ncRNA-疾病相关数据库

多项研究表明，非编码RNA（ncRNA）在基因表达调控过程中起着至关重要的作用，其功能障碍与多种疾病密切相关。既然这么重要，那么今天我们就来给大家介绍一个存储疾病相关ncRNA的数据库：MNDR v3.1(http://www.rna-society.org/mndr/)。该数据库目前包含超过一百万个ncRNA疾病条目，包括6,301多种miRNA，39,880多种lncRNA，20,256 circRNA，10,894 piRNA和521个snoRNA，它们具有1,600多种疾病，并且物种覆盖率增加到11种哺乳动物。MNDR v3.1将是用于研究疾病机制和临床治疗策略的宝贵资源。

下面我们就其菜单栏的主要功能进行简单介绍。

1.    Search

包括精确搜索、模糊搜索和批量搜索3种。

（1）Exact Search

有4种关键词的类型可供选择，以“ncRNA Symbol”为例，搜索miRNA “has-miR-34a-5p”与人类疾病的关系。在此示例中，我们可以查询实验验证及计算机预测得到的关系，这里我们选择“Experiment Validation”，并选择多个实验证据支持。相关分数越大，可信度越高，这里我们以0.5-1为界，进行后续搜索。

miRNA与人类疾病的关系以表格形式呈现。

点击第一个条目的more，进入详细信息页面，我们可以看到MNDR ID，置信度，ncRNA和疾病、药物、RNA相互作用、RNA定位、证据支持和参考信息。在基本信息栏，'E'代表实验验证的数据, 'P' 代表预测数据；'MI' 代表miRNA, 以此类推，'LNC'代表lncRNA, 'CIRC' 代表circRNA, 'PI'代表piRNA, 'SNO'代表snoRNA。

（2）Fuzzy SearchNew

可以从ncRNA和疾病两个角度进行选择，我们先来看一下ncRNA。比如我们想看一下lncRNA SNHG1与疾病的关系。

选择自己的目标lncRNA，点击继续。

结果如下所示。

如果想了解某一疾病的发生与哪些ncRNA有关，可以选择Disease，这里我们看一下肺癌。

选择欲了解的疾病类型，点击继续。

结果将显示所有与肺癌有关的ncRNA。

（3）Batch SearchNew

我们可以一次检索多个，以ncRNA Symbol为例。

检索结果如下。

2.    Browse

'Diseases' 显示与当前所选疾病有关的所有条目；

'ncRNA Category' 显示在MNDR数据库内的所有ncRNA；

'Species' 显示所有符合物种条件的条目。

这里我们以lncRNA为例，查询所有lncRNA的相关信息。

结果如下。

3.    Tools

该数据库目前提供3种ncRNA-疾病预测工具。包括miRNA（SPM）, lncRNA（SIMCLDA） 和circRNA（DeepDCR）。

以miRNA-疾病预测工具为例：直接输入或上载一个或多个（最多5个）miRNA的fasta序列，点击运行。注意：目前仅支持预测人类哦。

可以看到对于每个输入的miRNA会给出分数排名较高的前5位，且数据可供下载。

4.    Statistics

该部分提供MNDR数据库内ncRNA /疾病的分布信息及相关实验方法，其中包含1005312个ncRNA-疾病条目，1614种疾病，11个种属。

5.    Submit

此部分当然是提交啦，这里我们可以提交自己的结果来丰富数据库内容，也是很有成就感的一件事嘛。

6.    DOWNLOAD/API

这里我们可以下载自己想要的内容。可以直接下载，也可以通过API以链接形式进行下载。

比如

http://www.rna-society.org/mndr/php_mysql/api.php?keyword=hsa-miR-34a-5p&type=ncRNA Symbol&datasouce=Experiment&score=0,1

通过该链接下载txt文本格式结果，以EXCEL打开后结果如下：

总之，该数据库整体是很简便的，而且提供的信息也相当丰富，大家快快用起来吧！