mapman 植物基因功能分析神器！（mapman系列之一）
mapman 植物基因功能分析神器！（mapman系列之一）
说在前头
作为一个老牌的专门针对植物学研究开发的通路分析的软件，mapman，似乎在当前大多数组学分析的流程中被忽略，而只能在相对少数 文章中见到。这个是比较奇怪的。当然，可能的原因或许是，mapman的应用亮点是下游，只能靠我们做植物的人，分析服务提供商或者技术员确实是无能为力。无论如何都好，既然资料少，想想还是值得写一写，开一个mapman系列，大概是三到四篇推文，来介绍
mapman到底是什么？ （目前这一篇）
如何进行mapman的注释？
mapman如何使用？
…..
具体看阅读量或者评论数，如果热度可以，就尽快推进下去（毕竟….我在家饱受两天远程连接不到学校电脑的痛苦，可以写写）。如果没啥人看，那我还是自己继续孤独地使用这个软件吧。
废话少说，先上图，包括了光合作用，光呼吸等通路，
另外，也有转录因子分类，胁迫相关通路，光合作用相关的通路等等！总而言之，后面你就知道了
进入正题
组学（-Omic）现在已经广泛应用于植物学相关研究的方方面面。面对大量的组学输入，如何进行进一步的分析，慢慢地随着分析逻辑，分析手段的成熟，基本分析套路已然成熟。产生了材料，开展了测序实验，进行了各种分析。数据实在是太多了，所以，往往我们需要使用各式各样的功能注释，同时对其进行可视化。
最常见的，莫过于：
Gene Ontology (GO)
KEGG Pathway
两个数据库的发展和应用要扯清楚，需要再另外推博文。这篇推文，我们仅关注
植物学研究者特有的基因功能分析神器，mapman
mapman是什么？
如上所述，GO和KEGG是目前广受人知的数据库了，我们几乎可以在每一篇跟组学挂上钩的文章中简单他们的身影，说明这两个数据库应用的认可度是极其之高。那么为什么这里还要推mapman？
首先，GO，Gene Onlotogy，一般翻译为基因本体论，在以前的推文介绍过啦，就是几个dalao察觉了，不同的研究者正在把不同物种的同源基因更或者是同一个物种的同一基因赋予不同的命名，这样下去，会造成科研资源的浪费，也影响了大家的沟通。dalao坐在一个桌子，决定并随后建立了GO数据库。因此，这个数据库，最大的功能会是什么？那就是基因功能的相对宽泛意义的阐述和汇总。而我们组学数据下游分析的时候，往往我们希望得到的是基因的上下游或者是通路层面的分析。于是我们常常会转向KEGG（当然也有其他通路数据库…）
2.其次，KEGG Pathway Database，如果我并没有记错的话，KEGG收录的主要具备完整基因组的物种的数据，这个天生的特点直接限制了其在植物上的有效性。一个是植物上的注释少，第二个是，为什么我的是植物材料，做出来的结果总是有人类疾病！，这个问题可以到知识星球讨论，具体可以自己去Check KEGG上拟南芥的注释情况。
而，mapman，是一个老牌的，专门针对植物的，大部分由人工整理的植物通路分析软件，在应用上，在以上两点完全地超越了他们。
mapman有啥用？
mapman提供了良好的可视化工具，可以将表达数据直接映射在通路图上，绘制
热图
柱形图
折线图-用于不同时间点，表达趋势的比较
其次，mapman提供了完善基因功能分类和全面的通路图片，
次生代谢产物
光合作用
转录因子
mapman怎么用？
来一个mapman主界面，具体怎么用….见mapman系列之二，如果有缘
这里先上一张Mapman主界面的图片
具体先看看大家是否感兴趣再看啥时候出剩下的mapman推文啦。
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