Bowtie和Bowtie2的区别

Bowtie官方介绍:

http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml

Bowtie是一种超快速,高效存储的短reads比对工具。它以每小时超过2500万个35 bp的读取速度将短DNA序列(reads)与人类基因组比对。Bowtie使用Burrows-Wheeler索引对基因组进行索引,以使其内存占用量较小。

最新版本为 1.3.0 - 07/22/2020

Bowtie2官方介绍:

http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml

Bowtie 2是一种超快速且内存高效的工具,可用于将测序读数与长参考序列进行比对。它特别擅长将大约50至100个字符的读码与相对长的(例如哺乳动物)基因组对齐。Bowtie 2使用FM索引(基于Burrows-Wheeler变换或BWT)对基因组进行索引,以保持其内存占用空间小。Bowtie 2支持间隙对齐,局部对齐和配对对齐。可以同时使用多个进程以获得更高的对齐速度。

最新版本为 2.4.2 - 10/07/2020

异同:

1,Bowtie出现的早,所以对于测序长度在50bp以下的序列效果更好;而对于长度在50bp以上的reads,Bowtie2的比对更准确

2,Bowtie2的对比支持gap,而Bowtie不支持
3,Bowtie2支持局部比对,也可以全局比对;Bowtie只支持局部比对
4,Bowtie2对reads长度没有上限,但是Bowtie为1000bp

5,Bowtie2允许参考序列中含有N,而Bowtie不允许

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