Bowtie和Bowtie2的区别

Bowtie官方介绍：

http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml

Bowtie是一种超快速，高效存储的短reads比对工具。它以每小时超过2500万个35 bp的读取速度将短DNA序列（reads）与人类基因组比对。Bowtie使用Burrows-Wheeler索引对基因组进行索引，以使其内存占用量较小。

最新版本为 1.3.0 - 07/22/2020

Bowtie2官方介绍：

http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml

Bowtie 2是一种超快速且内存高效的工具，可用于将测序读数与长参考序列进行比对。它特别擅长将大约50至100个字符的读码与相对长的（例如哺乳动物）基因组对齐。Bowtie 2使用FM索引（基于Burrows-Wheeler变换或BWT）对基因组进行索引，以保持其内存占用空间小。Bowtie 2支持间隙对齐，局部对齐和配对对齐。可以同时使用多个进程以获得更高的对齐速度。

最新版本为 2.4.2 - 10/07/2020

异同：

1，Bowtie出现的早，所以对于测序长度在50bp以下的序列效果更好；而对于长度在50bp以上的reads，Bowtie2的比对更准确

2，Bowtie2的对比支持gap，而Bowtie不支持
3，Bowtie2支持局部比对，也可以全局比对；Bowtie只支持局部比对
4，Bowtie2对reads长度没有上限，但是Bowtie为1000bp

5，Bowtie2允许参考序列中含有N，而Bowtie不允许