100篇泛癌研究文献解读之同源重组修复通路

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：<https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/>  为此我也录制了系列视频教程在：[TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）](http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247489564&idx=1&sn=95043acd1c99468d741ae365b84e7330&chksm=9b4858a7ac3fd1b1cc6c88c45bf3340cd2a0d09cc88d454a0a0262a24e6b6bccc159165cd19c&scene=21#wechat_redirect) 

本研究发表于 Nat Commun. 2017 Oct ， 题目是：Pan-cancer analysis of bi-allelic alterations in homologous recombination DNA repair genes. 主要是探索 homologous recombination (HR) DNA repair  通路里面的BRCA1 and BRCA2 ，相关基因有102个。类似的研究具体的某个有生物学意义的基因集的研究很多，比如 前面的 Sci Rep. 2013 Oct  和 Nat Commun. 2014 Sep  ，还有 Nucl Receptor Res. 2015 Dec和 Dev Dyn. 2018 Mar; 他们的分析思路都大同小异，可以整合。

关于同源重组缺陷(Homologous recombination deficiency,HRD)

同源重组（HomologousRecombination) 是指发生在非姐妹染色单体之间或同一染色体上含有同源序列的DNA分子之间或分子之内的重新组合。我们熟知的乳腺癌肿瘤相关基因BRCA1和BRCA2就是同源重组蛋白。

同源重组蛋白BRCA1和BRCA1的完整保证了基因组的完整性。同源重组的意义是修复损伤，使受损的染色体通过与另一条未受损染色体的相同DNA进行自身的修复。一旦这两个基因突变者，其乳腺癌终生风险为80%。

突变分类

主要是 野生型，单突变和双突变，其中突变分成病理性的突变和VUS突变。

值得注意的是跟  (HR) DNA repair  通路 突变相关的large-scale state transitions (LST)和 mutation signature 3

突变全景图

(HR) DNA repair  通路主要的基因突变情况 如下：

作者从Broad firehose下载了突变的maf文件，还有SNP Array 6.0芯片的LOH信息，

突变比例并不高

(HR) DNA repair  通路在不同癌症突变比例如下：

生存分析

可以看到不同突变情况的肿瘤病人生存差异是具有统计学显著性的，不管是KM分析和COX分析。

临床试验

目前针对同源重组缺陷所开放的一系列临床试验：

  • Rucaparib在根据同源重组缺陷区分的晚期卵巢癌中

  • olaparib在根据同源重组缺陷区分的卵巢癌中

  • Prexasertib在同源重组缺陷的实体瘤中

  • Nivolumab在同源重组缺陷的前列腺癌中

  • 强化新辅助化疗在同源重组缺陷的三阴性乳腺癌中

  • 组合治疗：

紫杉醇/奥拉帕尼vs紫杉醇/卡铂在新辅助同源重组缺陷的HER2阴性乳腺癌患者中的应用

  • 奥拉帕尼/曲妥珠单抗在同源重组缺陷的实体瘤中

  • 奥沙利铂和XRT在同源重组缺陷的H＆N 小细胞癌和不可手术的乳腺癌

后记

从流程图来看，本研究并不复杂，也很容易复现出来，而且居然没有纳入表达量数据，能发在 Nat Commun. 2017 我觉得有点侥幸。

当然了，如果你想超脱于他们的泛癌计划已经发表的研究，那么就非常有必要跟着我读完这100篇泛癌文献！

详见我的100篇泛癌研究文献解读目录：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

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