EasyStat新功能添加-堆叠柱状图展示差异-显著性字母标记
写在前面
这种堆叠柱状图的方式展示对于我们微生物组数据十分重要,所以我加入了这种方式,但是我们知道目前大部分的堆叠柱状图展示物种丰度都是不添加显著性标记的,这里我们更进一步,给他添加上显著性标记,使用的是EasyStat做分析,当然现在也将这种方式作为指标的一种展示方法。显著性标记方法。目前十分好用,直接运行一条代码即可得到结果。
由于堆叠柱状图上添加误差线不太美观,所以,我设置的是否添加误差线的errbar参数,大家可以自己选择是否添加误差线,其次这里计算误差我使用的是SE,SD太大了,更加不美观。
如果大家有什么需求,尤其是在差异分析和可视化展示方向,我都会考虑到的,因为这个包的定位就是差异分析一站式解决。
实战
载入R包
library(EasyStat)
library(ggplot2)# 用于作图
library("dplyr")# 用于数据处理
内置数据 data_wt
result = MuiKwWlx(data = data_wt,num = c(4,9,8))
res <- MuiPlotStackBar(data = data_wt,i = c(4,9,8) ,result = result)
res[[1]]
由于数据已经标准化了,这里我们改编一下
# 由于数据已经标准化了,这里我们改编一下
env$env4 <- env$env4^2
env$env5 <- env$env5^2
result = MuiKwWlx(data = env,num = c(3,4))
res <- MuiPlotStackBar(data = env,i = c(3,4) ,result = result,errbar = FALSE)
res[[1]]
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