Qiime2跑16s笔记分享之Qiime2的安装

摘要:对于Qiime2其它方式安装已经有很多推送了,但是在服务器权限有限,作为windows系统,基于vbox安装Qiime2也算是一种尝鲜的体验了


官方qiime2安装使用虚拟机安装教程在此,没兴趣看我啰嗦的请默默复制网址;

https://docs.qiime2.org/2017.12/install/virtual/virtualbox/?highlight=qiime%20tools%20import


本次安装基于2017.12版本的Qiime2,安装环境为wondows7,已在wondows10测试,均没有问题。本教程基于本人电脑亲测流程。


建议大家安装最新版本的VirtualBox(https://www.virtualbox.org/),本人由于早期安装Qiime1使用的是较早版本的VirtualBox-5.0.14-105127-Win,想图省事直接新建Qiime2,当然失败的一塌糊涂。


下载VirtualBox,安装,打开就是如图所示,我就在原来基础之上新建一个Qiime2wt3:

打开新建如图填入信息:

点击下一步,分配内存这个依据个人电脑情况,现如今Hiseq测得数列动辄就4万条以上,大几十个样品轻轻松松上1G,如果是这样,没有8G运存显然无法顺利运行,个人电脑上如果要作分析,条件允许分配16G运存,处理起来当然会很多。

点击下一步,选择已经下载好的镜像文件(没有文件的在先前官网链接去寻找镜像):

点击创建:

点击设置-共享文件夹-带加号的文件夹形状:

选择文件夹,选择自动挂载:

打开Qiime2,密码默认qiime2(全部小写):

进入主页,就像这样,我的比较杂乱,请忽视:

点击共享文件夹,设置为双向,安装增强功能,点看,输入密码qiime2,开始run,完成之后,重启系统:

重启系统,发现发现共享文件夹在这个位置:

这个位置我们调用有些不便,就在这个位置//media/sf_Shared_Folder/,qiime1的习惯要求我们将这个文件夹里放置于桌面,并命名成我们熟悉的样子打开terminal:

  • ln -s ///media/sf_Shared_Folder ~/Desktop/shared_Folder

我们需要修改时间,不是中国时间,方便我们寻找文件,选择上海时间即可:

由于是初始状态下,我们设置根目录密码:

  • sudo passwd

在弹出的password中设置密码,我的密码为:qiime2(系统不会显示字母的,别管他)顺利进入根目录,本操作方便之后我们安装许多软件:


安装就到此为止了,希望大家安装顺利

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