来给lncRNA找一个新的研究方向

我们知道，在lncRNA的研究当中，传统的lncRNA相关的ceRNA网络已经算是比较老的研究套路了。那如果在lncRNA这个老树上找到新的方向呢？今天就介绍一个可以预测lncRNA可变剪切的数据库 。这样我们就可以把lncRNA和可变剪切联合起来研究了。

这个数据库就是：LncAS2Cancer（https://lncrna2as.cd120.com/）。该数据库收集了5335个批量RNA测序和1826个单细胞RNA测序样本，涵盖了30多种癌症类型。

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在该数据库，我们可以使用不同的选项（如lncRNA类型，可变剪接类型，疾病等），多种检索方法来查询lncRNA的可变剪接事件，且可供下载，当然，该网站也可供用户提交lncRNA的新型剪接事件至LncAS2Cancer。

下面我们就其菜单栏的主要功能进行简单介绍。

1.  Search

（1）Basic

我们可以在搜索栏中直接检索AS ID和感兴趣的区域。可以通过基因名称，Ensembl ID，AS类型，组织，疾病，细胞系，Study ID，测序方法（bulk，single-cell）或数据库（SRA，ENCODE，CCLE）自动搜索AS事件。这里小编以XIST为例，进行简要介绍。选择Gene Name后，输入基因名，点击搜索按钮。

结果如下，每行提供AS事件的详细信息。其中AS事件基于人类参考序列版本hg38构建。

我们可以单击LncAS2Caner ID以查看详细信息。这里以LncAS2Caner ID：790581为例，进行简要介绍。

1） Gene Annotation

这里我们可以查看AS位点的基因信息。

为了显示该基因中的剪接位点，“Visualization”显示该基因的所有潜在剪接事件，“Highlight event”突出显示了该剪接位点以及相关外显子（红色），单击“Study ID”以显示每个研究中潜在的剪接事件。将鼠标悬停在外显子上可以显示具体位置。

“Distribution of Psi”显示给定AS在不同组织和疾病中PSI（Percent Spliced In）值的分布。PSI指剪切百分比，是可以量化可变剪切的指标。

2）Alternative Splicing Annotation

该部分显示了剪接位点的详细信息。可靠分数越高，意味着剪接事件越可信。

exonStart：发生SE事件的起始位置；

exonEnd：发生SE事件的终止位置；

upstreamES：发生SE事件上游exon的起始位置；

upstreamEE：发生SE事件上游exon的终止位置；

downstreamES：发生SE事件下游exon的起始位置；

downstreamEE：发生SE事件下游exon的终止位置。

“Sashimi plots”显示了在某研究中不同组别之间该剪接位点的显著事件。

当该研究中有临床数据时，将显示剪接事件的生存分析（根据PSI的中位数将其分为高低表达两组），如下图所示。若没有生存数据，则该部分不显示。

3）Genome Browser

此部分显示该lncRNA的基因，转录本信息，lncRNA-miRNA相互作用以及RNA结合蛋白，体细胞变异等多种信息。其中剪接区域突出显示。

（2）Advanced

可以输入区域，基因名和/或选择数据库，可变剪接类型，测序方法，疾病和/或细胞系来搜索数据。有效值可用于搜索重要事件。也可以选择组织或单击图像左侧的条形图以检索数据。

（3）Quick search

API和Batch search我们在Tools内再详细介绍。我们也可以在首页的搜索框内进行检索，整体与Basic search差不多。

2.  Tools

（1）Blast

输入目的序列以对LncAS2Caner中的AS事件进行blast。

（2）Batch search

可以批量搜索（基因名称，Ensembl ID，LncRNA类型，组织，疾病，细胞系，测序方法，AS类型，AS ID）。例如，我们可以在Acute_lymphoblastic_leukaemia中搜索两个lncRNA的剪接事件：XIST，TUG1。

（3）API

根据URL以获取数据。

我们只需要在网址栏内输入网址：https://lncrna2as.cd120.com/tools/api.php/a5ss?gene_name=SNHG1;disease=lung_cancer，运行后即可得到基因为SNHG1的A5SS在肺癌中的数据。

当然，想对上述数据进行下载的话直接复制粘贴至txt格式，然后用EXCEL打开即可。

3.  Download

在此部分中，我们可以从GENCODE和FANTOM下载不同的可变剪接事件及研究的原始数据计数。整个数据集也可以在该数据库的Figshare中下载。

4.  Submit

在这里可以我们将自己的数据提交到LncAS2Caner。其中红色区域是必填的哦！