权威专家共话“中国TMB标准化项目”重大意义
圆桌嘉宾
应建明教授 中国医学科学院肿瘤医院 病理科主任
周晓燕教授 复旦大学附属肿瘤医院 病理科副主任
黄杰研究员 中国食品药品检定研究院 非传染病诊断试剂室主任
叶凯教授 西安交通大学 青年科学家实验室主任
李程研究员 北京大学生命科学学院 生物信息本科教研室主任
张绪超教授 广东省肺癌研究所 所长
凌少平博士 抗癌登月大数据平台发起人/志诺维思 创始人&CEO
中国TMB标准化项目与世界范围内已开展的TMB标准化项目的异同
应建明：我是从临床应用的角度来考虑这个项目的。大部分从业公司的大Panel研发是以海外的大Panel产品为基础，通过阅读文献或利用公共数据创建大Panel，但在实际进入到临床应用中，首先TMB肯定需要大Panel，但是大Panel不一定能够代表TMB，我觉得这是两个完全不同的概念。所以我们这个项目是从最基本的质控开始，后面黄杰教授可能也会提到这一点，从临床样本到临床医生看到报告，对其中所有要素进行考察是这个项目的中国特色。
TMB在国外的临床应用，无论是FMI这类大型第三方公司，还是像MSKCC这种大型医院都已经大规模开展了大panel检测。 但在中国，医院开展大Panel的检测亟待建立技术标准，虽然我们项目的名字叫TMB标准化，但实际我们是期望关注到大Panel的临床应用场景中的实际问题，通过这个TMB标准化项目来帮助到大Panel临床实际应用的各个层面的规范建立。
凌少平：好的，谢谢应主任。因为黄杰主任一直在这个领域开展工作，所以我们请黄主任来说一下，您是怎么看这个项目和海外的差别？
黄杰：从我的理解角度来看，TMB这个项目跟以往的热点突变检测的质控要求、分析解读都有较大差别。我们综合采用了国外两个机构——FOCR和QUIP的主体方案，在设计方案的时候从头到尾，从公共数据库到临床分析，进行全流程覆盖，比以上两个机构考虑的阶段更全面。这是因为国内的检测和国外的检测有较大差别，国外可以通过本机构内的数据积累和复核之后，提供更多的质控的数据和支持，但是国内目前比较分散，没有机构能够有这么多的数据来进行自身质量控制的提升。所以我们是根据国内的实际情况和针对这类产品的监管现状，提出了一个全流程覆盖的标准化项目。
凌少平：好的，谢谢黄主任。之前肿瘤咨询也访问过张绪超所长如何看TMB标准化在国内的现状(http://www.liangyihui.net/doc/66070)，我们请张所长也来谈一下第一个话题。
张绪超：我也非常认同应主任和黄主任的观点。我个人认为相同的地方有几点：
（1）目的是验证TMB在国内多家商业公司之间是否有很好的一致性；
（2）TMB是否能够达到不同分析平台通用的标准化水平。
另外差异也非常明确：
我们在国外成熟的步骤基础上，把原来的1、2步合为第一阶段，第3步作为单独的第二阶段专门做临床有效性的验证，这是非常好的设计，时间上更节省。
在应用上也很有意义，在项目实施过程中会跟临床的疗效去结合探索临床相关性，这样就可以把药厂和检测技术公司的产品、临床应用项目联系起来，形成多方合作共赢的一个方式。
这些数据如果可以形成一个开放性大数据集释放出来，供学术界应用，这对于整个肿瘤学研究的推动是非常好的。
在FocR和Quip这两个项目中目前没有考虑可复用评估体系的建立，在我们的项目中抗癌登月平台所搭建的可复用分析评估体系和研究协作平台（网络）对今后整个精准医疗行业的规范化发展是有本质性好处的。
凌少平：好的，谢谢张所长，接下来我们就进入到第二个问题。
为什么项目需要搭建可复用的检测标准化评估云平台（第一阶段）和真实世界研究的协作网络和数据库（第二阶段）
凌少平：第二个问题涉及到整个项目的设计，我们还是请应主任来说一下在项目的设计之初为什么分成两个阶段？这两个阶段为什么需要一个可复用的云平台和数据库的落地。
应建明：这个项目起初来源于我院抗肿瘤临床研究GCP中心李宁主任发起的一个跨癌肿多平台的临床试验Platform，李主任也是我们项目工作组的专家成员。由于样品珍贵，我们的确需要考虑需要分阶段来优选检测方案，这就涉及到对于多个检测平台的选择问题。分阶段的想法也是在做的过程中逐步完善的，想要一步实现最初的目标，得出各个癌种之间TMB区化的阈值、收集到临床有意义的数据，其实比较艰难。之前也提到，大panel在临床应用首先考虑准确性，所以在确保第一阶段完全能够实现临床应用的情况下，才去考虑第二阶段。还有一个最重要的原因是参与TMB项目的公司比较多，就有一个比较矛盾的关系，一方面希望更多企业参与其中，通过项目不断调优产品，为中国的患者和临床医生服务。但是大家也认识到项目本身太庞大，通过第一阶段我们可以判断参与企业产品的准确性，在第二阶段企业能够通过数据库或者通过1000X/1500X WES产生的数据去做TMB的拟合，这也可以帮助企业去还原第二阶段以WES建立的TMB获益基线。所以综合考虑，两个阶段还是非常符合企业和项目组的工作量。
叶凯：搭建可复用的检测标准化评估云平台是很关键的。因为涉及到整个流程要标准化，从病人样本采集、样本运输、提取DNA、测序和数据分析，前面几个流程的质控从黄杰主任那就已经做的很好了。从计算的角度来说，计算的可重复性是很重要的，每家公司自己分析了数据之后，可能会人为进行过滤，我们希望能把这些数据过滤工作标准化，将标准化的过滤手段、计算方法以可复用的方式放在云平台，可以更好地进行评估，也可以反复进行使用，这对整个业界来说是非常重要的。
李程：我的理解是第一阶段尽量检测精确一些，第二阶段是划分一个基线，来区分响应和不响应的阈值。但是从统计学角度来说，如果用X来预测Y的话，会先假设X和Y可能共同有一个统计的分布，就像叶凯教授讲的变异探测的贝叶斯模型，假如有一个数据集知道某个基因组位置容易发生某种变异，可以作为一个先验分布，帮助我们判断一个新来的样本结合先验分布的变异概率，加上这个样本本身的数据，能够给出一个更准确的后验概率值。如果第一阶段和第二阶段都只关注到TMB这一个指标，并假定能得到免疫检查点用药的TMB获益基线，这可能在肿瘤生物学和统计学上都是一个太强的假设。如果说我们的目标是想用TMB结合各种各样的指标，比如说染色体不稳定性、免疫微环境、年龄等指标来做对免疫治疗的预后预测模型，我认为可能最终的获益基线不是一个阈值，而是一个包含更多标记物的组合预测模型。
凌少平：其实李程老师已经把第四个话题引出来了，黄杰主任从检测产品的注册标准的角度，就已经开始关注到其他一些跨癌肿应用的重要指标了，包括PD-L1，HRD等一些标记物指标。黄主任请您来谈一下关于标记物，我们需要在临床研究中需要积累什么样的数据，这些标记物将来是否可能合并起来用于疗效基线的划定？多种标记物可能比单一标记物对病人获益人群分层来说可能更有效，但是从伴随诊断注册的角度又会显得很复杂，您怎么看待这个问题？（回答见第4个问题黄杰的回答）
中国TMB标准化项目对国内创新药和相关伴随诊断产品开发的意义
凌少平：接下来我们进入到第三个问题，先请周晓燕教授来分享一下。
周晓燕：首先感谢应主任、黄杰主任和凌博士在项目和评估平台的设计上花了很多心血，做了很完善的计划。TMB标准化项目对伴随诊断检测、临床药物的使用都有非常重要的意义。国外已经把TMB作为伴随诊断的一个标志物应用到免疫治疗中，国内目前有很多检测公司和医院都在做，但是大家都不是很清楚做的对还是不对，所以通过这个项目可以来验证和评估我们检测的能力。TMB标准化项目，实际上对检测公司和整个行业发展是非常有价值的。最终能够达到临床应用，对于很多免疫治疗的药厂及IVD产品以及临床病人的获益是有很大价值的。
应建明：我补充一点，因为我们经常参与创新药和伴随诊断产品的评审，其实有一点最重要的是关于每一个产品在申请的时候必须有真实世界实际应用的数据，但在我们前几年评审的时候以及TMB在申请的时候，都碰到了比较尴尬的问题，提供不了关于产品和临床疗效相关的真实世界数据，所以评审基本上会被退回。其实我们也不能确定这个项目是否能给TMB检测或免疫治疗药物提供足够的临床证据，但如果企业参与了这种公认的标准化项目，并获得权威性评估结果，是否能够作为选择检测产品的一种参考；项目中的真实世界研究结果可以作为药物疗效获益证据，我想未来也是可以考虑的。
凌少平：黄杰主任一直工作在检测产品NMPA注册标准的领域中，所以关于这个问题请黄主任总结发言。
黄杰：刚才周主任和应主任已经说的很全面了。从我的角度来说，希望有更多的数据产出之后，能够为企业创新药和伴随诊断产品性能评价提供一部分数据支持，这里面涉及到一些法规和政策问题可以再继续讨论。我们还是希望项目本身从技术层面上实现一定的功能，比如可复用的评估云平台；能够形成一些数据支撑，来提供一些临床证据。
中国TMB标准化项目将如何开展第二阶段多中心真实世界研究，除了关注TMB，还关注其他生物标志物吗？
黄杰：我们认为TMB不能解决目前免疫治疗的所有问题，只是作为一个目前大家比较认可的标志物在应用，一定是要和其他指标、结合临床研究的相关证据来综合进行应用的，所以针对标志物来说肯定是要考虑到目前一些最新的研究进展，包括肿瘤微环境、基因表达谱等水平进行总体分析。但是在这个项目当中是希望尽量简化，项目太庞大，要考虑的参数太多，人力物力很难跟上，希望能够产出一个阶段性的成果，进行下一步的时候才有充分的导向性。其他标志物一定是有的，但是是否需要同时纳入进去，要看样本、数据积累和数据分析过程中能否看到非常明显的或突破性的预测结果，才会考虑项目规划上的变更。目前还是希望能够以一个相对简化的方案把现有工作完成。
凌少平：好的，黄主任也对项目的可控性和阶段性成果提出了希望。张绪超所长一直在牵头组织很多免疫治疗的临床试验和临床研究，您怎么看待第二阶段真实世界研究所要关注的biomarkers，以及跟这个项目本身成本和时间付出的平衡？
张绪超：好的，谢谢凌博士，这是一个很好的问题。我也同意刚才黄杰主任的观点，这个项目首先我们要关注最主要目的，然后再关注探索性的问题。这个项目的主要目的，就是如何把TMB在国内的标准化工作做好。关于biomarker的研究，有些biomarker非常具有潜在临床转化意义。如果是有公司参与我们是非常鼓励的，对于参与到这个项目的企业可以捆绑biomarker的研究，这样效率也会大大提高。
biomarker的研究可以揭示内在机制，指导临床是否联合用药以及耐药后是否有其他的免疫标志物在起作用，随着未来探索的数据越来越多，我们可能会看到一些biomarker进入到临床。所以综合来看，biomarker还是有必要整合到临床研究中，但是属于探索性阶段。目前依然应该把主要目标作为研究重点。
凌少平：好的，跨肿瘤的biomarker中MSI算是第一个，TMB应该是第二个，第三个可能是HRD，周老师对HRD的研究很深，也一直在考虑HRD这个标记物的标准化和相关检测，同时这些标记物也是我们分子病理行业关心的核心内容，请周老师谈一下除了TMB以外的其他标记物，如HRD在肿瘤药物疗效分层研究上的价值。
周晓燕：我认为在这个研究当中可以去探索更多的标记物，关键可能在第二阶段的临床设计，我们选择什么样的样本、病例，在项目开展之初，需要有一个好的临床设计。不同的肿瘤可能会呈现不同的结果，所以可以根据临床疗效的结果来分析标记物。刚才各位教授都提到了TMB不是唯一的，肯定有很多标记物，包括比较公认的PD-L1、MSI，还有单基因的错义突变、融合基因、基因共突变，都可能有很好的免疫治疗疗效，所以可以通过不同的biomarker探索内在的机制。刚才凌博士是提到了HRD，在临床上是有很多需求的，实际上前段时间也已经制定了关于HRD的临床指南。大家都非常清楚HRD临床指南的制定还缺乏很多基础的检测数据，跟TMB非常类似。所以这个TMB项目的价值不仅在TMB本身，可能有更多免疫治疗标记物的衍生，以及对多中心、多领域合作的推动。
凌少平：好的，谢谢周主任。关于HRD的注册标准，其实黄杰主任已经有一些思考，有请黄主任做一些剧透。
黄杰：HRD这个标记物，目前还是认为实际上是把算法作为biomarker来用的。针对这种算法的标准化来说，目前还没有很好的概念。同时，临床反馈也是HRD的检测在某些病例中也存在假阴和假阳的问题，所以还要进一步积累相应的数据之后，再考虑把目前这几种检测方法进行比较和总结，再讨论什么方式更能符合这个产品临床应用的特点。
中国TMB标准化项目对于普通肿瘤患者的意义
凌少平：好，第四个话题就讨论到这。第五个话题是一个相对具有普遍意义的问题，我们认为这个项目对创新药、伴随诊断产品有产业化推动的作用，但对于普通患者有什么样的意义呢？先请张绪超所长来解答一下。
张绪超：我觉得这个对于普通患者的意义是非常大的。因为我们做这个项目的目的不仅是把检测技术在中国临床实现标准化，最主要的目的还是让患者受益，用TMB这个指标筛选出能够进行免疫治疗的病人，这才是最终的临床意义。很多biomarker在涉及到定量或半定量的时候，临床引用总存在各种问题。比如PD-L1半定量，不同的平台不同的抗体，不同的评价方法，肯定结果不一样。TMB和C-Met也存在相同的问题，所以对于它的标准化非常有必要，最终转化到患者有效的临床应用中去。
凌少平：第五个问题我们稍微展开一点，黄主任这个项目如果顺利进行，将来对于我们在国内建立注册标准。您觉得会有什么启示吗？
黄杰：这种标准的建立过程，实际上是数据积累和各方利益平衡和妥协的过程。对于产品注册，通过这个项目可以开拓标准建立过程的新方法和新思路。我们通过多中心的研究和多家单位参与，在整个实现过程中把这些所有的分歧点都取得一致，就能形成一致性的标准。
凌少平：好的，周主任您觉得这个项目对分子病理的发展有什么好处？
周晓燕：这个项目对分子病理肯定有极大的推动。之前我们一直认为在病理领域里面生信是一个深不可测的难点，但是现在很多生信专家都参与到这个项目中，所以非常有信心通过这个项目把我们的分子病理做的更好，包括生信解读、临床报告发放。我觉得这个行业的发展一定是多学科、多专业来共同推动发展的。
总结
凌少平：那我们最后再请每位专家总结一句话表达对项目的期望
周晓燕：衷心祝愿中国TMB标准化项目能够顺利实施，而且得到圆满的结果。
叶凯：非常高兴能够参与到这个项目里来，希望能够对这个项目有所帮助。
黄杰：呼吁有更多的临床机构、检验检测机构、产品研发机构一起，把TMB标准化和分子诊断项目的质量提升，提高我们的水平，和国际上的检验检测机构竞争。
李程：我希望这个项目产生的数据能借鉴TCGA或者ENCODE这样的项目，在项目进展过程中把数据分享出来，吸引更多的做科研的生物信息同行和统计学同行参与进来，帮助设计实验、分析数据和开发新算法。
张绪超：团结一致做好项目，促进中国TMB临床应用标准化和规范化。
应主任：期望跟工作组专家一道，推进中国TMB标准化项目顺利进行。
排版编辑：yezi