Nature子刊：癌症发生时，哪个基因最常突变？
索尔克生物研究所的助理教授Edward Stites及其信息学团队将基因突变信息与癌症发病率数据相结合，以揭示美国整个癌症患者群体的遗传基础。
在过去十几年中，癌症研究人员一直在使用DNA测序技术来鉴定导致癌症的基因突变。如今，索尔克生物研究所的助理教授Edward Stites及其信息学团队将基因突变信息与癌症发病率数据相结合，以揭示美国整个癌症患者群体的遗传基础。
该研究成果于2021年10月13日发表在《Nature Communications》杂志上，揭示了癌症患者群体中每个基因的突变常见程度。这些发现有助于指导基因研究，从而开发出更有效的治疗方法。
“这篇论文回答了一个非常基本的问题：人类癌症中最常见的突变基因是什么?” Stites谈道，他也是一名医生。“让我们令人惊讶的是，这个问题在过去并没有答案。”
基因突变在癌症的发展和生长中起着重要作用。它们也可以作为有效治疗的靶点。然而，尽管许多研究已经确定了与某些癌症（比如乳腺癌或淋巴瘤）相关的突变，但还没有人设法将这些数据结合起来，揭示整个癌症患者群体中哪些突变最常见。每一种癌症都是独特的，因此难以确定哪些致癌基因和哪些药物靶点应该优先研究。
在这项新研究中，Stites的团队结合了基因组学和流行病学研究的数据集，以确定所有癌症患者中各个基因发生突变的比例。虽然这项任务最初看起来很简单，但他们很快就发现了为什么很难回答这个问题：基因组和流行病学研究没有对各种癌症使用共同的命名系统。
例如，一些研究人员根据身体部位对癌症进行分类，而另一些研究人员则根据肿瘤类型对癌症进行分类，许多研究人员将两者结合使用。这使得数据集很难比对，而数据比对对于确定不同突变的常见程度至关重要。
为了克服这一挑战，科学家们仔细分析了200多项研究，并根据一致的命名系统对每种癌症进行单独审查和重新分类。然后他们比较了数据集，并将某些癌症更常见的因素考虑在内。他们发现，TP53 是最常见的突变基因（34.5%），而KMT2C、KMT2D和ARID1A都属于十大最常见的突变驱动基因，突出了表观遗传失调在癌症中的作用。
当他们分析数据时，他们发现一些广为流传的观点是错误的。例如，KRAS是一个重要的致癌基因，据信在 25%的癌症中发生了突变；相反，研究发现只有10.5%的癌症与它有关，低于PIK3CA（13.5%）并略高于BRAF（7.6%）。这是整体趋势中的一部分，说明个体基因突变不如以前认为的那么普遍。
Stites说：“这些结果表明，有必要重新评估人们将时间、注意力和资源集中在哪里。我们应当将研究精力更均衡地放在不同的癌症遗传原因上，并且更均衡地开展癌症新疗法的开发，因为靶向特定突变的影响将比想象的要小。”
参考文献
Cancer gene mutation frequencies for the U.S. population
文章来源：生物通