多个探针对应一个基因，取平均值或者最大值

这么简单的问题，总是有人问，而且总是有人不搜索就到处问，本来我是很生气的，后来想一想，应该是我们没有教会大家搜索，也不能全部怪新手。

以前我都是建议大家取最大表达值探针来作为基因的表达量，其实最大值也好，平均值也罢，中位值也好，都是有各自的优缺点。 而且芯片探针这种落后的技术，在这些地方本来就不准确，纠结这种细节意义不大。

平均值代码我给大家一个示范。

  1. BiocInstaller::biocLite('CLL')

  2. BiocInstaller::biocLite('hgu95av2.db')

  3. library('hgu95av2.db')

  4. library(CLL)

  5. data(sCLLex)

  6. sCLLex=sCLLex[,1:8] ## 样本太多，我就取前面8个

  7. group_list=sCLLex$Disease

  8. exprSet=exprs(sCLLex)

  9. exprSet=as.data.frame(exprSet)

  10. exprSet$probe_id=rownames(exprSet)

  11. head(exprSet)

  12. probe2symbol=toTable(hgu95av2SYMBOL)

  13. dat=merge(exprSet,probe2symbol,by='probe_id')

  14. results=t(sapply(split(dat,dat$symbol),function(x) colMeans(x[,1:(ncol(x)-1)])))

如果你看着这个代码，却不知道如何修改成最大值，median等，说明你应该是要好好学习编程了。

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