多分组热图不用愁，Pheatmap来帮忙
【Pheatmap 绘制多分组热图】
热图作为实验数据分布情况的直观展示方法，已经成为高分文章的不错选择，它不仅可以对数据质量进行具像化展示，还可以对数据和样品进行聚类。在R中有多个包均可绘制热图，今天小锐给大家介绍一个可以绘制多个分组热图的R包， libarary（pheatmap）。
首先是准备工作
install.packages('pheatmap')#安装R包
library(pheatmap)#加载R包
data=read.table('for_plot_filter.txt',header=TRUE,row.names=1,sep='t',check.names=F,quote='')#加载数据。
数据文件的示例图
画个基础图形
pheatmap(data，filename = 'test.png') #绘制图形，并保存文件。
聚类调整
在默认情况下，生成的热图是含有行列聚类，如果不想显示聚类，可加入参数cluster_row = FALSE, cluster_col = FALSE，样品会按照输入顺序进行绘制。
pheatmap(data, cluster_row = TRUE, cluster_col = FALSE,filename = 'test.png')#行聚类，列不聚类
绘制单个分组信息
绘制单个分组信息，输入分组信息annotation_col添加列的注释信息。
colgroup=read.table('group.txt',sep='t',header=F,row.names=1,check.names=F,quote='')
colnames(colgroup)=c('Group')#分组文件设置列名
pheatmap(data,annotation_col = colgroup, filename = 'test.png')
左侧图为分组文件内容
绘制多个分组信息
绘制多个分组信息，annotation_col和annotation_row参数同时添加行和列的注释信息
colgroup=read.table('group.txt',sep='t',header=F,row.names=1,check.names=F,quote='')
rowgroup=read.table('taxon.txt',sep='t',header=F,row.names=1,check.names=F,quote='')
colnames(colgroup)=c('Group','Time','Other')#分组文件设置列名
colnames(rowgroup)=c('Class')
pheatmap(data,annotation_col = colgroup,
annotation_row=rowgroup, filename = 'test.png')
自定颜色列表
利用ann_colors自定注释信息的颜色列表
col = colorRampPalette(c('lightblue', 'yellow', 'orange', 'red'),bias=3)(300)#设置数据颜色
ann_colors = list( Time = c('white', 'firebrick'), Group = c(B ='#00447E',L= '#F34800'),
Class = c(taxon1 = '#64A10E', taxon2 = '#795EA2', taxon3 = '#3370CC') )#设置注释信息颜色
pheatmap(data,annotation_col = colgroup, annotation_row=rowgroup,
col=col,annotation_colors = ann_colors, filename = 'test.png')
结果分块
利用cutree_col,将列聚类结果分块要求队列聚类，gaps_row参数将行结果分块，要求对行不聚类
pheatmap(data, cluster_row = FALSE, cluster_col = TRUE, annotation_col = colgroup,
annotation_row=rowgroup, col=col, gaps_row = c(5, 10),#在5和10行添加分隔
annotation_colors = ann_colors, cutree_col=2,#聚类结果分成两类
filename = 'test.png')
其他参数
sacle： 按照'row”、 'column'或者'none'对数据进行归一化
legend_breaks：设定图例显示范围
legend_labels：设置图例标签
legend = FALSE：去掉图例
annotation_legend = FALSE：去掉注释图例
border_color：设定每个热图格子的边框色
display_numbers = TRUE：设定在每个热图格子中显示相应的数值，
number_color：设置数值字体的颜色
cellwidth和cellheight：设定每个热图格子的宽度和高度
main：添加主标题
fontsize_row 和fontsize_row：设置行名列名文字大小
未
完
待
续
下课铃响
今天的教学就到这咯
下期的生信课堂我们再见~
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供稿 | 宋瑞雪
编辑 | 鲁淑妮
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