除了GEO,其实我们还可以挖掘这个数据库

很多人知道都GEO这个数据库,但是很多人忽略了这个数据库,这个数据库是什么呢?那就是——ArrayExpress

ArrayExpress是什么?

ArrayExpress是主要科学期刊推荐的存储库之一,用于存储来自微阵列和测序平台的功能基因组学数据,以支持可重复的研究。 为了完成这项任务,我们根据关于微阵列实验的最低信息(MIAME)和关于测序实验的最低信息(MINSEQE)指南来促进提交。 实验直接提交给ArrayExpress或从NCBI Gene Expression Omnibus数据库导入。 对于基于高通量测序的实验,原始数据可以转发到欧洲核苷酸档案库,而实验描述和处理过的数据则存储在ArrayExpress中。

ArrayExpress有什么?

mRNA、miRNA、lncRNA...等数据,

  • 71328 experiments

  • 2290752 assays

  • 46.86 TB of archived data

ArrayExpress能做什么呢?

mRNA、miRNA、lncRNA差异表达分析、meta分析等等

目前发文现状

数据下载演示

1、登录https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

2、输入keyword

3、查看检索结果

4、选择自己要下载的数据,可以下载处理好的数据,也可以下载原始数据

我们这里下载处理好的数据

然后就可以进行后续的分析,希望本文对大家有所帮助。

(0)

相关推荐

  • GEO和ArrayExpress数据库资源惊人

    写在大年初一 昨晚大年三十跟几个实习生还有学徒一起看春晚,间隙刷了下手机,太多祝福语,春晚结束后临睡前的12:30我还是拿起手机一一回复了,虽然可能是群发的,但毕竟是心意. 今早起来去楼下电影院看了个 ...

  • 狼来了!聊个天就能做生信分析的人工智能是否要替代一大波生信人员?

    你能想象有一天,跟你在一个界面对话的根本不是人,而是机器人或人工智能,然后他还特别懂你,你提出来的分析需求他都给你做了,这种感觉让人感觉五味陈杂. 上面这张图,你看到是什么感觉?你觉得是跟一个鲜活的人 ...

  • ChIP‐Atlas(逆向收费读文献2019-21)

    系列目录 在果蝇探索PRC复合物(逆向收费读文献2019-18) 重复一篇WGCNA分析的文章(解读版)(逆向收费读文献2019-19) 小鼠模型跟人类癌症差太大了(逆向收费读文献2019-20) 本 ...

  • 肿瘤相关circRNA差异分析数据集介绍

    之前在介绍 GEO 的时候,提到过里面包括了很多其他研究人员发表文章的时候使用的测序数据.其中就包括circRNA 测序的数据.但是对于 circRNA 测序的数据的话,如果是用 GEO2R 分析相关 ...

  • GEO circRNA测序分析数据库

    关于 GEO 这个大型的储存好多公共测序数据的数据库,我们在之前进行过详细的介绍[[GEO数据库数据库介绍]].其中也介绍了可以通过 [[4.差异表达分析软件GEO2R]] 来对一些表达谱的芯片进行差 ...

  • 一篇最基本生信分析文献解读

    利用一周多的时间,我们把最最基本的生信套路来讲解了一遍.正好前几天一个小伙伴拿了一篇相关文献在咨询问题.这里就拿这篇文献来总结一下我们目前写的这些东西. 这次我们来讲解的这边文献是2019-10-12 ...

  • RNA芯片和测序技术的比较(学徒作业)

    有学员提出来了一个问题,就是可以比较同样实验设计的表达量探索研究,一个研究使用的是芯片,一个是测序,看看两者的差异基因情况的overlap情况.其实这样的例子非常多,比如下面这样的展现方式: 下面给大 ...

  • 如何进行GEO临床数据查询

    推荐两个可以进行GEO临床数据下载的网址 乔治敦癌症数据库(G-DOC)(https://gdoc.georgetown.edu/gdoc/),G-DOC是一个精准医学平台,其中包含来自一万多个患者和 ...

  • 世界“最大”煤田,储量达2300亿吨,还在挖掘,就在中国这里

    鹬蚌娱乐 2021-04-04 13:41 大图模式 关于中国的资源,很久以前,我们还没有发现世界,我们总觉得中国土地丰富,资源短缺,但现在看来,中国实际上是供应不足,主要原因是人口太多,虽然世界上的 ...

  • 潜力巨大!锂电池中还未挖掘的方向~

    星标 诗诗 因为近期公众号改版了,推送文章顺序出现了改变!所以不少读者朋友都反映,收不到诗诗的研报! 如果大家不想错过诗诗的文章有两个方法,一是多点"在看",这样系统会优先推送诗诗 ...

  • 格林美!锂电池中还未挖掘的方向~

    格林美研报 今年以来新能源汽车产业链表现十分亮眼,未来是新能源汽车高速发展的时期,动力电池将供不应求,那后面动力电池使用到一定年限要报废了,因此上面一直出政策支持动力电池回收这个方向,动力电池回收的市 ...

  • 秦始皇陵中还没挖掘出的六件稀世珍宝,最后一件曾保了一个朝代800年

    来源:凤凰网 秦始皇的陵墓被有些读者称之为"祖陵",并说,这座陵墓是中国人的根基,谁也不能挖,一旦开挖,我们的根就将失去了. 秦始皇陵墓前后修建了39年,动用了72万人力,征集了当 ...

  • 做了这么久meta分析和GEO数据挖掘,还不知道这里有一个接收率100%的期刊吗?

    为什么说它好发呢?废话不多说,直接上图: 我们看了一个上午发现全部基本是中国人写的meta和GEO数据挖掘类的文章,就三月份出版的就一大堆. 期刊介绍 OncoTargets and Therapy, ...

  • 离开精益领导力(TL/GL)训练营, 你还会挖掘它的价值吗?

    关注我们,打造行业领先企业 为期8天的精益领导力(TL/GL) 学习训练营在学员们的拒绝,震惊,否定,挫折,认可,尝试和融合中结束了,从这一点上来说, 这一期学员并不与其他学员有任何不同. 其实,对于 ...

  • Tom Choi:别放弃,GEO 卫星市场还可以再救一下!

    呼风唤雨◇让消费者看见品质更好的产品 作者 | Tom Choi 来源 | <Via Satellite> 编译 | 沈永言(中国卫通) 卫网君说: 作者Tom Choi原为香港ABS的C ...

  • 除了利用SEER、TARGET数据,你还可以利用这个数据库做预测模型

    除了利用SEER.TARGET数据,你还可以利用这个数据库做预测模型,这个数据库就是TCGA呀,TCGA也包含大量的临床信息,可以通过下载它的临床数据来进行预测模型,TCGA临床数据的下载方法有很多种 ...

  • 考古队挖掘中山王墓,结果一民工踩出了稀世国宝,还破解千年之谜

    中国博物馆容纳着各种珍贵文物,其中好多文物出土时都是在计划之外,因一次偶然或意外事件而被发现的,比如接下来要说的这件国家一级文物"错金银虎噬鹿屏风插座",它在出土时就非常有戏剧性. ...