对比刚发表的2区6.5分生信文章和我们的泛癌分析内容
今天给大家介绍一篇刚刚发表的2区6.5分的单基因免疫相关泛癌分析，并跟我们做的泛癌文章示例数据做对比。对于单基因的分析，挑选基因最为关键。小编认为容易发表的基因要符合以下几点（符合条件越多越好）：
1 在多种肿瘤中该基因高表达
2 在多种肿瘤中该基因高表达的患者预后差
3 在多种肿瘤中该基因在高分期表达较高
4 不同肿瘤中的富集分析有比较集中的几种结果
5 在一种或者多种肿瘤中与特定免疫细胞浸润相关，如巨噬细胞，CD8T细胞等
6 最好用不同的方法证明5中的结论
7 在某一种或者几种肿瘤中集中于一些免疫相关基因相关性高
8 该基因最好报道过，但是又研究较少，有一定新颖性
如果能筛选到这样的基因，再添加单基因的各种层面分析，肯定是比较容易接收的。需要筛选基因，或者你有目的基因需要分析，可以随时联系小编。无中介/销售，直接可与小编联系。
文章名：Pan-Cancer Analysis of the Prognostic and Immunological Role of HSF1: A Potential Target for Survival and Immunotherapy
杂志：Oxidative Medicine and Cellular Longevity
影响因子：6.543
（这本杂志我也投过，一个比本篇文章内容更丰富的泛癌分析。2个多月后才分配编辑，分配编辑后第二天就模板拒稿，所以谨慎投稿！）
直接进入结果部分
Figure 1+Figure 2：该基因的差异表达分析，包括mRNA和蛋白水平，以及分期表达
作为对比，我们的分析结果是这样的
其中蛋白表达水平可以直接进入Ualcan数据库搜索下载，我们也出过数据库的使用教程
（注意，有TCGA蛋白表达数据的基因只是一小部分基因）
Figure 3+Figure 4
该基因的预后分析
作为对比，我们的泛癌分析中也包含了大量的预后分析内容
Figure 5 该基因的甲基化和突变情况
作为对比，我们的泛癌分析有
（甲基化的生存分析在上一部分预后分析中已经有包含）
Figure 6
基因的磷酸化水平
这里的结果也是在线数据库可以直接出图。具体教程见
另外，作者很用心的做了模式图，给作者点个赞！
（注意，不是所有基因都有甲基化数据，蛋白表达数据以及磷酸化数据）
Figure 7 该基因的富集分析
作为对比，我们的泛癌分析有
Figure 8 基因与免疫细胞浸润的相关性
Figure 9 基因与免疫检查点的相关性
Figure 10 基因与TMB和MSI的相关性
作为对比，我们的泛癌分析内容有
在肿瘤微环境方面：
先从肿瘤微环境入手，再过度到免疫微环境。具体的结果
该基因与肿瘤微环境的相关性分析
这里的肿瘤微环境包含3类。
1：肿瘤免疫微环境评估；
2：DNA损伤修复程度评估；
3：肿瘤基质微环境评估
利用热图汇总33种肿瘤的结果（一眼就可以看出该基因在哪一种肿瘤中与肿瘤微环境调节相关）
ESTIMATE分析
分别在每种肿瘤中，
基因与ESTIMATEScore，ImmuneScore，StromalScore和TumorPurity相关性
基因在泛癌中的相关性用热图展示
在免疫微环境方面，我们使用3种免疫细胞浸润数据的来源，来基因基因的泛癌分析
免疫细胞分析（数据来源一）
1 在32个肿瘤（去除LAML）中，该基因与26种免疫细胞浸润的相关性分析结果，及circle图。（pearson）
2 基因与免疫细胞浸润的相关性点线图
32*26张图，比如肝癌中某基因与巨噬细胞的相关性。
3 免疫细胞差异表达图
在32个肿瘤中，分别用该基因的中位数将样本分为高低表达组，对免疫细胞进行差异表达作图。共32张图。
4 免疫细胞与基因相关性热图
根据相关性系数和p值做了相关性热图
免疫细胞分析（数据来源二）
这里使用了第二种免疫细胞浸润数据来源，结果当然是哪一种结果好，用哪一种，两种结果一致，就都用。
免疫细胞分析（数据来源三）
这里使用了TIMER2数据库来源的免疫细胞浸润分析，然后在泛癌中与基因进行相关性分析
在于免疫基因相关性分析方面
1 MHC分子
2 免疫抑制基因
3 免疫检查点
4 免疫激活基因
5 趋化因子
6 趋化因子受体
7 m6a基因
8 铁死亡相关基因
该基因于TMB MSI的相关性
TMB：肿瘤突变符合
MSI：微卫星不稳定性
1 与TMB的相关性，包含
单癌种相关性图
泛癌相关性棒棒糖图
泛癌相关性雷达图
2 MSI结果同上
另外，我们还做了耐药相关分析
1 该基因与药物的IC50相关性（192种药物）
该基因高低表达组药物的IC50的差异（192种药物）
另外需要做其他分析，均可以与小编联系咨询。