shiny资源汇总

六年前还在上海工作的时候，机缘巧合接触了使用R语言的shiny体系搭建网页工具的技术，就一直身体力行的在我们生物信息学圈子里面推广它。自己一个人能做的很有限，很庆幸这些年有各式各样的小伙伴加入我们《生信技能树》小圈子，一起建设shiny知识体系。最近有空，就安排实习生整理了一下各个公众号关于R语言的shiny体系搭建网页工具的教程，供大家系统性学习！

• 一、入门资源 🚴

• 二、进阶资源 🚗

• 三、UI模板 🪵

• 四、UI组件 🎨

• 五、部署经验 ☁️

• 六、辅助工具 🔧

• 七、学无止境 📖

• 八、行业案例 🎮

一、入门资源 🚴

在造汽车之前，造辆自行车玩玩

有成就感的入门，为接下来枯燥无味的进阶积累一点点动力

1. 快速上手

   The written Shiny tutorial

   https://shiny.rstudio.com/tutorial/#written-tutorials

2. 理解原理

   课件

   https://github.com/rstudio-education/shiny.rstudio.com-tutorial

   视频

   https://shiny.rstudio.com/tutorial/#video-tutorials

3. 临摹案例

   挑感兴趣的或者与自己项目相关的细看，套用

   https://shiny.rstudio.com/gallery/

二、进阶资源 🚗

准备开始造汽车了

趁着入门刚做完有一种啥都能轻而易举掌握的自信，乘胜追击

1. Rstudio的shiny文档

   层次分明，步骤清晰

   https://shiny.rstudio.com/articles/

   

   image-20210318172549965

2. 一本系统又基础的书

   https://mastering-shiny.org/

3. 模块化开发

• 有效的使用模块化

  https://rpodcast.github.io/rsconf-2019

• golem框架（基于Shiny - Modularizing Shiny app code）

  https://github.com/ThinkR-open/golem

• 配套的书

  https://engineering-shiny.org/

• 视频讲座

  https://shinydevseries.com/post/episode-2-golem/

4. 实践教学

   https://yakdata.com/ultimate-guide-r-shiny-app-dashboards-2021

   R Shiny {golem} – Development to Production – Overview | R-bloggers

   A Complete Dashboard Project in R Shiny App | by Lasha Gochiashvili | Towards Data Science

三、UI模板 🪵

一个合适项目的模板事半功倍

1. dashboard

   http://rstudio.github.io/shinydashboard/ 复杂度低

   历史最久，应用最广

2. shinydashboardPlus

   https://github.com/RinteRface/shinydashboardPlus 复杂度低

3. bs4Dash

   https://github.com/RinteRface/bs4Dash/

   复杂度中等

   支持Bootstrap 4

4. shinyMobile

   https://github.com/RinteRface/shinyMobile/ 复杂度高

5. flexdashboard

   http://rmarkdown.rstudio.com/flexdashboard 复杂度高

6. argonDash

   https://github.com/RinteRface/argonDash 复杂度中等

   支持bootstrap4

7. shinymaterial

   https://github.com/ericrayanderson/shinymaterial 复杂度中等

   基于谷歌框架

8. semantic.dashboard

   https://github.com/Appsilon/shiny.semantic 复杂度低

   基于Fomantic UI

9. dashboardthemes

   https://github.com/nik01010/dashboardthemes 复杂度低

   增强dashboard的自定义

四、UI组件 🎨

shiny的配套设施

1. DT

   一个表格

   https://rstudio.github.io/DT/

2. 一个图标

   Icons | Font Awesome

   iconfont-阿里巴巴矢量图标库

3. 自动化画图主题

   Unified and Automatic Theming of ggplot2, lattice, and base R Graphics · thematic

4. 交互式图

   Create Interactive Graphs with Echarts JavaScript Version 5 · echarts4r

   An R package for interactive visualisations · g2r

5. 改良的小组件

   shinyWidgets

6. UI界面输入markdown文本

   jienagu/noteMD: Print text from shiny ui (support markdown syntax) to pdf or word report

7. 主题设置教程

   Styling Shiny & R Markdown with bslib & thematic

8. 不用dashboard的情况下设置shiny和Rmarkdown的主题

   Custom Bootstrap Sass Themes for shiny and rmarkdown · bslib

9. 用dashboard的情况下设置shiny的主题

   Fresh themes · fresh

10. 支持js

    shinyjs R package | by Dean Attali | Overview

11. 加载动画

• JohnCoene/waiter: 🕰️ Loading screens for Shiny
• Busy Indicator for Shiny Applications · shinybusy
• daattali/shinycssloaders: ⌛ Add loading animations to a Shiny output while it's recalculating
• emitanaka/shinycustomloader: Add a custom loader for R shiny

五、部署经验 ☁️

无论好坏，都要上线

1. shinyapp.io

   shinyapps.io user guide

2. Shiny-server

   Download Shiny Server - RStudio

3. Docker

   Deploy your RShiny App Locally with Docker

   An open-source solution to deploy enterprise-level R Shiny applications | by Mingchu Xu | Towards Data Science

4. AWS

   The Shiny AWS Book

5. ShinyProxy

六、辅助工具 🔧

1. 展示反应过程

   Reactivity Visualizer for shiny · reactlog

2. 展示使用记录

   dreamRs/shinylogs: Logs for Shiny apps

3. Packrat: Reproducible package management for R

4. Appsilon/shiny.i18n: Shiny applications internationalisation made easy

5. 工欲善其事，必先利其器

   anthonynorth/rscodeio: An RStudio theme inspired by Visual Studio Code.

七、学无止境 📖

纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行

一些文章和书

他们也许因为软件版本的迭代，在操作环节有一点点过时

• 在亚马逊服务器上部署

  DS4B 202A-R: Expert Shiny Developer with AWS | Business Science

• 一个github上例举各类shiny资源的列表

  grabear/awesome-rshiny: An awesome R-shiny list!

  nanxstats/awesome-shiny-extensions: 🐝 Awesome R packages that offer extended UI or server components for the R web framework Shiny

• 一个各种shiny开发者视频讲座

  Shiny Developer Series

• 一个shiny例子集合

  dreamRs shiny gallery

• js在shiny中的运用

  JavaScript 4 Shiny - Field Notes

• 没有shiny的shiny

  Shiny without Shiny: RTutor in RStudio’s new Visual Markdown Mode | R-bloggers

• 出色的UI设计

  Welcome | Outstanding User Interfaces with Shiny

• 怎么写小工具

• How to write a useful htmlwidgets in R: tips and walk-through a real example

• 什么是模块化

  A beginner's guide to Shiny modules | Emily Riederer

• R中的js

  JavaScript for R

资源背后的机构和开发者，都可以看看，他们的网站，个人Twitter之类的，寻宝哦。

八、行业案例 🎮

1. CIPR: a web-based R/shiny app and R package to annotate cell clusters in single cell RNA sequencing experiments - PubMed

2. A biologist-friendly interactive visualization platform for analyzing and Exploring expression profile data generated by microarray, RNA-seq or mass spectrometry

3. shinyapps.dreamrs.fr/esquisse/

4. timevis - An R package for creating timeline visualizations

5. https://gallery.shinyapps.io/genome_browser/

6. jokergoo/InteractiveComplexHeatmap: Make Interactive Complex Heatmaps

7. venyao/shinyCircos: an R/shiny application for creation of Circos plot interactively

8. https://appforiarteam.shinyapps.io/noteMD_shiny_demo/

9. shinyGEO - a web-based application for analyzing gene expression omnibus datasets | shinyGEO

10. 一个访问量高达 1300 万的 shiny 应用的诞生故事