仇池，姚敛成向下辩（今甘肃陇南成县西北）方向进攻。杨盛派遣其弟弟杨寿迎击姚敛成，堂侄杨斌迎击姚寿都。姚成都顺势反击杨斌，生擒杨斌，把杨斌所部全部俘虏，杨寿等人害怕而率众投降，姚硕德才退军回师。没过多久，后秦国主姚兴又派姚硕德及冠军将军徐洛生等人讨伐仇池，另派遣建武将军赵琨自宕昌（甘肃陇南宕昌县）方向攻击仇池，姚硕德所部多次击败杨盛军。姚兴又派遣其部将敛俱进攻汉中，后敛俱攻下汉中郡成固（汉中市城固县，位于汉中东部），迁徙汉中的流民三千多户百姓到关中。七月，杨盛多次被后秦姚硕德击败，因此惧怕而向后秦请降，并派遣儿子杨难当及重要部属子弟几十人作为人质，姚硕德等人才撤军，后秦任命杨盛为使持节、散骑常侍、都督宁益二州诸军事、征南大将军、开府、益州牧、武都侯。义熙三年（407年）四月，仇池趁后秦西面战事受挫，便又统兵占据了汉中。
义熙九年（413年），刘裕攻灭谯蜀，十一月，东晋刘裕任命敦煌人索邈为梁州刺史，杨盛任命的梁州刺史苻宣返还仇池。汉中再归东晋。
八、义熙改革
以下参见：庄华峰《刘裕与东晋末年改革》
（一）、历史背景
《南史.卷一 ·宋本纪上第一》：“晋自中兴以来，治纲大弛，权门并兼，强弱相凌，百姓流离，不得保其产业。”东晋政治，是西晋政治的继续。
1、士族地主的残酷剥削。
和西晋完全相同，大族人可以做大官，做大官可以横行不法，人民的痛苦，从这两句话里也就可见一般了。东晋走的是一条宽纵豪强的统治政策。
东晋的士族，是地主阶级的最上层，这些士族在政治上把持军、政大权。在经济上，疯狂地强占土地，残酷地剥削和奴役百姓。《宋书·谢弘微传》曰： “谢混仍世宰辅，一门两封，田业十余处，僮仆千人。”《晋书·刁逵传》载：“逵为广州刺史…称是。”当…畅为始兴相，弘为冀州刺史。兄弟子侄并不拘名行，以货殖为务。有田万顷，奴婢千人，余资称是”，当时山湖川泽，皆为豪强所专，小民薪采渔钓，皆责税直，至是禁断之。“而百姓投一纶、下一筌者，皆夺其渔器，不输十疋（有三个读音：shū，yǎ，pǐ。当它读pǐ的时候，就是一匹布的意思），皆不得放。”官僚地主的田庄别墅，布满于建康附近和东南诸郡。由于士族地主对土地和人口的占夺，使自耕农的负担不断加重。
成帝咸和五年(330)以后，政府的赋税开始增多，“成帝始度百姓田，取十分之一，率亩税米三升”。从这一年起，租税除每人应交折五斗之外，又加上税米三升。
到孝武帝太元二年（377年），则改为王公以下口税三斛，在役之人可免。太元八年（383年），又增收税米，每人五石。即增至口税米五斛，即600斤（唐朝之前,斛为民间对石的俗称,1斛=1石,1石=10斗=120斤），这比之西晋时大大增加。
户调也同样比以前增加。徭役更为繁重，庾和为丹阳尹，—次就诸求废杂役六十余事。时人范宁上琉说：“古者使人，岁不过三日，今之劳扰，殆无三日休停。至有残形翦发，要求复除。生儿不复举养，鳏寡不敢妻娶。岂不怨结人鬼，感伤和气！”不堪赋役压榨的农民，有些成批地向广州以及南方腹地逃亡，有些聚避在山湖深处。统治者对待逃亡农民极端凶残，史载海陵县界地名青蒲，四面湖泽，皆是菰葑，逃亡所聚，威令不能及。璩建议率千讨 人。时大旱，璩因放火，菰葑尽然，亡户窘迫，悉出诣璩自首，近有万户，皆以补 兵，朝廷嘉之。农民已被迫得走投无路。
2、政治腐败
士族出身的官僚精神空虚，多安于逸乐，祟尚“活谈”，自鸣清高，甚至把“居官无官官之事，处事无事事之心”作为最高道德规范。简文帝末当皇帝前以谈“玄”著称，但连稻子也不识，间“是何草”。王羲之的儿子王微之为官， “蓬首散带，不综府事”。同时，官僚的生活也十分荒淫，孝武帝晚年，“溺于酒色，始为长夜之饮”，排斥谢安，用同母弟会稽王司马道子辅政。而司马道子“蓬首昏目，政事多阙”，弄得当时“用度奢侈，下不堪命”。孝武帝死后，继位的安帝是个白痴，不会说话，不辩寒暑，—举一功，听任司马道子、司马元显父子摆布。腐朽的统治，造成达官豪强贪污成风。甚至连国家貯备的军粮也大量偷盗，东晋朝廷却不敢追究。如荆州刺史庾翼曰。“往年偷石米—百万斛，皆是豪强辈，而直打杀督监以塞责。”郗愔以“深抱冲退”著名，但是敛财都多达几千万，茹千秋因亲近司马道子，卖官鬻爵，其财产以亿计，至于司马道子和他儿子元显的财产，甚至超过了帝室。地方官吏贪污比京官还厉害,京官不能满足贪欲时常常求为县令。在这样的统治之下,人民受害之深可以想见。
3、统治集团割据混战
淝水之战使东晋解除了来自北方的威胁，但统治集团的内争却随之激化。隆安二年(393年)镇守京口的王恭和荆州的殷仲堪、桓玄等人，相继起兵反对当权的司马道子。来几，王恭败死，桓玄又火并了殷仲堪和雍州刺史杨佺期，控制了长江中、上游的广大地区，与朝庭分庭抗礼。这时，长江下游的京口和江北地区亦脱离东晋的控制，成为独立王国。朝廷所能控制的地区，不过是东南八郡而已。
东南八郡是侨姓和吴姓士族集中的地区，也是东晋政府对广大农民剥削、压迫最残酷的地区。隆安三年(290)，孙恩、卢循起义首先在八郡爆发。这是东汉以来江南地区规模最大的一次农民起义，历时十三年之久，遍及江南大部分地区。这次起义沉重打击了东汉以来逐渐膨胀起来的士族地主势力，使其在政治上逐渐失去了垄断地位。
4、皇权旁落
士族豪强挟主专横。由于侨姓世族持续侵犯江南经济并打压南方世族而入仕朝廷，使得侨吴世族在政治及经济上的冲突仍在。加上世族对寒族的歧视、与朝廷分庭抗礼，中央与方镇对立及野心家的崛起，使得东晋一朝始终动荡不安。特别是后期的司马道子父子当权，贪污奢侈，政治败坏到无以复加的地步，人民负担沉重，社会矛盾加剧。
作为寒门庶族地主的政治代表刘裕，虽然在血腥镇压这次起义中壮大了他的军事实力，为他以后的废晋自立奠定了基础，但同时也使他认识到了人民反抗力量的强大。因此，他决心对东晋积蔽已久的政治、经济进行全面的改革，以巩固其统治。开创了寒人掌权的局面。
公元420年，灭掉东晋，建立了南朝第一个朝代—刘宋政权。
在刘裕入朝执政到称帝的二十年中，他在政治、经济、军事方面采取了一系列有效措施，力矫晋时弊政，加强集权，铲除分裂割据势力，努力发展经济，并在此基础上两次北伐，消灭南燕、后秦，使南方出现了一百多年来没有过的统一。
其子刘义隆（宋文帝）继续刘裕的政策，终于出现了“元嘉之治”这个分裂时期的大治盛世。
（二）、改革内容
刘裕从他掌权时起，到他代晋做了皇帝，曾对当时积弊已久的政治、经济状况有所整顿。
主要有如下几个方面：
1、宽租省调，与农休息。
刘裕十分注重发展生产，在当时国家分裂，南方较落后的情况下，要想立于不败之地，首先必须大力发展生产，宽征省调，与民休息。
早在义熙八年(412年)，刘裕消灭刘毅割据势力的时候，就下令，“凡租税调役，悉宜以现户为正……台调癸卯梓材，庚子皮毛，可悉停省，别量所出”。并且“原五岁刑以下，凡所质录贼家余口亦悉原放”。在荆州，刘裕“宽租省调，节役原刑”，博得荆州人士的好感；在驱逐了司马休之之后，又对荆、雍二州“老稚服戎。空户从投”的苛政，加以改革，规定二州“吏及军人年十二以还、六十以上，及扶养孤幼，单丁大艰，悉仰遣之。穷独不能存者，给其长赈。”东晋末年，政府不断向民间征调造船木村及船只、车牛，以供运输和军需之用，成为南方人民的沉重负担。刘裕于永初元年(420)下令：以后“不复下诸郡输出”，国家所需，“皆别遣主帅与民和市，即时裨直”，严禁地方官员假借官威，强行征发。东晋孝武帝太元以后，改计亩收税为计口收税，这对豪强地主有利，却加重了人民的负担。刘裕改计口收锐为计资收税，即量力以课税，显然，这对于资少或无资助的贫困人家是有利的。从永初年间开始，在税收上实行折变，人民将所纳租税，折合成钱上交国家。当时布价一匹，直钱一千，而人民政府交纳租布，则以九百钱计。贫苦民众积欠政府的“逮租宿债”，刘裕也下令“勿夏收”。又以市税繁苦，下令“优量减降”。这些规定在一定程度上减轻了农民的负担，缓解了阶级矛盾，对生产和社会的发展起到推动作用。
2．力行土断，抑制兼并。
西晋时由于战乱，中原地区百姓多迁居江南，形成了许多侨郡县。这些人不在所在州县编户，无固定租税负但，有的成为豪门世族的佃客、部曲。这不仅在经济上使国家失去了众多的劳动力及可供剥削的对象，也给国家的政治造成不便。义熙九年(413年)二月，刘裕上表曰：“大司马温以'民无定本，伤治为深’，《庚戌》土断以一其业。于是财阜国丰，实由于此。自兹迄今，渐用颓驰；请申前制。”于是依界推行“土断”，唯徐、兖、青三州皆在晋陵界内，不在土断之列，其余“诸流寓郡县多所并省”。多数侨置郡、县被合并或取消。
在户籍上，不再分土著和侨人。对于世家大族隐藏户口的，严厉清查。如京口大士族刁逵拥有数千奴客，刘裕没收其全部家财田地，分给当地贫民。对于大士族地主肆意兼并土地者，也予以抑制、打击。如义熙九年(413年) 四月，《晋书·安帝纪》载：刘裕让晋安帝下令“罢临沂(侨置在今江苏句容县境内)、湖熟(今江苏南京市东南湖熟镇)皇后脂泽田四十顷，以赐贫人”。如此削夺了世族及皇室的私产，用来资济贫民。即位为帝后，更派大吏巡行四方，举善旌贤，访问民间疾苦。
会稽郡余姚县的世族虞亮藐视国法，藏匿逃亡人员一千多人，对抗刘裕的改革。刘裕铁腕诛灭了虞亮，罢免了包庇他的会稽内史，法办了大批涉事的士族及官员，一时士族豪强肃然，谨慎规矩，远近遵法守纪，再也不敢像以前一样胡作非为。
多次下令“弛湖池之禁”，禁止豪强封固山川，乱收租税，民可任意樵采捕捞。土断的推行，裁并侨寓郡县，使混乱的基层行政机构得到整顿，同时也抑制、打击了豪强，增加了国家直接控制的赋役对象。义熙土断，是第四次土断，也是比较彻底的一次，它打击了东晋豪强士族势力，对维护东晋政府的兵役来源和租赋收入，起到了重要作用。
土断：东晋和南朝为解决侨置问题而推行的整理户籍及调整地方行政区划的政策。其主要内容是划定州、郡、县领域，居民按实际居住地编定户籍，故称土断，即以土著为断。
3、摈弃门第，重用寒族。
东晋时期，中央和州、郡的大权—直掌握在王、谢、庾、桓四大家族手中，选拔官吏，主要依据门第。所谓“下品无高门，上品无贱族”。
刘裕掌权后，推行唯才是举。下令改变这种状况，要求按照九品中正制初置时的精神，选拔人才。比如他的主要辅臣刘穆之，有“一日百函”的美称，虽只是小官吏出身，刘裕“以为谋主，动止必咨”。刘毅曾向刘裕谗诋穆之，刘裕反而更加信任。对朱龄石的使用亦复如此。义熙元年(405年)，谯纵乱蜀，刘裕出兵，须物色一人担任元帅，看上了西阳太守朱龄石。他武战有方，吏才卓异，但有人提出“自古平蜀，皆雄杰重将，龄石资名尚轻，虑不克办，”，竟分出大军中的半数，将勇猛的战将和劲悍的士卒，都配属朱龄石。臧熹是刘裕妻子臧爱亲的弟弟，资历地位在朱龄石之上，刘裕也令他受朱龄石的调度。
4、缓政减刑，裁减兵吏。
刘裕在执政期间，曾多次亲驾延贤堂、华林园听讼，亲自过问刑罚，对繁苛的刑律多有厘革。
永初元年(420)六月，刘裕下诏曰：“有违犯乡间公正的评论、贪污淫乱盗窃，全都免于治罪，让他们重新开始。长期服刑的人，特予宽恕释放。失去官职爵位，勒令不准做官被剥夺劳绩者，全依旧日准则。”七月又下诏：“宽大释放被没台府的劫贼家属，所有迁徙者都可回原籍。”同月再次下诏：“先前军国事多，事事有权宜之计，巧取豪夺，一时成风。现在王道维新，政治清明法令宽简，严刑一律废除”。八月又下诏“开亡叛赦”。规定逃亡回来的人，可“蠲（免除）租布二年”。晋时穷苦民众为逃避繁重的兵役、徭役，有人竞自残手足，朝廷居然残酷地规定对这些自残者要罚作炼铁的官奴隶。刘裕下令将此条律令免除，指出造成这一事实是“政刑烦苛，民不堪命”的结果。还下令对以往兵士死叛，株连旁亲的作法做了新的规定。永初三年(422)初又下诏普遍减刑。东晋以来，各地军、州府都拥有大量的兵和吏。这些兵吏除被用于军事方面以外，平时还必须为官府种田和运输，因而其身份地位很低且世代相袭，生活非常痛苦。不少土族官僚常常分割兵户和吏家为部曲佃客，多者千众家，少者致十家。刘裕除下令不许地方官员私自侵占兵、吏外，还对军、州府吏的名额加以限制，并放免部分兵户、吏家为平民，编入郡县户籍。江左侨立的南彭城郡所属蕃县与薛县，都是在刘俗执政的义熙时期，由放免的兵户建立起来的。刘裕的这些措施，对减轻百姓的压迫，安定人民生活起到不小的作用。
5、清简寡欲，禁止奢靡
魏晋崇尚奢靡。刘浴因出身贫寒，少时曾“伐荻新洲”、 “樵渔山泽”、 “躬耕于丹徒”，比铰了解民间疾苦。因此，注意提倡清廉之风。史称刘裕“性尤简易”，“清简寡欲，严整有法度”，未尝视珠玉舆马之饰，后庭无纨绮丝竹之音”。平关中，得姚兴从女，因宠废事，一经谢晦进谏即罢。宁州献琥珀枕，价值连城，他却捣碎分发北伐战士治枪伤。刘裕“素患热病”，喜坐卧硬床，有人献上一副石床，刘裕却认为： “木床且说，而此石邪！”便令人将石床毁掉，严禁臣僚再进贡私物。不久广州太守又进贡精美简细布八丈，刘浴“恶其精丽劳人”，将布退回，还令有司弹劾广州太守并责令停产此布。称帝入宫，刘裕常穿连齿木屐，普通裙帽。卧室内挂租布帐，床头以土为鄣，壁上挂布灯笼、麻绳拂。他对子女的要求也很严，规定出嫁公主不许用锦绣、金、王，嫁娶费不得超过二十万。他还把他补缀多层的破袄交给长女并瞩咐：“后世若有骄奢不节省，可以此衣示之”。刘裕还保存自己少年时期使用的农具，用以教育后代，使其知道稼穑之艰难，创业之不易。在他的带动和影响下，朝廷“内外奉禁，莫敢多奢靡”。
6、策试州郡秀才孝廉
之前，诸州郡所送秀才、孝廉，多非其人。刘裕于义熙八年（412）上表，请求遵循旧制，并主张用考试的办法加以甄别。恢复秀才、孝廉策试制度， “申明旧制，依旧策试” 。这就阻断了门阀士族的仕进之途。
7、整顿赋役制度
永初元年（420年）七月，刘裕下令严禁地方官吏滥征租税、徭役，规定租税、徭役，都以现存户口为准。凡是州、郡、县的官吏利用官府之名，占据屯田、园地的，一律废除。凡宫府需要的物资，“与民和市”，照价给钱，不得征调。还减轻杂税、徭役等。
（三)、影响
刘裕对东晋以来的一系列弊政进行全面的改革，使社会政治、经济和文化状况渐渐好转，国家元气逐渐恢复，致使在其子刘义隆当政时，出现了小康局面，“余粮息亩，户不夜扃”。
刘裕死后，宋文帝刘义隆在刘裕改革的基础上，继续实行奖励农耕，减轻赋税，放宽刑法等改革措施，使宋初的统治比较稳，社会生产发展较快，出现了“元嘉之治”这个分裂时期的短暂盛世。
（四）、意义
他对政治、经济的整顿，进一步打击了腐朽、黑暗的贵族、士族势力，改善了政治和社会状况，对劳动人民的痛苦亦有所减轻。为“元嘉之治”奠定了雄厚的政治基础，也奠定了南朝政治的雏形。对江南经济的发展也有重要的推动作用，同时，刘裕改革在我国古代经济重心南移的历史中，也起着不容忽视的历史作用。他是在东晋南北朝中颇有作为，成就最大，最有建树的皇帝。他所做的改革，推动了社会的进步，促进了历史的发展。
八、剑指司马、尽吞荆扬
义熙十年后，随着刘毅、诸葛长民这些异己势力的消灭及对全国绝大多数方镇的掌握，刘裕的“造宋”步伐明显加快了。这时，身为晋室宗亲、镇守荆州的司马休之便成了刘裕的眼中钉。
司马休之，晋安帝的远亲，谅王司马尚之的兄弟。为人谦恭，且治军治民都很有一手。桓玄乱起，司马休之亡奔南燕，桓玄受诛，才归国回家。义熙八年（412年）九月，刘裕征讨刘毅时，晋宗室司马休之占据荆州，朝庭以司马休之就任为荆州刺史。他拥兵自重，由于先前就经营过荆州，颇得当地人心。东晋荆、扬二州，地广兵强，又是建康门户，对中央形成巨大威胁，这不得不让刘裕有吞并荆、扬的雄心。
司马休之做荆州刺史，而是晋安帝亲自任命的。晋安帝提拔司马休之，一来是司马休之确实有些本事，二来也是想找个宗室人物出来牵制刘裕，以削弱刘裕的势力。但另一种说法是司马休之是受刘裕之命为荆州刺史，但司马休之却认为是朝廷的任命，并不领刘裕的人情。“刘毅诛，复以休之都督荆雍梁秦宁益六州军事、平西将军、荆州刺史、假节。”
按《通鉴》司马休之做荆州刺史为九月，而刘毅受诛在十月。
据《魏书》卷三十七 列传第二十五载“休之为司马德宗平西将军、荆州刺史。为桓玄逼逐，遂奔慕容德。刘裕诛玄后，还建邺，裕复以休之为荆州刺史。”这里司马休之的荆州刺史为刘裕所命。
对于晋安帝的提议，当时刘裕是不好阻挠的，司马休之是晋宣帝司马懿 “季弟谯王司马逊之后也。”，比之东晋司马氏，司马休之是绝对的正牌宗室。司马休之自牧荆州以来，“颇得江汉人心”。
因此，他开始惦记起司马休之．并且派人四处搜罗司马休之的罪证。功夫不负有心人，很快刘裕就找到了足以讨伐司马休之的借口，突破口是司马休之的儿子司马文思。
司马文思是司马休之的长子，由于谯王司马尚之膝下无子，因此司马休之将司马文思过继给了谯王，留居建康。司马文思贵为皇室，从小就养成了骄横残暴的习性。“文思性凶暴，每违轨度，多杀弗辜。好田猎，烧人坟墓，数为有司所纠。”因此，“太尉裕恶之”。
终于有一天，事情闹大了。
义熙十年（414年）三月，“有司奏文思擅捶杀国吏”。相关人等立即向刘裕报告了此事。在当时，打死官吏在东晋的法律体系中可是掉脑袋的罪。
后来，司马文思“遂与群小谋逆”，欲谋杀刘裕，被刘裕发觉。
刘裕将司马文思交给司马休之，让他处置，实质就是要司马休之将其处死。然而，司马休之并没有杀司马文思，只是上表朝庭废除其谯王爵位，并写信向刘裕道歉。
这举动令刘裕对其大感不满，义熙十一年（415年）正月，刘裕收杀司马休之在建康的次子司马文宝及侄儿司马文祖。并以朝庭的名义下诏，讨伐司马休之。同时，留下最得力的心腹刘穆之做右仆射，主持京师政务，弟弟中军将军刘道怜主管军务。当时雍州刺史鲁宗之自感不被刘裕所容，故与司马休之联结，合兵反击刘裕。二月，司马休之上表数刘裕罪状，派兵抵抗。
刘裕密秘地投书招降司马休之府录事参军南阳韩延之，让他在荆州窝里反。韩延之不但不稀罕刘裕，而是回书，自表对司马氏的忠诚，刘裕倒是非常感动，“视书叹息，以示将佐曰”，说“事主当如此”。
晋军先锋檀道济和朱超石奉命攻襄阳，因粮食不多，所以就等江夏太守刘虔之送粮过来，等了几天也没见刘虔之的人影。刘虔之已经被鲁宗之的儿子鲁轨给半路劫杀。刘裕闻讯，又派他的女婿振威将军东海徐逵之统参军蒯恩、王允之、沈渊子为前锋，出江夏口，去取鲁轨的人头。
两军会于破家(今湖北江陵东南)，结果刘裕的晋军被襄阳军大败。徐逵之、王允之、沈渊之等人全部战死。只有参军蒯恩力战未败，刘裕大怒。
三月，刘裕从马头(今江陵)带着诸将过江，与叛军决战。然而当他到时，鲁轨及司马文思率军四万在悬岸峭壁上列阵，令刘裕难以登岸。刘裕自被甲欲登，诸将谏。刘裕不听。主簿谢晦更是冲上去将刘裕拦腰抱住，明确表示：谁都能上，唯独你不能上。刘裕还在来气，拨出佩剑指着谢晦说，“我斩卿！”谢晦见到这种阵式，也不慌张地说了一句毫无悬念的话：“天下可无晦，不可无公！”刘裕与部将胡藩率兵冒险攀登，司马文思等竟不能抵挡，刘裕就乘对方后撤的机会登岸进攻，终击溃司马休之的军队。四月，刘裕击败司马休之军四万人，攻克江陵，直捣襄阳，荆、扬二州尽被刘裕吞并，司马休之及鲁宗之等北投后秦。
而鲁轨，则镇守石城暂时抵御追兵。五月，刘裕遣赵伦之、沈林子进攻轨，鲁轨再次战败。于是，鲁轨、司马文思、韩延之等人北逃。宗之素得士民心，争为之卫送出境。终于抵达后秦，并顺利入秦。
自此，司马休之的势力被剪除。刘裕的势力伸向荆襄，并因此而加封太傅、扬州牧。
自桓玄作乱以来，南方各大割据势力，全部灭亡，南方归为一统。东晋境内，全由刘裕势力统治。而刘裕在消灭司马休之后，更获“剑履上殿、入朝不趋、赞拜不名”的殊荣。
义熙十二年（416年）正月，刘裕加领平北将军、兖州刺史、都督南秦州，都督徐州、南徐、豫、南豫、兖、南兖、青、冀、幽、并、司、郢、荆、江、湘、雍、梁、益、宁、交、广、南秦共二十二州。同时，以世子刘义符为豫州刺史。
似乎是知道刘裕要北伐似的，北方霸主姚兴也特别慷慨。他直接给了刘裕一个绝好的消息：我，姚兴，死了，没人能拦住你了，放心北伐吧！时间，义熙十二年（416年）正月。
九、北伐后秦
(一)、战前形势
刘裕基本上扫平内部各种势力后，开始盘算北方各势力了。
上次，刘裕敢于北上灭燕，“思弘外略”，是因为“内难既宁”。现在，刘裕面临的环境，是一样的。灭燕之后，东晋的北方版图急速扩大，已经把触角伸向了黄河流域，此时与东晋接境只有两国：东边的北魏，西边的后秦。
此时的北魏皇帝是拓跋嗣，道武帝拓跋珪的长子。拓跋硅和姚苌、慕容垂一样，都是趁着前秦淝水大败之后的建立的政权。拓跋珪在公元386年正月恢复代国，但随后又在四月改国号为魏，史称北魏，不过拓跋珪真正称皇帝却是在公元398年，并把国都从盛乐（今内蒙古和林格尔)迁到了平城(今山西大同)。
拓跋硅在关东和慕容垂建立的后燕大打出手，经过近二十年的苦战，终于占有关东之地，慕容德仓皇东奔，偏居一隅。拓跋珪在军事上的威名虽然不如他的孙子拓跋焘那么有名，但也算是一代雄主，可惜死得太滑稽。公元409年，正当刘裕在广固城外围攻慕容超的时候，拓跋珪被“凶很俭悖”的儿子拓跋绍一刀给送了终，随后拓跋绍又被太子拓跋嗣给灭了。
和父亲拓跋珪与儿子拓跋焘擅长军事相比，拓跋嗣更儒雅一些，但北魏的国势依然如日中天，身边文武干才甚多，刘裕一时也不好下口。刘裕便把主意打到了后秦皇帝姚兴身上，要说姚兴也不是省油的灯，刘裕要真是和姚兴动真家伙，未必就能占多少便宜。但上天有意成全刘裕，晋义熙十二年(公元416年)的二月，姚兴病死，留下了一堆烂摊子给太子姚泓。
后秦立三个皇帝，头一个姚苌以军事见长，属于开创型君主；姚兴在军事上不如老爹，但却能在乱世中守成二十年，说明还有些军事能力；而最后一个姚泓，却什么也不是。
姚泓虽然“孝友宽和”，却“无经世之用”，说难听些就是金玉其外、败絮其中，而是身体多病。姚兴也是犹豫了许久才狠心立姚泓为太子的。姚泓的能耐放在盛世中确实是个守成的好料子，可乱世中最不成气候的就是他这种“儒雅”皇帝。
消息传到建康，刘裕欢喜不己，刘裕倒不是怕姚兴，只是如果能以“中驷赢其下驷”，用最小的代价获得最大的胜利，又何乐而不为?而且姚兴的几个宝贝儿子没一个老实的，老爹还没死呢，都敢犯上作乱。哥儿们几个谁也不服姚泓，老爹尸骨未寒，便一窝蜂地内讧。当初刘裕灭燕时，就有西进关中的打算，因卢循之乱等干扰，剪除了荆州刺史刘毅、兖州刺史刘藩及豫州刺史诸葛长民等，平定了益州，打击了晋宗室司马体之等势力。因而，对后秦之战延迟了六年，现在机会终于来了。
义熙十二年(416年)初，后秦主姚兴病亡前后，姚弼、姚愔、姚宣、姚耕儿等明争暗斗，争夺帝位，政治动乱，人心浮动，叛离者日增；又连年与大夏、南凉、西秦等征战，国力受到严重削弱，丧失了强国地位。加之北魏势力下降，无力他顾。这些都为东晋击灭后秦创造了有利的条件。刘裕遂据此定下了出兵灭秦的战略决策。
义熙十二年（416年）八月，以其世子刘义符为中军将军，监太尉留府事。代行自己的职权；以右仆射刘穆之任尚书左仆射，领监军、中军二府军司，入居东府，总摄内外；以太尉左司马徐羡之为刘穆之的副手；以左将军朱龄石警卫宫府；以徐州刺史刘怀镇守建康。扬州别驾从事史张裕任留州事，（任留州事，任扬州留后事也。）作好了相关人事安排。
京城虽然有刘穆之代管，但刘裕还是多了个心服，把深孚众望的皇帝母弟琅珊王司马德文带在身边。虽然司马德宗是个白痴，但司马德文却大有孝武帝司马曜昌明英武之名，深为刘裕猜忌。
（二）、晋军进攻方略
义熙十二年（416年）八月十二日，刘裕兵发建康，各路大军也依预定策划出动。
首先以主力大军由淮水、泗水，沿黄河西进，夺占战略重镇洛阳；以一部兵力由武关进击，以牵制关中秦军，然后夺取潼关，直攻长安。
第一路以龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济将步军为前锋军，自寿阳(今安徽寿县)出发，沿淮水、淝水出项城(今河南商丘)，攻向许昌，直取战略重镇洛阳(今河南洛阳)。王镇恶自泗水出商丘攻向荥阳(今河南荥阳东北)；檀道济自颖水出项城(今河南商丘)，攻向许昌，会师洛阳。待刘裕所率主力到达，再行西进。
第二路以新野太守朱超石、宁朔将军胡藩率军出襄阳(今湖北襄樊)，赴阳城(今河南登封东南)，配合前军从南面攻取洛阳。以作前锋之策应。
第三路以振武将军沈田子、建威将军傅弘之率军，从襄阳直趋武关(今陕西商南南)，以牵制关中的后秦军，直攻长安。
第四路以建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率水军由彭城(今江苏徐州)溯汴水出石门(今河南荥阳东北)而入黄河，进占洛阳，阻止魏军南下侧击晋军。
第五路以冀州刺史王仲德总督前锋诸军，并率领水军由彭城溯泗水、开巨野泽过滑台而入黄河，防止魏军渡越黄河南进的同时，锋指洛阳。
刘裕亲领主力由彭城自泗水、巨野泽再入黄河，西趋洛阳。
(三)、后秦军方面的应对
当后秦获知晋军已进抵许昌时，仍在与大夏、西秦作战。秦东平公姚绍深感忧虑，认为应集中全力对付东晋。遂向后秦主姚泓献策说：“晋兵已过许昌。安定弧远，难以救卫，宜迁其镇户，内实京畿，可得精兵十万。虽晋、夏交侵，犹不亡国，不然，晋攻豫州，夏攻安定，将若之何？事机已至，宜在速决。”但这一策划却被左仆射梁喜否定。梁喜认为：安定守将齐公姚恢素有威名，且吏民与大夏赫连勃勃已结深仇，必然死守安定。如若放弃安定，夏人必然进逼郿县(今陕西眉县东北)，况关中兵足以抗击晋军，何必自己削弱自己呢。”
后秦主姚泓根据以上两种建议，决定采取两面作战的对策，既保卫西北的安定，防止大夏的进击；也重点据守长安、洛阳、撞关、武关等重要城邑关隘，阻止晋军的西进。姚泓的这一作战决策，使后秦从战争的开始便处于战略上顾此失被的被动境地。
（四）、作战过程
就其战略方向而言，就是从山东、鄂北向西进攻关中，对后秦施以战略合围态势，首先拿下关东地区，继而集中兵力攻破潼关，最后拔掉后秦的都城长安。
1、晋军洛阳方向的攻取
九月，刘浴率军渡江东进，至中渎水北上，经山阳入淮，逆汴水至彭城(今江苏徐州)。当刘裕还在彭城的时候，王镇恶和檀道济已经进入河南腹地，两人入豫后分兵而行，王镇恶走外线，进谯郡(今河南商丘)，檀道济走内线，进汝阳(今河南周口)。
后秦的大部分兵力都在西北和正西方向，东边和南边由于和东晋由于长期的“友好”邻居，并没有爆发过大的战事，兵力相对空虚。所以．王镇恶和檀道济的先头部队进入后秦境内后，其战事都打得很顺利。
前锋王镇恶、檀道济军进展顺利，自进入秦境以来所向皆捷。秦将王苟生以漆丘(今河南商丘以北)降于王镇恶军；徐州刺史姚掌以项城(今河南沈丘)降于檀道济军。
后秦新蔡(今河南新蔡)太守董遵，坚守城邑不降，檀道济攻克该城，将董遵斩杀。旋即攻克重镇许昌(今河南许昌东)，俘获颖川太守姚垣及大将杨业。继而又占领阳城、荥阳等地。
王、檀二人在前面高歌猛进，沈林子等人同样捷报频传。
建武将军沈林子军，自汴水进入黄河，襄邑(今河南睢县)人董神虎率领一千多人响应晋军。在望神虎的帮助下，沈林子随即攻克仓垣(今河南开封北)，后秦兖州刺史韦华降服。
总之，几路大军都打得有声有色，除了王仲德。
王仲德所率水军进入黄河，沿河西进，这一带隶属于东晋、后案、北魏三国的交界地区。基本上三个国家在这一带都设有兖州刺史，只不过由于国土限制，各自管的“兖州”不一样而已。
当大军经过北魏的滑台，该地为北魏在黄河南岸所占据的唯一重镇，北魏兖州刺史尉建畏惧晋军的强盛，弃城而逃。王仲德军进占滑台后，为不引起晋魏两国之冲突，王仲德对外宣称：“晋本欲以布帛七万匹假道于魏，不谓魏守将弃城遽去。”魏主拓跋嗣得知滑台丢失，即派叔孙建、公孙表率军自河内(今河南泌阳)至枋头(今河南滑县南)，引兵渡河，斩了尉建，欲夺回滑台，先派人质问晋军，王仲德命司马竺和之向魏军说明了情况。旋即拓跋嗣也派使者质问还在彭城的刘裕，刘裕仍卑词回答，晋军借道于魏以攻秦，绝不是对魏进攻。此时，北魏政局不稳，且外有柔然从北面不断袭击，为避免与晋军冲突，只好放弃收复滑台的计划，沿黄问岸边筑垒，以防范晋军。王仲德军进至河内郡(郡治在今河南泌阳)地区，魏河内守将于栗磾素有勇名，筑垒于河上，阻止了王仲德军的前进。
一次小小的摩擦因此结束。王仲德也算有惊无险地避免了一场预料之外的战争。
十月，晋军进占了阳城(今河南登封东南)、荥阳(今河南荥阳东北)。王镇恶、檀道济两军旋即会师于成皋(今河南荥阳西北汜水镇)。后秦镇守于洛阳的征南将军姚洸，见晋军逼近，便派人至长安求救。
姚泓明白，洛阳不能丢。
洛阳，前西晋都城。如果洛阳归晋，意味着中原地区的经济中心将再次纳入晋朝版图，与之而来的将是民心会一边倒地支持刘裕，后秦若想再次占有关东之地，将会难上加难。
后秦主姚泓命越骑校尉阎生率骑兵三千、武卫将军姚益南率步兵一万增援洛阳，并令并州牧姚懿自蒲阪(今山西永济西)向南屯陕津(今山西平陆东南，即古茅津渡)，以为声援。此时，宁朔将军赵玄向姚洸建议说：“今晋寇益深，人情骇动；众寡不敌，若出战不捷，则大事去矣。宜摄诸戌之兵，固守金墉不下，晋必不敢越我而西，是我不战而坐收其弊也”姚洸的司马姚禹及主簿阎恢、杨虔皆妒根赵玄，便暗中与檀道济相通，极力反对赵玄的建议，并怂恿姚洸分兵防守各地。姚洸采纳了姚禹的建议，派赵玄分兵一千前往防守柏谷坞(今河南偃师东南)，以广武将军石无讳东至巩城(今河南巩县西南)防守。继之，成皋、虎牢(今河南荥阳西北)皆降于晋，王镇恶、檀道济、沈林子等军由成皋顺利西进。石无讳进至石关(今河南堰师西)，得悉晋军已至，便退兵洛阳。赵玄与晋军战于柏谷坞，兵败战死。石无讳还没有到巩城，就被晋军吓得退回洛阳。檀道济军逼近洛阳，姚洸出城降于晋。檀道挤俘秦军四千多人，有人建议全部坑杀。檀道济不同意。王镇恶、檀道济顺利进入洛阳。
此时后秦越骑校尉阎生和武卫将军姚益男正率部赶赴洛阳途中，得知洛阳失守，不敢再向前进。
2、晋军夺取潼关
晋军攻占洛阳后，刘裕以冠军将军毛修之为河南、河内二郡太守，镇洛阳。此时，西秦主乞伏炽磐也乘机派其秦州刺史王松寿进兵于马头(今甘肃天水西)，并派使者至刘裕军营，请求也率军攻秦，以向晋国效忠。刘裕即拜炽磐为平西将军、河南公。十二月，朝廷根据刘裕的意图，以刘裕为相国、总领百宫、扬州牧，封为宋公，备九锡大礼，位在其他诸侯之上。
此时，后秦正欲增兵潼关，以阻晋军西进，其统治集团内连续发生两起内乱。后秦并州牧姚懿受其司马孙畅的游说，自蒲阪起兵，自立为帝，并欲进军长安，杀掉东平公姚绍，废除秦王姚泓。后被宁东将军姚成都击败，姚绍率军进至蒲阪，将姚懿等杀死。在此同时，后秦已派东平公姚许赞和冠军将军司马国璠、建义将军虵玄率军屯守陕津，武卫将军姚驴屯守潼关。
义熙十三年(417年)正月，后秦安定守将齐公姚恢，率安定镇户三万八千起兵直趋长安，自立为大都督、建义大将军。秦主姚泓一面命姚裕及辅国将军胡冀度防守于长安以西，一面急调东平公姚绍自蒲阪回军。姚恢在姚绍、姚赞两军夹击之下，兵败被杀。
刘裕原先命令前锋军攻取洛阳，且待后续主力到达之后再继续西进。但在衡量形势后，王镇恶违逆了刘裕的意思，在洛阳短暂停留以后，王镇恶偕沈林子等人向西开拔。目的地——潼关。
王镇恶之所以这样做，基于两种情况。
于公，俗语云“兵贵神速”，现在后秦的大军还没有很好集齐，潼关守军薄弱，这时，如果我们携得胜之势进攻潼关，很有可能一举攻克。如果在洛阳等主力前来，后秦也许会趁其摄像机将主力集齐，以加强潼关防守。那时再要决战，就会丧失现有机会。而此时，王镇恶等也得知后秦内乱纷起，政局混乱。也是决胜之机会。
于私，王镇恶作为王猛的孙子，太想重树他祖父曾经建立的功勋。
于是，便当机立断，不待刘裕大军到达，分兵两路西进。一路王镇恶军至渑池〔今河南洛宁西)，直扑潼关。另一路檀道济、沈林子部，自陕(今河南陕县)北渡黄河，向蒲阪(今山西永济西)进攻。
几乎就在王镇恶、檀道济部在洛阳城下分兵攻伐之时，刘裕也行动了。后秦主力都在关中，自己不赶去亲自统筹，恐怕王镇恶等几个楞头青有镇不住之嫌。
刘裕将三子刘义隆留在彭城，自己亲率水军自淮河、泗水出发，入清河，再沿黄河西进，以期在洛阳与前锋军会师。他不知道王镇恶并没有等他。
王镇恶太想拿下潼关了。但事实却没有他想象中那么容易。
派部将毛德祖进攻秦弘农太守尹雅于蠡吾城(今河南洛宁西)，生擒尹雅，不过，在关押尹雅的时候出了点岔子，这位老兄抓住机会杀了几个看守他的士兵后跑了，直接为自己争取到了一次二进宫的机会。王镇恶军迅速进抵潼关(今陕西潼关北)城下。此时，后秦以东平公姚绍为太宰、大将军、都督中外诸军事，改封鲁公，率武卫将军姚鸾等步骑兵五万镇守潼关。相对于晋军来说，不仅敌众我寡，而且潼关作为继函谷关之后的关中东大门，易守难攻。
关键时刻，王镇恶看到了檀道济、沈林子的友军。
不过令他稍显意外的是檀道济、沈林子不是打过来的，而是退过来的。
檀道济等军进攻蒲阪，被守将后秦并州刺史尹昭击退，檀命别将再攻匈奴堡，又被秦将辅国将军姚成都击败。
沈林子认为，蒲阪城池十分坚固，兵力众多，难以很快攻取；王镇恶孤军于潼关，不如南下与王镇恶合军攻打潼关，潼关既破，尹昭不攻自溃。檀道济同意沈林子的意见，遂引军自蒲阪南下。兵进潼关与王镇恶会合。
三月，檀道济、沈林子军到达潼关。姚绍率兵出战，檀道济、沈林子迎击奋战，将秦军击败，斩俘秦军一千多人。秦军退回潼关，晋军乘胜也拥了进来。姚绍无奈弃了潼关，姚绍退兵定城(陕西在潼关西三十里)，凭险据守，并告诉众将说：“檀道济等兵少势弱，孤军深入。敌只能坚守城池，以待后援。我分兵断其粮道，当可将敌坐擒。”于是，便派将军姚鸾截断大路，以阻止晋军的粮运。
姚鸾先派将军尹雅与晋军战于潼关之南，尹雅复被晋军战败并生擒，尹雅运气不好，但他的舌头很好使。一通话下来，竟然保住了自己的小命，檀道济赦免了他。沈林子乘夜率勇锐士卒偷袭姚鸾军营，杀姚鸾及秦军数千人。姚绍又派姚赞屯兵于河上，欲断晋军水运。沈林子再率军进击，姚赞兵败，逃回定城。
此时，秦将薛帛举河曲降晋，不久，晋军给养不继，军心浮动，全军顿兵坚城，不得前进，军中纷纷提议撤军东归。此时，将军沈林子按剑怒斥说：“今许、洛已定，关右将平，事之成败，系于前锋。且大军尚在远方，敌军兵众气盛，想要撤军，也难以安全退走。我决心单独率部继续完成受领的使命。”王镇恶等人遂镇定下来。
派出使者驰告刘裕，请求速派援军，运送军粮。使者晋见刘裕，刘裕以魏紧跟于黄河北岸并进，威胁重大，而拒绝派兵增援。王镇恶等于是亲至弘农(今河南灵宝北)动员民众，捐献军粮，才解了缺粮之危，军心趋于安定。
四月，姚绍再次命长史姚治、宁朔将军安鸾、护军姚墨蠡、河东太守唐小方率二千人屯守河北的九原，企图再断晋军粮道，又被沈林子击败。姚治、姚墨蠡、唐小方均被斩首，其全军几乎丧尽。姚绍听说姚治等人兵败身亡，悲愤已级，发病呕血，将兵权交予东平公姚赞之后死去。旋即，姚赞率兵偷袭沈林子军，又被沈林子击败，双力形成相持局面。
刘裕与第二路军朱超石会合后，领着大军浩浩荡荡地沿着黄河西进。刘裕亲率大军于义熙十三年(417年)正月离开彭城(今江苏徐州)，自淮水、泗水进入清河。三月，将率军溯黄河西进，便先派出使者向北魏借道。此时，后秦也派使者至北魏求援。北魏主拓跋嗣决心难下，便召集大臣廷议，众人均认为，刘裕以水军攻秦，实难越过潼关天险；但若登岸北侵，则十分容易，深怕刘裕声东击西，主张应加强防备，以防不测。且北魏是秦的姻亲之国，不能不救，建议出兵阻止刘裕军沿河西上。博士祭酒崔浩认为：“晋图后秦由来已久，姚兴死，其子懦弱无能，国内多难，刘裕乘机而攻，必能取胜。若我阻止刘裕军征秦，他必登岸北侵，这样我将代秦受敌。况且，柔然不断从北面进袭，国内粮食奇缺，再与刘裕为敌，将使我南北两面受攻陷于危困之境。不如借道予晋，听其西进，然后，我屯兵于东，断刘裕的后路。如果刘裕取胜，必感激我借道之恩，若刘裕失败，也可落一个出兵救秦的美名。”崔浩这一坐山观虎斗、双方讨好之策，颇使拓跋嗣心动。
经过折衷考虑，拓跋嗣并没有截断黄河河道，而是派出长孙篙、阿薄干率步骑兵十万驻守黄河北岸。你刘裕走，那么我也走，于黄河北岸跟随与监视刘裕军的西上。
刘裕以左将军向弥率部分兵力屯于黄河重要渡口碻磝(今山东东阿西北)，自率大军进入黄河；魏军也以数千骑兵沿黄河北岸跟随，几漂流至北岸的晋军人员，均被魏军擒杀。刘裕数次派兵上岸攻击魏，刚一登岸，魏军便逃离岸边。为击败魏军的袭扰，刘裕命数千勇士，车百乘，由丁旿和宁朔将军朱超石率领，携带强弓利箭，登上黄河北岸，列阵而进。魏军立即前来进攻，魏将长孙篙率骑兵三万四面围攻晋军。晋军拼力死战，魏军被利箭射杀者甚众，死者堆积遍地，魏将阿薄干被斩，魏兵败退走。朱超石率宁朔将军胡藩、宁远将军刘荣祖迫杀，又斩俘一千多人。拓跋嗣至此才悔恨自己当初没听崔浩之言。四月中旬，刘裕大军到达洛阳。但拓跋嗣对晋军的胜利仍不死心，于五月，再派将军长孙篙、叔孙建各率精兵窥视刘裕军的西进，同时伺机向南攻取彭城、沛郡，或追击晋军。
刘裕进至洛阳，为防止魏军的袭击，在洛阳停军两个月，部署后方的防卫。七月，刘裕进至陕地(今河南三门峡)。将军沈田子、傅弘之进入武关(今陕西商县南)，后秦守将丢弃逃走。沈田子等军进占青泥，后秦命给事黄门待郞姚和都屯兵于峣柳(今陕西商县西北)，阻击沈田子军。
3、峣关激战，攻克长安
八月，刘裕大军进至阌乡(今陕西潼关东)。刘裕顾虑沈田子等军力薄弱，为使其更好地起到牵制和吸引秦军的兵力，便派将军沈林子率军前住支援。
此时，沈田子等正准备攻击峣柳。后秦主姚泓本欲率军迎击刘裕军于潼关定城，但顾虑沈田子等军突袭其侧背，于是决定先率军消灭沈田子军，然后再倾全国之军迎击刘俗的主力大军。姚泓的率数万步骑兵，突然进至青泥(在峣柳附近)。沈田子得知姚泓率大军而来，欲乘秦军刚刚到达，向其攻击。傅弘之认为敌众我寡，不应出击。沈田子说：“兵贵用奇，不必在众。且今众寡相悬，势不两立，若彼结围既固，则我无所逃矣。不如乘其始至，营陈来立，先薄之，可以有功。”，于是，决定先率自己本部兵马向敌攻击，傅弘之跟随于后。沈田子军被秦军重重包围，沈田子激励士卒奋力拼杀，大败秦军，斩秦军一万多人。姚泓率败军退返长安。当沈林子军到达峣柳时，姚泓军即已退走，于是，沈田子与沈林子合军共追秦军，关中许多郡县见姚泓兵败，纷纷降于晋军。
刘裕到达潼关时，即以朱超石为河东太守，命其与振武将军徐猗之于河北会合薛帛，共攻重要战略渡口蒲阪(今山西永济西)。后秦平原公姚璞与姚和都击败晋军，斩了徐猗之，朱超石逃回撞关。
此时，王镇恶请求率领水军从黄河入渭水，逼向长安。刘裕采纳了他的建议。王镇恶军出发后，正值后秦恢武将军姚难由香城(今陕西大荔东)率军西撤，王镇恶跟踪追击。姚泓率兵由霸上到达石桥(长安城洛门东北)，接应姚难；以镇北将军姚疆和姚难合兵守卫泾上(今陕西高陵境)，迎击王镇恶军。王镇要命将军毛德祖率部攻击，将秦军击败。姚疆战死，姚难逃回长安。东平公姚赞得知晋军迫近长安，便率军由定城退往郑城(今陕西华县)。刘裕大军随之逼近。
后秦主姚泓见长安危急，自己尚有数万军队，可以抗击晋军。遂令姚丕军防守渭桥(长安城北)，胡翼度军防守石积(长安城东北)，姚赞军防守霸东(霸水东岸)，姚泓自己率军守卫逍遥园(长安城西)。
八月二十三日，王镇恶乘蒙冲小舰进至渭桥，弃船登岸。当时，由于渭水湍急，大部舰船皆被冲走。王销恶乘势激励部众说：“吾属并家在江南，此为长安北门，去家万里，舟楫、衣粮皆已随流。今进战而胜，则功名俱显；不胜，则骸骨不返，无他歧矣，卿等勉之!”于是，身先士卒，率军进击姚丕军。姚丕战败，姚泓率兵来救，与姚丕败兵互相践踏，也不战而溃。姚谌等皆战死，姚泓单骑逃回宫内。王镇恶军由平朔门(长安北门)攻入长安城，姚泓与姚裕率数百骑逃奔石桥。东平公姚赞得知姚泓兵败，率众往救，士众皆溃逃。八月二十四日，姚泓率群臣至王镇恶军营投降，至此，后秦便告灭亡。
九月，太尉刘裕进入长安，后秦平原公姚璞、并州刺史尹昭举蒲阪降晋，东平公姚赞也率完族一百多人投降，刘裕将他们全部杀死。派人将姚泓送至建康，东晋将其斩于集市。
司马休之、司马文思、司马国璠、姚成都、姚和都等部奔投于魏。
十一月，刘裕任命次子十二岁的桂阳公刘义真为都督雍、梁、秦三州诸军事，安西将军。
关中地区的人民素来敬重王猛，故王猛之孙王镇恶进军关中时，关中人多归附于他，战功最多，由此引起东晋诸将的忌根。沈田子、傅弘之等人多次向刘裕建议，不可信任他。刘裕遂私下对沈田子说：“'猛兽不如群狐’，卿等十余人，何惧王镇恶！”
十、长安内乱
刘裕率军抵达长安，想在此稍作休整，经略关中。义熙十三年（417年）十一月，却从建康传来一个于他极为不利的消息。刘穆之死了，“太尉裕闻之，惊恸哀惋者累日。”，刘穆之的死，不仅给刘裕出了一道难题，而且直接改变了整个西北战场的格局。
在刘穆之空下来的位置上，刘裕考成了两个人选。一为徐羡之，一为王弘。刘裕欲以王弘代刘穆之，从事中郎谢晦曰：“休元轻易，不若羡之。”刘裕便以徐羡之为吏部尚书、建威将军、丹阳尹，代管留任。
刘裕不能再待在长安了，他对建康不放心?看来刘穆之的死，彻底影响了刘裕的发展方向。
虽然在东晋后期，士族政治已日薄西山，但士族集团盘根错节，势力还很强大，有足够的能力趁刘裕外出之际，一举推翻刘裕。所以刘裕现在面临两个艰难的选择：要么继续北伐，要么回京。此时的刘裕虽然貌似强大，但已经成无根之木，若不顾根本而北伐，一旦京师形势有变，刘裕将无家可归。
放弃北伐，对于刘裕是最终痛苦地决定。毕竟江南才是他的根本。至于何去非批评刘裕“其志虑之所在，亦曰代晋而已，未暇为王业万世虑也。”
刘裕汇集在长安的文武将佐讨论，大部分人也不赞成继续北伐。
刘裕遂留其十二岁的次子刘义真以及王修、王镇恶、沈田子、毛德祖、傅弘之等文武相辅佐，共守长安。自己统军南归。“会穆之卒，裕以根本无托，遂决意东还。”
至于让童幼无知的刘义真坐镇长安，刘裕实在有难以言说的苦衷，《宋书·刘义真传》记载：“(及高祖归)而诸将行役既久，咸有归愿，止留偏将，不足镇固人心，乃以义真行都督雍、凉、秦三州之河东、平阳、河北三郡诸军事、安西将军、领护西戎校尉、雍州刺史。”
刘裕留下刘义真，无论从哪个角度来说都是个错误的决定，刘义真虽然身份贵重，但毕竞只是个孩子，哪能镇得住那帮老油条?司马德宗身份更贵重，可谁拿他当回事?如果三弟刘道规不死，以他的能耐，绝对可以胜任关中．便是赫连勃勃、沮渠蒙逊，也得让着刘道规三分。
刘裕部署完关中的防务后，便于当年十二月，回军建康。
刘裕此次东返，目的十分明确。如北魏的崔浩，崔浩就曾对拓跋嗣说过：“刘裕平姚而还．必篡其主，其势然也。”可谓一针见血。不仅是崔浩，赫连勃勃帐下的军师王买德也看出来了。“狼狈而返者，欲成篡事耳”。
刘裕急不可待地走了。建康安全了，但缺了主心骨的关中却麻烦了。
而麻烦的制造者，就是刘裕自己。
问题出在刘裕在关中的人事安排上，核心是因为王镇恶做了刘义真副手。这一安排引起沈田子、傅弘之等人的不爽。关中人素来敬重王猛，刘裕之所以克长安，王镇恶功劳最多，“由是南人皆忌之”。沈田子自认为有峣柳之捷，与镇恶争功。沈田子及傅弘之多次进言于刘裕说：“镇恶家在关中，不可保信。”
为防万一，他私底下告诉沈田于等人说：现在你们人多，如果发现他王镇恶有什么异常的举动，尽可以先斩后秦。“今留卿文武将士精兵万人，彼若欲为不善，正足自灭耳。勿复多言。”祸根就此种下。得了刘裕密令的沈田子等人，其位虽在王镇恶之下，但对王镇恶却不怎么尊敬了。
就此，司马光评价说：“古人有言：'疑则勿任，任则勿疑。’裕既委镇恶以关中，而复与俆田子有后言，是斗之使为乱也。惜乎！百年之寇，千里之士，得之艰难，失之造次，使丰、鄗之都复输寇手。荀子曰：'兼并易能也，坚凝之难。’信哉！”
刘裕此举，为夏主赫连勃勃的谋臣王买德窥破心迹。在刘裕南归不久后，赫连勃勃派军南断青泥，东扼潼关，率大军进攻长安。
义熙十三年（417年）十二月，夏王勃勃听闻刘裕向东而还，大喜，问于王买德说道：“腾欲取关中，卿试言其方略。” 王买德说：“关中形胜之地，而裕以幼子守之。狼狈而归，正欲急成篡事耳，不暇复以中原为意。此天以关中赐我，不可失也。青泥、上洛，南北之险要，宜先遣游军断之；东塞潼关，绝其水陆之路；然后传檄三辅，施以威德，则义真在网罟之中，不足取也。”赫连勃勃于是派遣其儿子抚军大将军赫连璝都督前锋诸军事，帅骑二万进向长安。前将军赫连昌居于潼关，以王买德为抚军右长史，屯青泥，赫连勃勃亲率大军为后继。
其实赫连勃勃也确实小看了王镇恶、沈田子他们，这几位都是当时一等一的名将，如果他们能抱成团，以晋军之强悍，赫连勃勃未必就能得志。但当赫连勃勃准备强兵南攻时，王沈诸人考虑的不是如何击退强敌，而是开始残酷的内斗，最终同归于尽，白白便宜了赫连勃勃。
而留守的刘义真，哪值得军事，大事还得靠王沈二人，便让二人俱行北上抗御赫连勃勃。龙骧将军沈田子将兵拒之，畏其众盛，退屯刘回堡，遣使还报王镇恶。
沈田子派人通知王镇恶慎战，王镇恶平时最讨厌沈田子，恨他临阵畏缩不战非大丈夫所为，不过王镇恶也太大意了，当着沈田子的心腹指桑骂槐：“公以十岁儿付吾属，当共思竭力；而拥兵不进，虏何由得平！”
沈田子的心腹不说话，回到刘因堡，如实相告。沈田子大怒。未几，王镇恶与沈田子都在北方以拒夏兵，此时，军中讹言：“镇恶欲尽杀南人，以数十人送义真南还。因据关中反。”沈田子请王镇恶至傅弘之营讨论事情。沈田子说有密事相议，屏去闲人，使其亲信沈敬仁斩王镇恶于幕下。谎称受刘裕之令诛杀王镇恶。
傅弘之奔告刘义真，刘义真与王修被甲登横门以察其变。俄而沈田子帅数十人过来，声言王镇恶造反。王修执沈田子，数以专戮，杀了沈田子；以冠军将军毛修之代镇恶为安西司马。
至此，这场内讧基本结束，给轮到傅弘之表现了。还好，傅弘之的表现很合格。傅弘之大破赫连璝于池阳，又破之于寡妇渡，斩获甚众，夏兵乃退。
关于此次关中哗变的具体时间，《宋书“自序传》记裁得非常详细：晋义熙十四年(418年)正月十五。
至此，“外患”暂时没有了，但内忧”却还在继续。
刘义真年少好玩，玩高兴了，也没忘记这些个玩伴，他将府中的贵重物品都拿出来赏赐给了他们“赐与左右无节”。王修性情耿直，为了不让刘义真玩物丧志，每当遇到这种情况时，会出来劝谏。左右皆怨，嬖人刘乞私下向刘义真控诉说王修会造反：“王镇恶欲反，故沈田子杀之。修杀田子，是亦欲反也。”刘义真相信了，十月，便让左右刘乞等杀了王修。
见高层连出血案，长安晋军军心崩馈．人无斗志，史称“人情离骇，无相统一”。王镇恶、沈田于、王修死后，刘义真身边也没有有本事的人了，只有一个傅弘之，还在外面御敌。刘义真下令召集各地晋军悉数集于长安，闭门拒守。关中郡县悉降于夏。
当刘裕听说长安内乱，诸将残杀，又怒又惊。遣辅国将军蒯恩到长安，召刘义真东归建康；同时，急派相国右司马朱龄石火速赶赴关中，全面主持军务，代替刘义真。
十一月，朱龄石到了关中，发现关中形势已经一发不可收拾，各郡县基本都向赫连勃勃投降了，赫连勃勃本人也率强悍夏军进据咸阳，准备强行攻长安。长安城中大乱，晋军听说刘裕下令让他们东去，无不大喜，谁也不想自在这里等死，赫连勃勃是有名的暴君，惹不起他。
刘义真将士贪纵，大掠而东，多载宝货、子女，方轨徐行。赫连勃勃之子赫连璝率三万夏军随后紧追刘义真。傅弘之奉命护卫刘义真，见此状况说道：“公处分亟进；今多将辎重，一日行不过十里，虏追骑且至，何以待之！宜弃车轻行，乃可以免。”刘义真贪恋财宝，不从。
赫连璝大军至，傅弘之、蒯恩断后，力战连日，至青泥，晋兵大败。傅弘之、毛修之、蒯恩等人尽数为夏军所虏。
史载：“傅弘之留为桂阳公义真雍州中从事史。及义真东归，赫连勃勃倾国追蹑，于青泥大战，弘之躬贯甲胄，气冠三军，军败陷没，不为之屈。时天大寒裸弘之，弘之叫骂见杀”；蒯恩“入关迎桂阳公义真。义真还至青泥，为佛佛虏所追，恩断后，力战连日。义真前军奔散，恩军人亦尽，为虏所执，死于虏中。”毛修之也俘虏了，但没有像傅弘之那样不屈不挠，可以说是节气有亏；而作为一名厨师，毛修之的羊羹让拓跋焘赞不绝口，因而在北朝混得风生水起，被拓跋焘重用。但作为赫连璝的俘虏，史中并未载其作为在夏的经历。
因刘义真在最前面，适时天色已暮，侥幸逃了一命，藏在了草丛里发抖。参军段宏骑马“缘道呼之”，刘义真听出段宏的声音，这才从草丛中爬出来，逃向江东。龙骧将军王敬先兵居曹公垒，朱龄石自潼关前往投靠。赫连璝等截断了他们的水道，朱龄石等众口渴，不能作战，曹公垒 被攻陷。朱龄石及王敬先被执，押送的长安，被杀。朱超石行至蒲坂，适时龄石自长安东走至曹公垒，朱超石也跟随，即与龄石同时被执，也为赫连璝所杀，时年三十七。
这场乱局终于落下了帷幕，刘裕北伐所取得的成果，也最终变作了为他人做的嫁衣。
对于义熙北伐的失败，史家有不少批评之辞，王夫之指责刘裕，“刘裕灭姚秦，欲留长安经略西北，不果而归，而中原遂终于沦没。史称将佐思归，裕之师说也。王、沈、毛、傅之独留，岂繄不有思归之念乎?西征之士，一岁而已，非久役也。新破人国，子女玉帛足系其心．枭雄者岂必故土之安乎？固知欲留经略者，裕之初态，而造次东归者，裕之转念也。夫裕欲归而急于篡，固其情已。”
说刘裕用人不当，这个是事实，他不该让童昏小子刘义真守长安，也不该留王镇恶、沈田子这对冤家共事，事情坏就坏在了沈田子的手里。但王夫之说什么“枭雄者岂必故土之安乎?”则未免过于苛责刘裕。
《左传》中有句名言：“皮之不存，毛将焉附”，刘裕的北伐军多是南人，而且北伐军辎重多出江南，江南若失，根本已去，别说让刘裕继续北上，就连能否守住关中都成了大问题。
虽然北伐失败，失去关中，但刘裕控制的晋朗仍然收复了故都洛阳以及巴蜀门户汉中。汉中自古就是巴蜀险塞要冲，汉中不久则巴蜀固若金汤。后来南朝力抗北朝一百五十年，南宋顽强守住江南，从地缘战略角度来说，最重要的原因就是汉中及巴蜀均控制在南方手中。北方政权历次南下，多数都是先取汉中及巴蜀，断其战略左臂，然后顺流东下。
近现代史学家钱穆在《国史大纲》中分析过刘裕不能统一的原因，认为“裕之北伐，在廷之臣，无有为裕腹心者”，“要之江南半壁，依然在离心的倾向上进行。诸名族虽饱尝中原流离之苦，还未到反悔觉悟的地步”。江南士族习于偏安，不愿北归，难以与刘裕同心。除去攻下长安后，幕僚对于继续西征态度的不一外，刘裕迁都洛阳的提议，同样遭到幕僚的反对。以此可以看出，当时东晋国内对收复中原的议题并没有太大兴趣，对回归北方更是充满排斥。钱穆认为这才是刘裕不能统一的根本原因。
长安虽得而复失，良将劲兵损失颇多，但潼关以东收复的部分关中之地和整个河南地区仍然得到刘裕的重兵扼守。经过两次北伐，黄河以南、淮水以北以及汉水上游的大片地区，为刘裕据有。
十一、称帝建宋
巨大的军功，使刘裕在朝廷的地位显赫无比。
义熙十四年（418年）六月，刘裕接受相国、宋公，九锡之命。
十二月，刘裕以谶言有云“昌明之后尚有二帝”，没有直接从司马德宗那里“禅位”而是指使中书侍郎王韶之与刘裕之“帝左右”密谋用鸩毒的方式杀害司马德宗，转而立琅邪王司马德文。
刘裕之所以如此做，主要有两个原因，所谓昌明，就是晋孝武帝司马矅，小字昌明。因为十五年前，桓玄废过一次司马德宗，如果刘裕再次废掉司马德宗，倒显得刘裕和桓玄是一个档次，刘裕哪瞧得起桓玄？再一个原因，司马德宗白痴呆傻，诸事不理．而司马德文才智健全，刘裕从他的手里“禅位”，则更显得光明正大一些，免得别人说他欺负弱智。反正司马德文无拳无勇，只要他活着，司马德文弄不出多大动静。
关于司马德宗被害，各史陈述并不一致，《晋书》及《通鉴》均载是刘裕密令中书侍郎王韶之与“帝左右”用衣服绞死司马德宗，而《宋书。王韶之传》却载是王韶之和“帝左右”鸩死司马德宗，并没提绞死一事。此日是晋义熙十四年(418年)十二月十七日。
司马德宗有个好弟弟司马德文，经常伴在司马德宗身边，饮食寝处，重不离开；王韶之无从下手。适时，司马德文生病，出宫居于宫外。王韶之解下了衣带，套在司马德宗的脖子上，“缢帝于东堂”。
刘裕称有份遗诏，立琅邪王司马德文为帝，说什么：“联以不德，属当多难，幸赖宰辅，拯厥颠覆”云云。司马德文当上了皇帝，
就资质而言，司马德文在晋朝十五个皇帝中，并不比司马炎、司马绍差。但司马德文生不逢时，朝廷旁落于刘裕之手，命运在别人的手上。
他什么都做不了。
晋元熙元年(公元419年)正月，司马德文当皇帝不到一个月。即下诏增十郡之地益宋国，进爵宋公裕为宋王。刘裕迁宋国国都于寿阳(今安微淮南)。十二月，天子命王冕十有二旒，建天子旌旗，出警入跸，乘金 根车，驾六马，备五时副车，置旄头云罕，乐舞八佾，设钟虡宫县。天下人都知道，要改朝换代了。
元熙二年（420年）正月，宋王想要司马皇家“禅让”于宋王，但又而难于发言。于是邀请朝臣宴饮，席间，刘裕从容言曰：“桓玄篡位，鼎命已移。我首倡大义，兴复帝室，南征北伐，平定四海，功成业著，遂荷九锡。今年将衰暮，崇极如此，物忌盛，非可久安；今欲奉还爵位，归老京师。”群臣不明就里，惟盛称其功德，都未知其意。天晚了，席也散了。中书令傅亮也随之离开，突然醒悟，而宫门已闭，亮叩扉请见，刘裕即开门见之。亮入，说道：“臣暂宜还者。”刘裕已懂得其来意，也不多言，刘裕说：“须几人自送？” 傅亮说道：“数十人可也。”即时奉辞。亮出，已夜，见长星竟天，拊髀叹曰：“我常不信天文，今姑验矣。”
不过傅亮是属蜗牛的，直到四月，方有旨意到，征宋王入都。刘裕也是属蜗牛的，从寿阳到建康不过四百里，刘裕骑马却用了两个月，六月才到了建康。
六月，傅亮劝告晋恭帝禅位于宋，并自己诏草呈给司马德文。司马德文欣然持笔，对左右说：“桓玄之时，晋氏已无天下，重为刘公所延，将二十载；今日之事，本所甘心。”遂将草诏照抄一遍，“书赤纸为诏”。
刘裕回到建康，三推三让后，接受恭帝禅让，即皇帝位。是为南朝宋武帝，改元永初。降封司马德文为零陵王，东晋灭亡。改国号为“宋”，史称其“南朝宋”“刘宋”。
只有秘书监徐广面对故主痛哭失声，场面悲凄，让人不忍视之。
晋恭帝即为零陵王，载天子旌旗，行晋正朔，皆仿晋初故事，即迁居秣陵县，由冠军将军刘遵考带兵“护卫”。
刘裕大封宗室勋贵，追尊父刘翘为孝穆皇帝，亡母赵安宗为穆皇后，继母萧文寿为皇太后。尊封其继母王太后萧氏为皇太后。刘裕事奉萧太后一向恭谨，即皇帝位以后，虽然他年事已高，每天清晨必入后宫给太后问安，从未错过时刻。
刘裕共有七个儿子，余六子尽封为王，大弟刘道怜为长沙王，二弟刘道规追封为临川王，由继于刘义庆袭封。
其余功臣徐羡之等，增位进爵各有差。追封刘穆之为南康郡公，王镇恶为龙阳县候。刘裕每想念刘穆之，叹气的说道：“穆之不死，当助我治天下。可谓'人之云亡，邦国殄瘁’！”又曰：“穆之死，人轻易我。”又封皇子桂阳公刘义真为庐陵王，彭城公刘义隆为宜都王，刘义康为彭城王。
刘裕立国，也标志着自魏晋以来，高门士族政治上进一步衰落。出身低下的刘裕，建国后，大量起用次等士族或庶族、寒人参政，在政治上打击那些高门士族。虽然在经济和文化上，这些高门土族依然大致保持南渡以来的地位，他们也经常进入统治集团核心，但最高权力已经不在他们手里。
司马德文虽已逊位，也尽在刘裕的掌控之中，但如果没死，终为隐患。刘裕决定对司马德文下手。
刘裕便以毒酒一瓮，要前琅邪郎中令张伟，毒杀司马德文，张伟不忍毒死旧主，说：“鸩君以求生，不如死！”便在路上自饮而死。太常褚秀之、侍中褚淡之，都是司马德文王妃褚灵秀的哥哥。司马德文的妻妾中，每每有人生下男孩，刘裕便命褚秀之兄弟趁便扼杀。秀之兄弟方便杀之。司马德文自逊位后，深虑祸及于自己，就与褚妃同住一室，自己亲自煮食于床前，饮食都是褚妃亲自操办，故刘裕的难有机会下手。
元熙三年（421年）九月，刘裕令褚淡之与哥哥右卫将军褚叔度前往探视褚妃，褚妃出来在另一房间与二位兄长相见。伏兵翻墙而入，把毒药递给司马德文。司马德文不肯饮服，说道：“佛教，自杀者不复得人身。”士卒一拥而上，用被蒙住司马德文的头，将他闷死。
由于刘裕做事实在太过毒辣，王夫之因而在《读通鉴论》卷十五·宋武帝一文中评论说：“宋可以有天厂者也．而其为神人之所愤怒者，恶莫烈于猫君。篡之相仍，自曹氏而已然，宋因之耳。弑则自宋倡之。其后相习，而受夺之主必死于兵与酖。夫安帝之无能为也，恭帝则欣欣然授之宋而无异心，宋抑可以安之矣；而决于弑焉，何其忍也！宋之邪心，固有自以萌而不可戢矣。”
之前曹丕禅汉，司马炎禅魏，刘协和曹奂均保全性命，得终天年。刘裕却开了一个极不好的先例，司马德文当初让位时半点犹豫也没有，算是对得起刘裕了，刘裕也没放过他。
刘裕对百姓而言，还是不错的皇帝。刘裕登基后，实行亲民政策，下诏褒奖贤良，并关心百姓疾苦，整改晋末以来混乱的司法制废，洗消冤狱。
永初三年（422年）三月，皇太子刘义符常和一些奸佞小人厮混，谢晦曾对刘宋武帝说：“陛下春秋既高，宜思存万世，神器至重，不可使负荷非才。”刘裕问道：“庐陵何如？”谢晦说：“臣请观焉。”出宫后即去拜访庐陵王刘义真。刘义真盛情款待与之长谈，谢晦支吾不愿以答。回宫对宋武帝刘裕说：“德轻于才，非人主也。”。其后，刘裕命刘义真出任都督南豫、豫、雍、司、秦、并六州诸军事、车骑将军、开府仪同三司、南豫州刺史。
十二、病重去世
永初三年（422年），刘裕计划出征北魏，但自三月起开始患病，因而作罢。同月曾短暂病愈。
永初三年（422年）五月，刘宋武帝病重，召太子刘义符于床前，告诫他说：“檀道济虽有干略，而无远志，非如兄韶有难御之气也。徐羡之、傅亮，当无异图。谢晦数从征伐，颇识机变，若有同异，必此人也。”然后，刘裕亲下遗诏：“后世若有幼主，朝事一委宰相，母后不烦临朝。”司空徐羡之、中书令傅亮、领军将军谢晦、镇北将军檀道济，共同接受遗命。即令这四人为顾命大臣，辅助太子刘义符。
刘宋武帝刘裕在西殿去世。
刘裕生前“清简寡欲”，严整而有法度。衣服和住所“俭于布素”，游览欢宴也很少，后宫嫔妃也不多。他曾经获得后秦姚兴的侄女，倍加宠爱，因而误了政事。谢晦稍加劝谏，他立即把姚妃“即时遣出”。刘裕的财帛全放国库，宫内没有私藏。岭南曾进贡一种筒装细布，竟有八丈，刘裕嫌它过于精美华丽，耗费太过，于是他令有司，弹劾岭南太守，把进贡的细布还给之，并且亲自下令禁止岭南织做这种细布，此令是否过苛，有待商榷。公主出嫁，嫁妆不过二十万，无锦绣等精品。内外都严格尊奉这些禁约，“莫敢为侈靡”。