液相色谱系统的许多问题都可以在谱图上反映出来。其中有一些问题可以通过改变设备参数得到解决；而其他的问题必须通过修改操作程序来解决。对于色谱柱和流动相的正确选择是得到好的色谱图的关键所在。
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4.调整pH值，对于碱性化合物，低pH值更有利于得到对称峰；
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5.a.加入离子对试剂或碱性挥发性修饰剂。b.更改色谱柱。
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1.取下保护柱再进行分析；如果必要更换保护柱；如果分析柱阻塞，拆下来清洗；如果问题仍然存在，可能是柱子被强保留物质污染，运用适当的再生措施；如果问题仍然存在，入口可能被阻塞，更换筛板或更换色谱柱。
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2.改变样品溶剂；如果可能采取流动相作为样品溶剂；
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1. a.调整系统连接（使用更短、内径更小的管路）；
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1.柱温波动；（即使很小的温度变化都会引起基线波动；通常影响示差检测器、电导检测器、较低灵敏度的紫外检测器或其它光电类检测器；）
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1.控制好柱子和流动相的温度，在检测器之前使用热交换器；
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2.流动相不均匀；（流动相条件变化引起的基线漂移大于温度导致的漂移）
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2.使用HPLC级的溶剂，高纯度的盐和添加剂；流动相在使用前进行脱气，使用中使用氦气；
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3.用甲醇或其他强极性溶剂冲洗流通池；如有需要，可以用1N的硝酸。（不要用盐酸）
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4.检测器出口阻塞；（高压造成流通池窗口破裂，产生噪音基线）
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4.取出阻塞物或更换管子；参考检测器手册更换流通池窗；
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5.更改配比或流速；为避免这个问题可定期检查流动相组成及流速；
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6.用中等强度的溶剂进行冲洗，更改流动相时，在分析前用10～20倍体积的新流动相对柱子进行冲洗；
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7.检查流动相的组成；使用高品质的化学试剂及HPLC级的溶剂；
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8.样品中有强保留的物质（高K’值）以馒头峰样被洗脱出，从而表现出一个逐步升高的基线。
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8.使用保护柱，如有必要，在进样之间或在分析过程中，定期用强溶剂冲洗柱子。
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9.重新设定基线；当检测器动力学范围发生变化时，使用新的流动相；
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1.流动相脱气。冲洗系统以除去检测器或泵中的空气；
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2.见第三部分；检查管路接头是否松动，泵是否漏液，是否有盐析出和不正常的噪音。如有必要，更换泵密封。
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5.断开LC、检测器和记录仪，检查干扰是否来自于外部，加以更正。
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1.见第三部分。检查接头是否松动，泵是否漏液，是否有盐析出和不正常的噪音。如有必要，更换密封。检查流通池是否漏液。
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7、流通池污染（即使是极少的污染物也会产生噪音。）
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10.维修或更换混合器，在流动相不走梯度时，建议不使用泵的混合装置
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3.见section 3。检查接头是否松动、泵是否漏液、是否有盐析出以及不正常的噪音。如果必要更换密封。
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a.小体积进样（例如：10μl而不是100μl）以1：10或1：100的比例稀释样品
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8.更换同样类型的色谱柱。如果新柱子可以提供对称的色谱峰，则用强溶剂冲洗旧柱子。
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2.去掉保护柱进行分析。如果必要则更换保护柱。如果分析柱阻塞，可进行反冲。如果问题仍然存在色谱柱可能被强保留的污染物损坏，建议使用恰当的再生程序。如果问题仍然存在，进口可能阻塞了，更换入口处的筛板或更换色谱柱。
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