生信新思路：单一肿瘤多聚腺苷酸化文献介绍

前几天一直在和大家分享一些关于3'UTR以及3'UTR当中的APA（Alternative Polyadenylation, 选择性多聚腺苷酸化）的内容，为什么要花这么久的时间分享这些呢？主要还是看到了两篇利用 TCGA 数据来挖掘 APA 进行发文章的文献。而其中的一些内容，也是值得我们进行继续挖掘（发文章的）。

昨天介绍的是一篇泛癌的关于APA分析的文献，今天这篇热乎最新的发表在Genome Res（IF = 9.944）的文献则就是一篇单一肿瘤（胰腺导管腺癌）方面的数据分析加简单的实验的文章。

文章基本思路

这篇文献的基本思路，就是利用 TCGA 的数据和 GTEx 的数据合并来分析 APA 事件在胰腺导管癌（PDAC）当中的影响。另外，又加了一部分简单的实验就发了。至于为什么结合TCGA+GTEx可以参考我们之前的那个帖子。文章的具体思路如下：

具体结果

1. PDAC 当中整体的 APA 事件反应

所有组学的数据第一步都一样，来整体反应数据的程度。这里作者首先确定了在癌和正常当中差异的APA事件，同时对差异的事件进行了基本概括。

既然分析的结果是这样，为了证明结果的准确性，作者首先对肿瘤的纯度和APA事件来进行分析，确定自己的做过的准确性。进一步的，基于实验来确定其中的一些分析当中存在 APA 事件的基因，在实验当中也是正确的。

2. PDAC 当中 APA 时间的通路分析

对于存在差异的 APA 事件，作者没有全部的进行富集分析，而是先进行了一个无监督的聚类分析，通过聚类分析来给 APA 相关的基因进行分亚组，进一步对差异的 APA 事件的基因进行了富集分析。通过富集分析发现APA事件和代谢等通路相关。

3. 代谢相关基因分析

由于确定了 APA 事件和代谢相关了，作者往下就详细分析了代谢相关基因和APA的关系。其中通过 ALDOA 和 FLNA 两个基因来说明具体的 APA 分布关系。

4. 预后相关分析

作者通过聚类进一步来寻找了和预后相关的 APA 事件，进而说明 APA 事件和疾病的预后也是相关的。

5. APA 和表达的关系

之前我们在综述当中也提到了 3'UTR 的变化有可能影响到基因的表达的变化，所以这里作者比较了 APA 和表达变化的关系。为了实验验证表达的变化，作者通过荧光素酶实验也来证实了其中表达和 APA 的关系。

6. APA 介导的 miRNA 绑定位点和 PDAC 的关系

在上一部分 APA 和表达关系的分析当中，作者认为 miRNA 绑定的变化是导致基因表达变化的一个原因。所以接下来就来分析具体的 APA 位点的变化和 miRNA 绑定位点变化的关系。通过分析发现了一些差不多8个 miRNA 和 APA 有关同时通聚类也发现和预后有关。

7. CSNK1A1 在 PDA C当中的作用分析

通过分析作者发现了一个候选基因 CSNK1A1。为了说明这个基因的作用，进行了一系列的基础实验（其实也是一些常规的基础实验）。

文章总结

以上就是这篇文章所有的结果了。这算是一篇基于单一肿瘤数据分析+实验的APA类别的文章吧！不过后来的功能实验好像也与 APA 关系没那么大。。。亮点还是在于前面使用了 TCGA+GTEx 的扩大了正常样本的数据量来进行分析结果。

对于我们而言的话，TCGA和GTEx的原始数据都拿不上。。但是我们有别人使用这些数据发表的数据库文章。这样结合起来用就行的了。前面介绍过的两个数据库，TC3A里面包括 TCGA 所有的肿瘤的 APA 分析结果；APAatlas则包括了 GTEx 所有的分析结果。但是由于TC3A的分析是基于DaPars2来分析的，而APAatlas是基于DaPars所以还是不能合并。那我们就可以使用昨天介绍的那个泛癌的TCGA的数据。这样分析结果的软件就一样了。但是对于APA处理后的数据再进行批次效应去除的话，效果好不好就不好说了。这个得看具体分析结果了，不过谁让自己没有原始数据呢，只能这么来了

。

另外：高分文章好的地方在于什么都提供，昨天的文章就提供了所以泛癌的 APA 分析完的结果。这次这个，虽然没有给数据，但是提供了分析的R语言代码。虽然，这个文章的图也就那样。但是想要学习的话也可以参考一下代码。