用纳米孔测序技术鉴定CRISPR修饰的转录异构体的单细胞特性

转录异构体是由选择性剪接事件产生的mRNAs。在RNA加工过程中，基因外显子的不同组合导致了一组不同的异构体。剪接连接处的多态性或突变可以产生选择性剪接事件。各种剪接因子也影响基因转录异构体的表达。

为了评估这两个特征如何影响选择性剪接，我们开发了一种单细胞方法来引入CRISPR编辑来修改mRNA转录结构。我们的方法结合了（1）长阅读测序来表征表达的转录物并在单细胞分辨率下鉴定编辑(2） 短阅读测序以匹配具有改变的亚型的细胞的单细胞基因表达谱。首先，我们用CRISPR-Cas9修饰靶外显子-内含子片段。第二，使用带有细胞条形码的cDNAs，我们使用长阅读测序直接识别来自靶向CRISPR编辑的转录物亚型的变化。作为该方法的一个变体，我们还确定了修饰特定剪接因子如何影响异构体的表达和结构。总的来说，我们展示了单细胞长读分析和CRISPR工程的整合如何用于在单细胞分辨率下直接确认转录异构体和目标基因组编辑。这种方法将提高我们对选择性剪接在转录调控中的作用的理解。

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