文库单向或双向纯化

文库制备中至少包括一个DNA大小选择步骤，以捕获特定大小或给定大小范围内的DNA片段，去除不需要的DNA片段，并去除污染物（例如酶）。文库的大小选择可最大化测序效率，并避免对不需要的片段（太短或太长的片段以及接头二聚体）进行测序。在大多数库制备工作流程中，使用磁珠对文库进行大小选择。

磁珠纯化核酸分为一下三个步骤：

单向片段选择

目标文库与磁珠结合而短片段保留在上清液中。除去上清液，洗涤后，将文库从磁珠上洗脱下来获得终文库。通常单向选择用于去除小于200bp的短DNA片段如接头二聚体等（注：接头二聚体包含全长接头序列，该序列能结合在测序芯片上并生成测序数据。且由于接头二聚体片段小能高效结合在测序芯片上，占用测序数据并对测序数据质量产生影响）。

1X的磁珠与文库比率可去除短于200bp的片段。使用0.6X的磁珠与文库比率可去除高达300-350 bp的片段。可以使用不同的磁珠比率，具体取决于操作说明和所需的大小选择。

双向片段选择

双向片段筛选第一次选择也称为右侧去除或去大，将一定量的磁珠与文库混合后，大片段与磁珠结合而目的文库保留在上清液中，取上清至新的离心管中备用，丢弃含磁珠的离心管。

双向片段筛选第二次选择也称为左侧去除或去小，将磁珠与第一轮筛选产物（上清液）混合后，目的文库与磁珠结合而小片段保留在上清液中，丢弃上清液，对磁珠进行清洗，并洗脱目的文库。双向选择每个步骤磁珠与文库的比率根据所需的最终库大小而有所不同，通常，右侧比率小于左侧比率。

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