4 无代码纯生信:基因家族套路解析 2024-07-31 21:15:18 2021年新的开始,现在还能靠纯网页分析发高分生信吗?答案是:YES!今天给大家介绍的是去年9月份发表在frontiers in Oncology (IF=4.848)的一篇文章,主要内容是基因家族chromobox在结直肠癌中的预后价值及免疫浸润的综合分析。这篇文章里运用到网页工具如下:Oncomine、Gene Expression Profiling InteractiveAnalysis (GEPIA)、Kaplan-Meier Plotter、cBioPortal、GeneMANIA、String、Timer。了解了文献分析的套路,换一个基因家族和癌症,又是妥妥一篇文,一起学起来!首先简要介绍一下背景知识,真核细胞中,许多相关的基因常按功能成套组合,被称为基因家族。Chromobox(CBX)家族蛋白是多梳组(PcG)复合物的典型组分,通过修饰染色质转录抑制靶基因。这些CBX蛋白参与了多种生物学过程,如维持胚胎干细胞的多能性和自我更新、细胞命运决定和发育程序控制。目前已经鉴定了CBX蛋白家族的8个成员,每个成员都有一个保守的结构:单个N端染色体结构域。根据它们的分子结构可分为两个亚组:HP1组(包括CBX1、CBX3和CBX5)和Pc组(包括CBX2、CBX4、CBX6、CBX7和CBX8)。文章思路大致如下:首先,分析CBXs家族基因在癌症组和正常组的表达差异;其次,分析CBXs家族基因的预后价值;随后分析了CBXs家族基因的突变情况,并且进行了蛋白互作分析;最后,进行了CBXs家族基因的免疫细胞浸润分析。下面让我们按模块阅读一下文章。1、CBXs家族基因表达差异作者首先利用Oncomine数据库中的信息,分析了CBXs家族基因在结直肠癌组织和正常组织中的表达差异。其中,CBX1、CBX2、CBX3、CBX4、CBX5和CBX8的表达在结直肠癌组织中显著升高,而CBX6和CBX7在结直肠癌组织中低表达。随后,作者又利用GEPIA数据库再次验证CBXs家族基因的表达差异,结果大致与Oncomine数据库分析相同,CBX2、CBX3、CBX4和CBX8在结直肠癌组织中高表达,CBX6和CBX7在结直肠癌组织中低表达。另外,作者也分析了CBXs家族基因的表达与结直肠癌病理分期的关系,其中CBX3的表达与癌症分期密切相关。2、CBXs家族基因的预后分析首先,作者还是利用GEPIA数据库分析了CBXs家族基因的表达高低与结直肠癌患者无进展生存期(DFS)和总生存期(OS)之间的关系。其中CBX3高表达预示着较短的无进展生存期。随后,作者利用Kaplan-Meier plotter数据库进行了一个亚组分析,分析了CBXs家族基因在直肠癌患者中的预后价值。其中CBX5和CBX6的高表达与较短的总生存期相关。3、CBXs家族基因的突变及互作分析作者运用cBioPortal数据库分析了CBXs家族基因的突变情况,首先在不同病理类型的结直肠癌中都存在着两种及以上的基因突变。在共计1959个患者中检测到了114个样本中存在CBXs家族基因的突变。作者也分别展示了8个基因各自的突变的情况。随后,文章进行了蛋白互作分析。首先利用STRING数据库,展示了CBXs家族8个基因与相关基因的互作关系。这些差异表达的CBXs与调节干细胞多能性的信号通路有关。其次, GeneMANIA数据库也用于分析CBXs家族基因的互作关系,结果表明,差异表达的CBXs及其相关分子(如CDY1B、CDY2B、CDY1、CDY2A、CDYL、MPHOSPH8、HUV39H1、CHD2和CHD1)的功能主要与组蛋白结合、核染色体、异染色质和PRC1复合物有关。4、CBXs家族基因的免疫细胞浸润分析最后,作者利用TIMER数据库进行了免疫细胞浸润分析。分为结肠癌和直肠癌两组,分析CBXs家族8个基因的表达与CD4+T细胞、中性粒细胞、B细胞、CD8T+细胞、巨噬细胞和树突状细胞的浸润是否有关。结果显示CBXs家族基因的表达与免疫细胞的浸润密切相关(图片仅展示三个基因为例)。文章到这里就结束了,没有特别复杂的分析方法,但胜在分析步骤清楚,基本的分析方法如差异表达、预后分析、临床相关性分析、突变分析、蛋白互作分析都包含了,最后也涉及了比较火的免疫浸润分析。大多分析论证都运用两个数据库共同分析佐证,增加了可信度。但结合之前相关的基因家族分析文章,还可以再多做一些分析来使文章数据更加丰满。例如这篇文章的临床相关性分析只是一笔带过,仅仅分析了CBXs家族基因与临床分期的关系,可以继续分析其他临床特征,进一步结合临床信息进行单因素和多因素分析,探讨目标基因是否可以作为独立预后因素。另外,在蛋白互作分析之后,可以进一步进行基因的功能和通路分析,GO、KEGG和GSEA都是很好的选择,可以更深一步挖掘数据。小编说大家有没有觉得这篇思路似曾相识,19年初的时候医学方也同样推送过CBX家族的套路解析,详情请看你没学会算我输:零代码撰写5分SCI生信文章套路!18年11月发表在AGING(IF=5.1)的文章套路,2年之后重现江湖!CBX基因家族现在还能发近5分的文章!是不是感觉自己错失了一篇5分SCI?请把 错失了一篇5分SCI 打在留言栏上。 赞 (0) 相关推荐 Kaplan-meier Plotter数据库 今天我们再介绍一款生存分析的经典数据库,Kaplan-meier Plotter数据库,其操作上的选择更为丰富,图片可以直接用于论文无需后期处理,可以与PrognoScan数据库进行相互补充,称得上预 ... 基于基因家族的生信发文思路 文章题目:Exostosin1 as a novel prognostic and predictive biomarker for squamous cell lung carcinoma: A s ... 平平无奇,8个数据库凑一篇5+纯生信?别犹豫了,赶紧上车! 解螺旋公众号·陪伴你科研的第2562天 零代码复现基因家族分析 今天我为大家带来一篇发表在Frontiers in Oncology杂志上,影响因子为4.848的一篇分析基因家族的生信文章,之前我复现 ... 环状RNA纯数据挖掘套路 第一步 在GEO数据库下载相关的环状RNA.miRNA.mRNA 第二步 分别对下载到的环状RNA.miRNA.mRNA做差异分析 第三步 利用差异的环状RNA预测可能结合的miRNA 第四步 预测得 ... SMAD4基因突变--肠癌中一个不容忽视的基因突变 SMAD4基因编码的蛋白属于SMAD家族,可以被跨膜丝氨酸/苏氨酸受体激酶激活,如转化生长因子TGF-β受体,因此作为TGF-β信号的重要胞浆内信号级联分子,SMAD4可以自身形成同源复合物或与激活型 ... 这7种癌症!90%的父母会遗传给下一代,最好定期体检 癌症是多发的疾病之一,是由多组或一组基因突变而导致的细胞功能异常,形成了恶性肿瘤,所谓基因是代代相传,癌细胞也是遗传因素之一,传接给下一代,但是不是所有的癌症史家族都不能逃脱掉命运的审判呢? 说到 ... 只做PD-1看着很单调无亮点,9 期刊:加点m6A试试! 免疫治疗正成为人类抗癌治疗史中前所未有的核武器,而免疫哨点抑制剂就是其中发挥作用的核弹头. 作为免疫哨点抑制剂的先锋代表,程序性细胞死亡蛋白-1(PD-1)抑制剂已在诸如非小细胞肺癌和黑色素瘤等高突变 ... 这个最新ceRNA纯生信7+套路,让导师都兴奋得趴到桌子上了!我今天30分钟零代码教你复现(附详细操作教程) 解螺旋公众号·陪伴你科研的第2533天 7+纯生信ceRNA文章复现 在pubmed搜索ceRNA,发现很多实验类的文章,做了很多内容,但是只发了2-3分,所以今天想和大家一起学习2021年1月发表于 ... 大一本科生利用这种纯生信发文套路连发3篇SCI,太羡慕了 有了这样的操作分析,非肿瘤方向也可以做到内容丰富的纯生信数据挖掘,做到用别人的数据发表自己的SCI.这样的短平快发文套路特别适合需要SCI但又没有科研经费.没有实验平台.时间少的朋友.需要SCI的朋友 ... 纯生信新套路:肺鳞癌TP53基因signature A TP53-associated gene signature for prediction of prognosis and therapeutic responses in lung squam ... 纯生信分析套路 2020年上半年生信分析思路合集 昨天是医师节,在这个特殊的年份里,感恩"医"路有你,生信人工作室汇总了近期非常值得借鉴的好思路回馈新老客户.内容丰富.故事完整逻辑性强.作图美观都是难得的好思路,感兴趣可以收藏. ... 仙桃学术 | 2021年6 纯生信老套路,焕发新春!亮点在这些美图上,今天教你复现! 大家好,我是浮浮~ 之前有小伙伴反馈说基因家族太难,还是单基因好做一些. 但是单基因的生信文章不太容易发了. 那么今天我们零代码复现一篇今年发表在Frontiers in Oncology杂志上的单基 ... 零代码纯生信 发7.7分2区杂志 大家好,今天要和大家分享的是2020年12月份发表的一篇文章:"Genomicinvestigation of co-targeting tumor immune microenvironm ... “基因家族”套路过时了?最新10分 纯生信文章发给你看! 领略高端套路,发表高分文章! 领略高端套路,发表高分文章!小伙伴们大家好,我是菠小萝.这里是菠小萝的高分生信SCI解读专栏,2020年的12月,菠小萝将以"你也能发表的高分生信"为 ... 这本4.8分SCI期刊已经明确不再接收无验证的纯生信 之前有粉丝在后台留言说:向Frontiers in Oncology投稿的时候被该期刊主编告知:Frontiers in Oncology不再接收纯生信数据挖掘类文章(没有实验验证的).具体邮件说明如 ...