直播我的基因组（第一阶段）完整目录
最近的全国巡讲不少人问到我两年前的直播基因组系列教程的完整目录，这里先放出直播我的基因组（第一阶段）完整目录。（悄悄告诉你，后台回复直播可以拿到精排版EXCEL表格！）（然后，点击阅读原文也可以拿到可以跳转的目录）（再或者复制粘贴url：http://bio-info-trainee.com/tmp/blog-my-genome.xlsx 到浏览器打开）希望大家能有所收获！我的基因组01直播的目的及意义我的基因组02科研和临床分析调研我的基因组03抽血送样测序我的基因组04计算资源的准备我的基因组05测试数据及参考基因组的准备我的基因组06变异位点注释数据库的准备我的基因组07从整体理解全基因组测序数据的变异位点我的基因组08原始测序数据质量报告我的基因组09拿到数据后要做的事情我的基因组10测序数据质量控制我的基因组11测序数据的比对我的基因组12先粗略看看几个基因吧我的基因组13了解sam格式比对结果我的基因组14bam文件给按照染色体给分割成小文件我的基因组15提取未比对的测序数据我的基因组16提取左右端测序数据比对到不同染色体的PE reads我的基因组17初步分析一下multiple mapping 的情况我的基因组18初步分析PCR duplication的情况我的基因组19根据比对结果来统计测序深度和覆盖度我的基因组20覆盖度详细探究我的基因组21为什么我算出的染色体覆盖度与公司差异甚大我的基因组22用IGV查看具体某个位点是否变异我的基因组23对比对结果文件进行过滤我的基因组24用GATK对SAM格式的文件进行重排我的基因组25用bcftools来call variation我的基因组26GATK的realign对最后的结果影响到底有多大我的基因组27先简单统计一下全基因组变异情况吧我的基因组28必须要理解vcf格式记录的变异位点信息我的基因组29统计1000 genome hom-het ratio我的基因组30使用软件把变异分类—添加tag我的基因组31vcf文件标记dbSNP的rsID号我的基因组32使用annovar注释vcf我的基因组33用samstat软件对sam文件做统计我的基因组34Qualimap对比对好的bam文件进行统计及可视化我的基因组35bam格式转化为bw格式看测序深度分布我的基因组36这些可能是somatic突变的位点究竟是什么？我的基因组37gwas研究结果在我身上得到了验证我的基因组38我得了艾滋病？我是暴躁狂？我的基因组39从bam中提取我们的原始测序数据我的基因组40不同lane的bam文件的比较我的基因组41按照不同的lane来call variation我的基因组42 不同lane的variation的比较我的基因组43简单粗糙的WGS数据分析流程我的基因组44比对文件画profile和heatmap图我的基因组45SNV突变(6种)频谱的制作我的基因组46SNV突变(96种)频谱的制作我的基因组47测序深度和GC含量的关系我的基因组48我可能测了一个假的全基因组我的基因组49Y染色体的SNV不能用常规流程来找？我的基因组50从测序深度和位点间距来看SNV分布情况我的基因组51画全基因范围内的染色体reads覆盖度图我的基因组52X和Y染色体的同源区域探索我的基因组53几个找变异的软件的效果比较我的基因组54把我的variation跟dbSNP数据库相比较我的基因组55简单的PCA分析千人基因组的人群分布我的基因组56探索遗传起源我的基因组57最简陋的祖源分析我的基因组58用R包SNPRelate来对我的基因型跟hapmap计划数据比较我的基因组59把我的数据伪装成23andme或wegene的芯片数据我的基因组60CNV初步探索我的基因组61scalpel软件找indel我的基因组62用Delly检测SV我的基因组63wegene芯片跟二代测序的简单比较我的基因组64用gwas来预测健康风险我的基因组65什么性状一定是由单个基因简单决定的？我的基因组66大多数性状往往是多个基因控制的我的基因组67clinvar数据库我的基因组68看看哪些基因的突变较多，哪些较少我的基因组69一个标准的基因检测报告目录我的基因组70比对文件并不能完美的还原出测序文件我的基因组71WGS流程可以有多复杂我的基因组72把基因检测芯片数据转为vcf格式我的基因组73在IGV看看indel是啥样子我的基因组74快速给测序reads比对到物种我的基因组75为什么我的血液里面有这些菌？我的基因组76用krona对血液全基因组的菌比例可视化我的基因组77批量计算每个蛋白编码基因的测序深度及覆盖度我的基因组78简单解析一下蛋白编码基因的测序深度及覆盖度我的基因组79为什么这些基因的覆盖度如此之低？我的基因组80为什么有些基因的内部测序深度差异如此大我的基因组81看看我的vcf文件的vaf分布情况我的基因组82如何对maf格式的突变文件统计vaf我的基因组83批量IGV截图我的基因组84从WGS测序得到的VCF文件里面提取位于外显子区域我的基因组85安装snpEFF工具并对VCF文件进行注释我的基因组86基因组重测序的unmapped reads assembly探究我的基因组87探究某个基因的外显子覆盖度情况