《三国志·魏书》中有记载：袁绍宿与故太尉杨彪、大长秋梁绍、少府孔融有隙，欲使公以他过诛之。
袁绍与孔融之间不合，曾经想要让曹操伺机将其杀死。但是曹操认为现在正是人与人之间相互猜忌的时期，如果杀掉孔融，会让天下人都望而却步，转投他处。于是并没有听从袁绍的建议，由此袁绍也对曹操有了怨恨之心。裴松之在后来对三国志作注解时，也对孔融之死表述了自己的看法，他认为曹操一开始说不杀孔融，但是后来还是将其杀了，所以曹操是一个言行不一的人。但事情并没有这么简单，如果说曹操言行不一，那么曹魏势力也不会有众多豪杰前去投奔。孔融的死亡时间，是曹操在官渡之战消灭袁绍后，南下进攻荆州刘表的时候。
在东汉末年这个时期，朝廷在选拔人才上采用“郡察孝廉，州举茂才”的察举制度，但在实际过程中，却有不少滥竽充数的人。这些人大多都是世家子弟，通过家族的关系，或者以金银贿赂来获得每年的名额。甚至闹出了州郡察举上去的秀才没读过书，孝廉逼走父亲的笑话。
而且东汉时期特别注重天下名士对一个人的评价，袁绍怕被许劭说自己的坏话，于是遣散追随的众人，独自乘车前往当时许劭所在的郡县；曹操也是在得到许劭评价说：“治世之能臣，乱世之奸雄”后才声名远传。孔融是孔子后代，在其少年时期，便显露出异于常人的才华，而且更是有名的大孝子，同他的母亲和兄长争着承担死刑，出身、才能和孝顺，恰恰是当时人们所看重的几样标准，为孔融赢得了极好的名声。东汉的儒家又分为清派和浊派，浊派主要是那些宦官、奸臣，双方之间的争斗非常激烈，为了保持自己的好名声，孔融这样的清派是坚决不会同浊派来往，若是扯上了一点关系，就会受到清派其他士人的排挤。黄巾之乱爆发后，孔融认为百姓之所以起义反叛，主要在于没有做好人们的教育工作，于是他修复城池，建立学校，挑选贤能的人才。只不过此时的东汉已经分崩离析，这种做法没有办法取得显著的效果。
曹操的父亲过继给了宦官曹腾，曹操也被打上了浊派的标签，像清派的袁绍、孔融这些人，自然是不肯为曹操效力，曹操只能寻求荀彧这样的浊派帮助自己。
清派还有一个特点就是坚决维护汉朝的统治，但这些文人又自作清高，认为浊派不会想着光复汉室，只想取而代之。东汉当时除了四世三公的袁氏之外，同一地位的还有杨氏，杨修就是杨氏子弟。身为清派的杨修，自然不肯为曹操效力。在曹操“挟天子以令诸侯之后”，来到曹操麾下，只是非但不出谋划策，反而还经常扰乱军心，后来曹植同曹丕之间的争斗也有他的身影，所以曹操才要杀他。同为清派的孔融，自然也是要和曹操唱反调，不懂变通的他嘲讽曹操制定的禁酒令，卖弄文字说：
天有酒旗之星，地列酒泉之郡，人有旨酒之德，故尧不饮千钟，无以成其圣。且桀纣以色亡国，今令不禁婚姻也。
那么当时曹操又为什么要制定禁酒令呢？记载中说“年饥兵兴”，正是因为当时正闹饥荒，又没有办法削减军队，为了节约粮食，曹操才下令禁止酿酒。
官渡之战时，孔融认为袁绍地广兵强，手下又有田丰、许攸这些名士为之出谋划策，审配、逢纪在内辅佐，大将颜良文丑更是勇冠三军。荀彧为其一一解惑，说道：“袁绍虽然士兵众多，但是军纪不严。田丰刚而犯上，许攸贪而不治。审配专而无谋，逢纪果而自用，这两人留着后方，若是许攸家人犯法，必定不能放纵，而要是抓获许攸的家人，那许攸肯定会叛变袁绍。至于颜良、文丑，匹夫之勇而已。”
后来官渡之战的发展果然同荀彧的分析一样，以曹操的胜利结束。文章开头已经说了袁绍和孔融之间是有仇怨的，那孔融自然不是拥护袁绍才对其那么推崇，这也证明这些清派的想法是没办法进行实战的。曹操后来多次针对这些清派下达法令，比较出名的就是“治平尚德行”，大意是说并非不要德行，而是安定的年代才能讲德行，现在处于战乱年代，实行法治是必须的。还有一道法令比较有意思，令中曹操强调不能拉帮结派，就是在暗示那些不干正事，经常聚集在一起评论别人是非的清派人士。而且还举了几个例子说明：“一人本没有兄长，却被说和自己的嫂子私通；还有一人娶了三个孤儿，却被说私下毒打她们的母亲。”这种现象形成的主要原因，就是那些喜爱没事评价别人的清派最先发起的，汉朝察举制度本意是好的，一开始的时候也确实能够为朝廷吸纳真正的人才，只是到了汉末的时候已经完全变了味道。
真正让曹操起了杀心，并付之行动的原因是在打败袁绍之后，曹操占据了冀州，为了安抚百姓施行儒家的教化之道，但是孔融竭力阻止曹操的政策，言辞激烈的四处宣传反儒家的思想。
曹操执政时推行唯才是举，不拘一格降人才，孔融之死不只是因为他不愿意和曹操合作，若是说两人私下里有恩怨，那张绣杀了曹操的儿子和大将，后来不也得到了曹操的重用。更多的是这些自喻清派的文学家们，只会空谈朝政不说，还要阻挠国家的治理，也证明了清派儒生不懂变通，不适合东汉末年的战乱时代。
